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万見
- PDB-1vr5: Crystal structure of Oligopeptide ABC transporter, periplasmic ol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vr5
タイトルCrystal structure of Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding (TM1223) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.73 A resolution
要素oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TM1223 / OLIGOPEPTIDE ABC TRANSPORTER / PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding (TM1223) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.73 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHHM] FOLLOWED ...SEQUENCE THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHHM] FOLLOWED BY RESIDUES 23-557 OF THE PREDICTED TM1223 GENE PRODUCT. IN ORDER TO REMOVE A PREDICTED TRANSMEMBRANE HELIX, THE FIRST 22 RESIDUES WERE NOT INCLUDED IN THE CONSTRUCT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
B: oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,75243
ポリマ－127,2072
非ポリマー2,54541
水19,7801098
1
A: oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,16225
ポリマ－63,6031
非ポリマー1,55924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,59018
ポリマ－63,6031
非ポリマー98617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.030, 96.640, 115.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-583-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLYSLYSAA0 - 25712 - 247
21HISHISLYSLYSBB0 - 25712 - 247
32LYSLYSVALVALAA258 - 263248 - 253
42LYSLYSVALVALBB258 - 263248 - 253
53THRTHRALAALAAA264 - 556254 - 546
63THRTHRALAALABB264 - 556254 - 546

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein


分子量: 63603.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1223 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0V0

-
非ポリマー , 7種, 1139分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7
詳細: 1.0M LiCl, 10.0% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97933, 1.00003,0.97951
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月22日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979331
21.000031
30.979511
反射解像度: 1.73→28.61 Å / Num. obs: 163581 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.24 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 23624 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALA5.0)データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.73→28.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 4.071 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE ARE LOTS OF NON-WATER DENSITY IN THE SOLVENT REGION. THEY ARE MODELLED AS BUFFER OR CRYO PROTECTANT MOLECULES. HOWEVER, FOR MANY ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE ARE LOTS OF NON-WATER DENSITY IN THE SOLVENT REGION. THEY ARE MODELLED AS BUFFER OR CRYO PROTECTANT MOLECULES. HOWEVER, FOR MANY OF MOLECULES, THE DENSITIES ARE NOT WELL DEFINED. 3. RESIDUES ASP 362, ASP 366 AND GLU 370 MIGHT BE INVOLVED IN METAL BINDING. A SODIUM WAS TENATIVELY MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18161 8214 5 %RANDOM
Rwork0.15164 ---
obs0.15314 155289 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.051 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→28.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8692 0 161 1098 9951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0229190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.95112505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.879318927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08251070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6824.601426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.412151415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8471530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.28182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.24800
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1850.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.96335398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.60132146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.08358768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0384085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.121113737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.24533
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3240.28
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 8045 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.265
loose thermal1.710
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 646 5.41 %
Rwork0.239 11300 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41010.2831-0.04780.78730.06470.44240.0053-0.0004-0.01170.11140.0238-0.00640.0013-0.0027-0.0291-0.0938-0.00330.0122-0.05730.0099-0.029589.991223.1395155.6984
20.5210.0936-0.18040.4872-0.04661.1089-0.0043-0.04310.0092-0.00290.0004-0.0145-0.0406-0.16940.0039-0.0614-0.0272-0.0002-0.06590.0004-0.023893.121919.90796.353
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 0 - 557 / Label seq-ID: 12 - 547

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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