PDB-6wim: CdiB from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wim

タイトル

CdiB from Escherichia coli

要素

Outer membrane transporter CdiB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / TPSB / OMP85 / CDIB

機能・相同性

機能・相同性情報

type V protein secretion system complex / protein secretion by the type V secretion system / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Guerin, J. / Botos, I. / Buchanan, S.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural insight into toxin secretion by contact dependent growth inhibition transporters.
著者: Guerin, J. / Botos, I. / Zhang, Z. / Lundquist, K. / Gumbart, J.C. / Buchanan, S.K.

履歴

登録	2020年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wim.cif.gz	119 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wim.ent.gz	91.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wim_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wim_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	6wim_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	6wim_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wilSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jzi-d 2w6n-d 3g8c-d 1dv2-d 3etj-d 2yrf-d 2w6o-d 6wil-d 3n20-d 3eth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane transporter CdiB

ヘテロ分子

60.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.953, 183.379, 45.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Outer membrane transporter CdiB 分子量: 58922.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cdiB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3YL97
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.12 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Gly-Gly AMPD pH 8.5 4mM Alkalis (1mM RbCl, 1mM SrAc, 1mM CeAc,1mM BaAc) 12.5% PEG 4000 20% 1,2,6-hexanetriol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29889 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3597 / CC_1/2: 0.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WIL

6wil

解像度: 2.6→44 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	1460	4.88 %
R_work	0.2478	28429	-
obs	0.2486	29889	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.16 Å² / B_iso mean: 79.1534 Å² / B_iso min: 33.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4130	0	90	13	4233
B_iso mean	-	-	81.25	58.52	-
残基数	-	-	-	-	536

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.6-2.6929	0.4023	124	0.3287	2827
2.6929-2.8007	0.3723	119	0.3333	2796
2.8007-2.9282	0.3636	146	0.3045	2775
2.9282-3.0825	0.3154	164	0.2988	2779
3.0825-3.2756	0.3173	160	0.2767	2822
3.2756-3.5284	0.2851	138	0.2705	2825
3.5284-3.8833	0.3091	139	0.251	2827
3.8833-4.4447	0.2375	158	0.2372	2841
4.4447-5.5981	0.2483	154	0.2133	2891
5.5981-44	0.2094	158	0.2288	3046

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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