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万見
- PDB-6wm6: Periplasmic EDTA-binding protein EppA, tetragonal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wm6
タイトルPeriplasmic EDTA-binding protein EppA, tetragonal
要素Extracellular solute-binding protein, family 5
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Periplasmic binding protein / EDTA / bioremediation / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular solute-binding protein, family 5
類似検索 - 構成要素
生物種Chelativorans sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Lewis, K.M. / Sattler, S.A. / Greene, C.L. / Xun, L. / Kang, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF CHE-1804699 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: The Structural Basis of the Binding of Various Aminopolycarboxylates by the Periplasmic EDTA-Binding Protein EppA from Chelativorans sp. BNC1.
著者: Lewis, K.M. / Greene, C.L. / Sattler, S.A. / Youn, B. / Xun, L. / Kang, C.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein, family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,28311
ポリマ－62,5601
非ポリマー72310
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.805, 87.805, 164.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1022-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein, family 5


分子量: 62560.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chelativorans sp. (strain BNC1) (バクテリア)
株: BNC1 / 遺伝子: Meso_1835 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q11H97
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.416→41.1 Å / Num. obs: 122095 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 20.01 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.57
反射 シェル解像度: 1.416→1.467 Å / Rmerge(I) obs: 0.8602 / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique obs: 11723 / CC1/2: 0.887

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vr5

1vr5


解像度: 1.42→41.1 Å / SU ML: 0.1126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.7177
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1525 1939 1.63 %
Rwork0.1441 --
obs0.1442 119276 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4128 0 43 599 4770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94226008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.99161608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.450.21931170.19577345X-RAY DIFFRACTION86.91
1.45-1.490.20021310.17368022X-RAY DIFFRACTION94.09
1.49-1.530.20231330.16118087X-RAY DIFFRACTION95.17
1.53-1.580.13971290.15548183X-RAY DIFFRACTION95.99
1.58-1.640.17511360.1528177X-RAY DIFFRACTION96.42
1.64-1.710.18471400.14948355X-RAY DIFFRACTION97.79
1.71-1.780.16261400.14798396X-RAY DIFFRACTION98.14
1.78-1.880.18571400.13888440X-RAY DIFFRACTION98.63
1.88-20.14791430.1428526X-RAY DIFFRACTION99.31
2-2.150.15311440.13758591X-RAY DIFFRACTION99.81
2.15-2.370.14711430.13468631X-RAY DIFFRACTION99.92
2.37-2.710.14561450.13698672X-RAY DIFFRACTION99.99
2.71-3.410.13521460.14788767X-RAY DIFFRACTION100
3.41-41.10.15081520.14369145X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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