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万見
- PDB-6wlh: RNA complex of WT1 zinc finger transcription factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wlh
タイトルRNA complex of WT1 zinc finger transcription factor
要素
  • RNA (29-MER)
  • Wilms tumor protein
キーワードTRANSCRIPTION / complex / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / Nephron development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / gonad development / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / podocyte differentiation / double-stranded methylated DNA binding / cardiac muscle cell fate commitment / hemi-methylated DNA-binding / mesenchymal to epithelial transition / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / germ cell development / vasculogenesis / cellular response to cAMP / epithelial cell differentiation / RNA splicing / kidney development / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Wilms tumor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wright, P.E. / Dyson, H.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM36643 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: RNA Binding by the KTS Splice Variants of Wilms' Tumor Suppressor Protein WT1.
著者: Nishikawa, T. / Wojciak, J.M. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wilms tumor protein
B: RNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9786
ポリマ－23,7162
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3740 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11780 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 800structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Wilms tumor protein / WT33


分子量: 14417.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WT1 / プラスミド: pWT-4- / 詳細 (発現宿主): see Laity et al. Biochemistry 2000 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19544
#2: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9298.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic23D HNCA
122isotropic23D HN(CA)CB
132isotropic23D HNCO
142isotropic23D (H)CCH-TOCSY
151isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N] WT1 zinc finger domain, 10 mM [U-2H] Tris, 40 mM KCl, 10 mM DTT, 5 uM ZnSO4, 2 mM NaN3, 0.5 mM RNA (29-MER), 90% H2O/10% D2O15N sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] WT1 zinc finger domain, 0.5 mM RNA (29-MER), 10 mM [U-2H] TRIS, 40 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 5 uM ZnSO4, 0.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N 13C90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMWT1 zinc finger domain[U-15N]1
10 mMTris[U-2H]1
40 mMKClnatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
5 uMZnSO4natural abundance1
2 mMNaN3natural abundance1
0.5 mMRNA (29-MER)natural abundance1
0.5 mMWT1 zinc finger domain[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.5 mMRNA (29-MER)natural abundance2
10 mMTRIS[U-2H]2
40 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
5 uMZnSO4natural abundance2
0.5 mMsodium azidenatural abundance2
試料状態詳細: See BMRB 50236 for other conditions / イオン強度: 40 mM KCl mM / Label: 1 / pH: 7.1 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker DRXBrukerDRX8002cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7503
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5004
Bruker DRXBrukerDRX6005

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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