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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wj5 | ||||||
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タイトル | Structure of human TRPA1 in complex with inhibitor GDC-0334 | ||||||
![]() | Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN/Inhibitor / TRPA1 / channel / inhibitor / antagonist / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / channel activity / response to pain / : / intracellularly gated calcium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / channel activity / response to pain / : / intracellularly gated calcium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transport / sensory perception of pain / response to cold / : / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to organic cyclic compound / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to hydrogen peroxide / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Rohou, A. / Rouge, L. / Arthur, C.P. / Volgraf, M. / Chen, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A TRPA1 inhibitor suppresses neurogenic inflammation and airway contraction for asthma treatment. 著者: Alessia Balestrini / Victory Joseph / Michelle Dourado / Rebecca M Reese / Shannon D Shields / Lionel Rougé / Daniel D Bravo / Tania Chernov-Rogan / Cary D Austin / Huifen Chen / Lan Wang / ...著者: Alessia Balestrini / Victory Joseph / Michelle Dourado / Rebecca M Reese / Shannon D Shields / Lionel Rougé / Daniel D Bravo / Tania Chernov-Rogan / Cary D Austin / Huifen Chen / Lan Wang / Elisia Villemure / Daniel G M Shore / Vishal A Verma / Baihua Hu / Yong Chen / Laurie Leong / Chris Bjornson / Kathy Hötzel / Alvin Gogineni / Wyne P Lee / Eric Suto / Xiumin Wu / John Liu / Juan Zhang / Vineela Gandham / Jianyong Wang / Jian Payandeh / Claudio Ciferri / Alberto Estevez / Christopher P Arthur / Jens Kortmann / Ryan L Wong / Jose E Heredia / Jonas Doerr / Min Jung / Jason A Vander Heiden / Merone Roose-Girma / Lucinda Tam / Kai H Barck / Richard A D Carano / Han Ting Ding / Bobby Brillantes / Christine Tam / Xiaoying Yang / Simon S Gao / Justin Q Ly / Liling Liu / Liuxi Chen / Bianca M Liederer / Joseph H Lin / Steven Magnuson / Jun Chen / David H Hackos / Justin Elstrott / Alexis Rohou / Brian S Safina / Matthew Volgraf / Rebecca N Bauer / Lorena Riol-Blanco / ![]() 要旨: Despite the development of effective therapies, a substantial proportion of asthmatics continue to have uncontrolled symptoms, airflow limitation, and exacerbations. Transient receptor potential ...Despite the development of effective therapies, a substantial proportion of asthmatics continue to have uncontrolled symptoms, airflow limitation, and exacerbations. Transient receptor potential cation channel member A1 (TRPA1) agonists are elevated in human asthmatic airways, and in rodents, TRPA1 is involved in the induction of airway inflammation and hyperreactivity. Here, the discovery and early clinical development of GDC-0334, a highly potent, selective, and orally bioavailable TRPA1 antagonist, is described. GDC-0334 inhibited TRPA1 function on airway smooth muscle and sensory neurons, decreasing edema, dermal blood flow (DBF), cough, and allergic airway inflammation in several preclinical species. In a healthy volunteer Phase 1 study, treatment with GDC-0334 reduced TRPA1 agonist-induced DBF, pain, and itch, demonstrating GDC-0334 target engagement in humans. These data provide therapeutic rationale for evaluating TRPA1 inhibition as a clinical therapy for asthma. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 743.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 626.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72622.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O75762 #2: 化合物 | ChemComp-LXY / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TRPA1 bound by inhibitor GDC-0334 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.2 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grid was gold-coated. Glow discharge using GloQube, negative polarity. グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 2 x 4s blot time |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4114800 詳細: 15,630 movies were selected because of the quality of their CTF fits. 4,114,800 coordinates were selected, leading to 466,632 particles which clustered into high-quality 2D class averages | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58836 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Data at spatial frequencies higher than 1/4.8 A-1 were not used during any part of the refinement. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL 詳細: CCG MOE was used for refinement after Phenix real-space refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J9P Accession code: 3J9P / Source name: PDB / タイプ: experimental model |