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- PDB-6wjl: Crystal structure of Glypican-2 core protein in complex with D3 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wjl
タイトルCrystal structure of Glypican-2 core protein in complex with D3 Fab
要素
  • D3 Fab Heavy chain
  • D3 Fab Light Chain
  • Glypican-2
  • VHH domain
キーワードOncoprotein/Immune System / Neuroblastoma / Oncoprotein / Proteoglycan / Therapeutic antibody / Oncoprotein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to membrane / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / smoothened signaling pathway ...regulation of protein localization to membrane / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / smoothened signaling pathway / regulation of signal transduction / Retinoid metabolism and transport / lysosomal lumen / neuron differentiation / positive regulation of neuron projection development / Golgi lumen / cell migration / collagen-containing extracellular matrix / Attachment and Entry / synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glypican-2 / Glypican, conserved site / Glypicans signature. / Glypican / Glypican
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Raman, S. / Maris, J.M. / Bosse, K.R. / Julien, J.P.
資金援助2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2021
タイトル: A GPC2 antibody-drug conjugate is efficacious against neuroblastoma and small-cell lung cancer via binding a conformational epitope.
著者: Raman, S. / Buongervino, S.N. / Lane, M.V. / Zhelev, D.V. / Zhu, Z. / Cui, H. / Martinez, B. / Martinez, D. / Wang, Y. / Upton, K. / Patel, K. / Rathi, K.S. / Navia, C.T. / Harmon, D.B. / Li, ...著者: Raman, S. / Buongervino, S.N. / Lane, M.V. / Zhelev, D.V. / Zhu, Z. / Cui, H. / Martinez, B. / Martinez, D. / Wang, Y. / Upton, K. / Patel, K. / Rathi, K.S. / Navia, C.T. / Harmon, D.B. / Li, Y. / Pawel, B. / Dimitrov, D.S. / Maris, J.M. / Julien, J.P. / Bosse, K.R.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Glypican-2
H: D3 Fab Heavy chain
K: VHH domain
L: D3 Fab Light Chain
E: Glypican-2
F: D3 Fab Heavy chain
I: VHH domain
J: D3 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,4338
ポリマ－223,4338
非ポリマー00
水00
1
G: Glypican-2
H: D3 Fab Heavy chain
K: VHH domain
L: D3 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7164
ポリマ－111,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Glypican-2
F: D3 Fab Heavy chain
I: VHH domain
J: D3 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7164
ポリマ－111,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.942, 225.646, 107.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Glypican-2


分子量: 53427.738 Da / 分子数: 2 / 変異: S55T, S92T, S155T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N158
#2: 抗体 D3 Fab Heavy chain


分子量: 23499.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 VHH domain


分子量: 11326.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#4: 抗体 D3 Fab Light Chain


分子量: 23463.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M NaCl, 10% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M disodium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→29.476 Å / Num. obs: 37835 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 79.2 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / Num. unique obs: 3807 / CC1/2: 0.826

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XPREPデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ACR

4acr


解像度: 3.3→29.476 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 1831 4.84 %
Rwork0.2775 35990 -
obs0.2794 37821 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.22 Å2 / Biso mean: 72.9611 Å2 / Biso min: 23.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→29.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14241 0 0 0 14241
残基数----1916
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.3-3.38910.37431380.31542789
3.3891-3.48870.32631400.30372752
3.4887-3.60110.35521340.30572751
3.6011-3.72960.36081380.29692777
3.7296-3.87860.34281380.29382771
3.8786-4.05470.38031400.28652734
4.0547-4.26790.31631400.27542789
4.2679-4.53440.29241400.26452764
4.5344-4.8830.29371440.25762767
4.883-5.37170.28451370.26422772
5.3717-6.14290.32841480.29922772
6.1429-7.71640.37171460.30152770
7.7164-29.4760.25731480.24342782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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