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- PDB-6wj9: UDP-GlcNAc C4-epimerase mutant S121A/Y146F from Pseudomonas prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wj9
タイトルUDP-GlcNAc C4-epimerase mutant S121A/Y146F from Pseudomonas protegens in complex with UDP-GlcNAc
要素NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
キーワードISOMERASE / Short Chain Dehydrogenase / Complex / NAD dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas protegens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Marmont, L.S. / Willams, R.J. / Whitney, J.C. / Whitfield, G.B. / Robinson, H. / Parsek, M.R. / Nitz, M. / Harrison, J.J. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: PelX is a UDP-N-acetylglucosamine C4-epimerase involved in Pel polysaccharide-dependent biofilm formation.
著者: Marmont, L.S. / Whitfield, G.B. / Pfoh, R. / Williams, R.J. / Randall, T.E. / Ostaszewski, A. / Razvi, E. / Groves, R.A. / Robinson, H. / Nitz, M. / Parsek, M.R. / Lewis, I.A. / Whitney, J.C. ...著者: Marmont, L.S. / Whitfield, G.B. / Pfoh, R. / Williams, R.J. / Randall, T.E. / Ostaszewski, A. / Razvi, E. / Groves, R.A. / Robinson, H. / Nitz, M. / Parsek, M.R. / Lewis, I.A. / Whitney, J.C. / Harrison, J.J. / Howell, P.L.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
B: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8156
ポリマ－65,2742
非ポリマー2,5424
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.195, 75.487, 79.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

HOH

21A-647-

HOH

31A-686-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein / PelX


分子量: 32636.877 Da / 分子数: 2 / 変異: C232S, Y146F, S121A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア)
株: Pf-5 / 遺伝子: PFL_2971 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KCF6
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 21% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50.03 Å / Num. obs: 82655 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 26.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 3685
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SB8

1sb8


解像度: 2.11→50.03 Å / SU ML: 0.1974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4099
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1945 3828 4.63 %
Rwork0.1561 --
obs0.1579 82655 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→50.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4529 0 153 450 5132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86346516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0486758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.63062819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.140.25521500.21982638X-RAY DIFFRACTION91.62
2.14-2.160.24381300.19572912X-RAY DIFFRACTION99.8
2.16-2.190.211350.19222956X-RAY DIFFRACTION99.58
2.19-2.220.21821570.17992881X-RAY DIFFRACTION99.54
2.22-2.260.24971380.17532901X-RAY DIFFRACTION99.67
2.26-2.290.22771550.16992962X-RAY DIFFRACTION99.65
2.29-2.330.22991220.17232971X-RAY DIFFRACTION99.84
2.33-2.370.25041480.18092911X-RAY DIFFRACTION99.74
2.37-2.410.2251280.17092888X-RAY DIFFRACTION99.9
2.41-2.460.2141430.16752915X-RAY DIFFRACTION99.77
2.46-2.510.19291450.15832991X-RAY DIFFRACTION99.9
2.51-2.560.18261430.16022883X-RAY DIFFRACTION99.9
2.56-2.620.21261430.16152979X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.690.21341570.15862893X-RAY DIFFRACTION99.9
2.69-2.760.24221390.1712937X-RAY DIFFRACTION99.9
2.76-2.840.2261310.16422954X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.940.22751590.16462906X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.040.19581440.16412933X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.160.19721270.15782943X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.310.1871370.15982971X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.480.20741480.1572891X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.70.19271390.152937X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.980.18121430.1422955X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.380.14841430.13132927X-RAY DIFFRACTION100
4.38-5.020.1541320.11722966X-RAY DIFFRACTION100
5.02-6.320.18051470.15052911X-RAY DIFFRACTION100
6.32-50.030.15321450.15232915X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73262469975-0.6049938741420.6511429940731.55663743999-0.1222149523381.37829785341-0.05085248006760.164843893750.2479515727540.0563699911141-0.0550748243792-0.417110953054-0.226889080670.2127328970150.04164907695310.134336452774-0.0617093425007-0.02222056888650.1871307087170.02299928641970.287478817909-8.2315778412821.1451192122-4.86532628552
23.3800128234-0.297615348241-0.7672089597231.44639283099-0.004515577887992.86044067138-0.13399091863-0.3422644427960.2649287331110.3452756384150.0583155444815-0.182688483449-0.2352053215570.03050298049690.03883679622920.2509498021630.0284792543897-0.09863214641070.175761708303-0.0276744451370.244305250108-11.779850018314.149293935213.7207681993
30.8384309098990.4593094874880.4498637685492.68196127501-0.3485566803992.20520661011-0.07759197423790.04728988129230.0988659873049-0.447271369471-0.02070364121990.341809986426-0.526951752621-0.4032407794490.08332658828260.320765946110.105114669322-0.06725691185950.279676631106-0.007110162021490.189342100798-39.67773282630.1608520233-25.678951564
45.14767267593-0.880913301763-0.56363880052.27677779971-0.6470980421893.05157131506-0.05307806485070.2859561703850.0425682008508-0.275287216401-0.151965738826-0.21794417911-0.0279359484730.1938346306860.1976811851830.2264449930990.0019034613694-0.008116486650610.1786708816470.04361295443880.135106410685-25.211967255225.4281166154-18.9160198571
51.010282541980.4828478071091.301350529684.57728967728-0.2708089330752.401560299020.03336369643750.128277320098-0.304149180744-0.0126890362044-0.0584777408321-0.04703017594480.219556708160.02426259680230.02691272225430.1445439620120.01461431425530.002038728504380.2045517942150.006437990276840.120885007565-29.592027877910.1319268805-16.3165775142
60.605691990947-0.0428189061442-0.1055562390842.64164703961.445391032473.38058905074-0.0208312077647-0.0440501697712-0.04609320640780.00950173071566-0.06976836727630.136551904591-0.00261760307438-0.2418337457260.08575880858250.1155477528710.0223230656511-0.01254437779510.1937229098180.01648092646630.140177815803-31.546376399817.8273261946-13.4278090783
70.850973815026-1.08223399924-1.107767516062.042476345332.136287215654.145671507020.06537829139840.05264498439560.00923890703399-0.226491730737-0.02604047031550.0589582974378-0.202135911676-0.134821315609-0.04325361376980.163273291598-0.0457274085476-0.04299621810410.1765562013630.005863617028050.191861494354-33.769876697110.6497986945-32.0234847876
83.33256165925-0.605384624234-0.5274863204515.070898935510.4418463871838.778574727690.01113251447160.0830404541061-0.0449807066416-0.548093488552-0.03589814507650.25057589365-0.163703297980.05771331898530.03547047702370.266631791523-0.063252682091-0.02779696461260.153158111248-0.04183981297130.180322232543-30.36964949492.3129203038-45.9602863546
92.0995999374-1.79205375086-1.688607658441.90628061321.857802953595.154014368940.204611454319-0.5003162016920.02192098357150.1506104100010.177786140055-0.3422972423270.03091809479271.10832479846-0.4192877810760.298819016848-0.0657374307437-0.07239571503690.413554130339-0.04679109833430.285413732908-24.7005999331.95169511344-27.7127061656
102.33819737390.0977379049188-2.002170402340.9829132254840.8630339917487.77649246503-0.01437613917660.0742669230351-0.317712153858-0.136418668829-0.1479173692330.3568313011640.460254775142-1.003735431050.1383357129080.223750518179-0.0211998206821-0.06955922161870.359953789224-0.04516870697980.345294656479-42.86276700677.40035703849-29.7882743744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 177 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 178 through 310 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 77 through 111 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 112 through 144 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 145 through 177 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 178 through 249 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 250 through 270 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 271 through 284 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 285 through 310 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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