[日本語] English
万見
- PDB-6wj1: Crystal structure of Fab 54-4H03 bound to H1 influenza hemagglutinin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wj1
タイトルCrystal structure of Fab 54-4H03 bound to H1 influenza hemagglutinin
要素
  • (Hemagglutinin ...) x 2
  • Fab 54-4H03 heavy chain
  • Fab 54-4H03 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Influenza hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.503 Å
データ登録者Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI127371 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99 AI139445 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Convergent Evolution in Breadth of Two VH6-1-Encoded Influenza Antibody Clonotypes from a Single Donor.
著者: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / ...著者: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / McDermott, A.B. / Wilson, I.A.
履歴
登録2020年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年9月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
H: Fab 54-4H03 heavy chain
L: Fab 54-4H03 light chain
J: Fab 54-4H03 heavy chain
K: Fab 54-4H03 light chain
G: Fab 54-4H03 heavy chain
I: Fab 54-4H03 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,23930
ポリマ－315,39112
非ポリマー6,84718
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53390 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area119270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)231.538, 259.211, 165.113
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 36658.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A3S7XTA4, UniProt: C3W5S1*PLUS
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 19992.076 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A3S5H8L7, UniProt: C3W5S1*PLUS

-
抗体 , 2種, 6分子 HJGLKI

#3: 抗体 Fab 54-4H03 heavy chain


分子量: 24881.918 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Fab 54-4H03 light chain


分子量: 23598.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 7種, 18分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 11% PEG 6000 and 0.1 M MES pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 62420 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.861 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 374579
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.616.31.14356230.6780.4841.2450.47199.8
3.61-3.746.20.93556080.7210.4061.0230.56599.8
3.74-3.8960.71655950.780.3160.7860.57999.8
3.89-4.075.60.50456250.8920.2330.5570.54199.6
4.07-4.285.80.32656310.9470.1480.360.55100
4.28-4.555.80.23456550.9680.1060.2580.684100
4.55-4.96.40.1856630.9820.0770.1960.777100
4.9-5.46.20.15256820.9860.0660.1660.812100
5.4-6.175.60.13556860.9840.0620.1490.90599.7
6.17-7.786.20.10157360.990.0440.111.26399.9
7.78-505.90.05959160.9970.0260.0652.26999.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M4Y

4m4y


解像度: 3.503→47.217 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 3149 5.05 %
Rwork0.1791 59210 -
obs0.1817 62359 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 390.81 Å2 / Biso mean: 124.6618 Å2 / Biso min: 47.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.503→47.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21935 0 448 0 22383
Biso mean--167.34 --
残基数----2820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.503-3.55760.33271560.2988257997
3.5576-3.61590.28351400.26672655100
3.6159-3.67820.29991490.27042639100
3.6782-3.74510.36861320.24442699100
3.7451-3.81710.27671250.23652662100
3.8171-3.8950.2751460.23632661100
3.895-3.97960.24241620.21042649100
3.9796-4.07220.26371430.2021266299
4.0722-4.17390.23941310.18142677100
4.1739-4.28670.23191790.16932655100
4.2867-4.41280.23991440.16172678100
4.4128-4.55510.21581340.1482711100
4.5551-4.71770.18661340.13782712100
4.7177-4.90640.18371200.14192691100
4.9064-5.12950.1951230.14472723100
5.1295-5.39960.21311510.14182688100
5.3996-5.73730.2021330.15822718100
5.7373-6.17940.2081470.17542710100
6.1794-6.79960.23161520.17792701100
6.7996-7.77980.23341540.17722731100
7.7798-9.78730.21031520.15622752100
9.7873-47.2170.22271420.1806285799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31341.12380.22884.96150.30550.5070.08120.4180.6924-0.6517-0.2054-0.1799-0.33810.10410.09011.28240.16250.46830.95310.26681.2925-41.333713.4427-50.9377
22.61143.5138-0.94738.7853-1.30991.04930.06130.37040.0411-0.47060.2141-0.4487-0.3672-0.0367-0.2191.15660.1680.23490.93850.08721.0146-46.9192-16.0694-52.431
32.12782.50820.28247.20212.59542.6934-0.06820.5823-0.1336-0.9469-0.42590.63550.5254-0.03140.43721.11230.22580.14211.0175-0.18520.7211-61.2613-44.3084-52.8596
41.88051.82081.10169.05552.64072.29780.1670.19940.52970.0854-0.0238-0.1812-0.15350.0224-0.21360.70640.11430.23470.7404-0.00250.4941-49.7938-23.1748-40.1083
57.00990.09150.92412.56221.44716.0758-0.1811-0.0466-1.088-1.1508-0.44481.88620.8873-1.51430.52661.776-0.04810.01681.2013-0.57331.8639-71.6568-66.6296-51.9281
61.35651.21350.20646.50961.2360.63090.2541-0.17040.59470.3703-0.2031-0.4172-0.3386-0.2261-0.0221.19370.08470.15730.8429-0.03831.0914-57.359315.919-19.7839
72.25351.13641.01813.39452.03471.18160.22380.02370.56520.9055-0.2820.06980.0899-0.6232-0.03051.17640.10690.05310.8129-0.07650.8334-67.3207-10.3393-25.6098
87.36773.78610.88837.40550.40792.47640.4891-0.3395-0.402-0.3319-0.56980.35140.2857-0.61380.13560.65220.04740.08740.7774-0.09390.6406-73.8963-41.7509-25.6124
92.65042.71990.22134.33120.53490.91750.15490.0106-0.42990.2452-0.1618-0.46690.2516-0.23970.00930.6235-0.01780.11340.828-0.10640.9395-67.389-40.0815-30.2061
102.4231-0.1026-0.25665.0350.79193.07540.1861-0.60190.66360.3279-0.03750.0299-0.15160.2762-0.05110.53360.1130.21520.67680.08860.7085-50.1902-48.4162-20.1105
111.43412.5998-0.10455.4787-0.48280.14550.1085-0.08870.29530.4775-0.2745-0.8811-0.3290.24160.1711.056-0.102-0.02021.07350.00732.0033-23.71095.0198-21.7483
121.37660.63660.45536.98320.08681.85320.1346-0.1438-0.2418-0.5271-0.3343-0.12220.6226-0.05040.19920.66220.0820.12920.69870.0080.7761-44.7541-47.5761-28.1943
130.683-1.1136-0.11326.4205-1.7560.7176-0.16330.06840.0851-0.00220.2963-0.0293-0.4410.1045-0.10190.75320.07460.18540.715-0.05090.9794-49.5344-22.6831-26.9995
146.27460.80821.43268.3649-0.69814.61310.93810.3873-1.3511-1.46-0.4905-0.18190.75890.3257-0.47031.46760.0783-0.05270.8478-0.06721.5365-54.0179-72.1774-34.4446
152.5844-1.68680.88821.7058-2.19234.14090.38220.88070.2613-1.1439-0.44470.3280.57590.36060.02111.93480.3075-0.10681.6643-0.30670.9846-64.8226-41.4969-83.1932
161.72190.36721.26930.7017-1.50377.8941-0.2170.24180.2280.60690.2549-0.841.95190.1735-0.02353.02320.4269-0.19891.9155-0.3621.9544-78.9705-25.0319-107.4588
177.8088-0.46170.72250.4141-0.07861.5835-0.0154-0.7797-0.94260.34120.02480.30830.014-0.1415-0.04340.85620.08580.11190.81880.1660.8068-20.6151-61.7096-14.6577
184.77350.5042-0.11726.3185-0.16171.78580.1841-1.1097-0.19470.69610.06330.3206-0.1639-0.1068-0.23130.95220.10130.15761.02150.09750.45565.5071-55.163-10.7541
195.5746-0.01472.30163.8858-0.62226.1273-0.0564-0.12580.6787-0.5956-0.07260.3411-0.6412-1.12440.05551.71840.333-0.1721.5303-0.04441.114-74.7855-29.2186-69.89
202.06750.93870.90570.891-0.69882.86360.53080.7762-0.2613-1.34660.0182-0.2251-0.2878-1.4782-0.57512.53230.53880.00172.19680.09281.4394-94.0603-28.2058-100.3592
216.1802-0.221-1.00914.3701-1.23557.97450.27690.43930.0016-0.24030.01780.69170.0433-0.8109-0.23670.5009-0.0708-0.06740.91220.08220.6737-97.9109-40.4846-12.2539
223.0836-0.3647-2.56770.7054-0.89424.23750.0557-0.09290.47710.48290.48610.3387-1.0893-0.4592-0.51140.90570.12990.25630.892-0.00711.0011-104.7747-33.441918.6933
234.83140.94421.30914.8795-0.30244.4680.1702-0.13180.57290.396-0.2367-0.1023-0.25210.63550.0290.6303-0.17750.04850.7650.00140.6897-78.7032-34.9829-0.3308
245.86661.73220.32816.392-1.51735.50210.3468-0.83360.05950.57440.123-0.2342-0.3858-0.0443-0.42860.631-0.03210.05860.85290.03660.5258-96.5633-43.146329.7916
258.77262.0539-2.36423.3499-1.3263.38790.1390.33690.12890.302-0.22940.0739-0.2787-0.05320.09490.69530.09970.13840.62670.01810.5818-19.7763-50.8291-32.8888
264.8965-2.01831.35334.5868-1.75152.83790.0886-0.4409-0.22540.1306-0.09860.1244-0.40190.42770.10170.632-0.00520.03631.0210.10940.627716.031-57.5878-23.4034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:262)A10 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 263:325)A263 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:61)B1 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 62:124)B62 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 125:175)B125 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 9:261)C9 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 262:324)C262 - 324
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 1:62)D1 - 62
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 63:171)D63 - 171
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 8:42)E8 - 42
11X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 43:325)E43 - 325
12X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resid 1:68)F1 - 68
13X-RAY DIFFRACTION13(chain F and resid 69:119)F69 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14(chain F and resid 120:171)F120 - 171
15X-RAY DIFFRACTION15(chain G and resid 1:135)G1 - 135
16X-RAY DIFFRACTION16(chain G and resid 136:214)G136 - 214
17X-RAY DIFFRACTION17(chain H and resid 1:133)H1 - 133
18X-RAY DIFFRACTION18(chain H and resid 134:214)H134 - 214
19X-RAY DIFFRACTION19(chain I and resid 1:106)I1 - 106
20X-RAY DIFFRACTION20(chain I and resid 107:213)I107 - 213
21X-RAY DIFFRACTION21(chain J and resid 1:98)J1 - 98
22X-RAY DIFFRACTION22(chain J and resid 99:214)J99 - 214
23X-RAY DIFFRACTION23(chain K and resid 1:107)K1 - 107
24X-RAY DIFFRACTION24(chain K and resid 108:213)K108 - 213
25X-RAY DIFFRACTION25(chain L and resid 1:107)L1 - 107
26X-RAY DIFFRACTION26(chain L and resid 108:213)L108 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る