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万見
- PDB-6wim: CdiB from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wim
タイトルCdiB from Escherichia coli
要素Outer membrane transporter CdiB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / TPSB / OMP85 / CDIB
機能・相同性
機能・相同性情報


type V protein secretion system complex / protein secretion by the type V secretion system / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / : / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac ...Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / : / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / Porin / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Outer membrane transporter CdiB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guerin, J. / Botos, I. / Buchanan, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (United States)OCI-1053575 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural insight into toxin secretion by contact dependent growth inhibition transporters.
著者: Guerin, J. / Botos, I. / Zhang, Z. / Lundquist, K. / Gumbart, J.C. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane transporter CdiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,29416
ポリマ－58,9231
非ポリマー1,37215
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.953, 183.379, 45.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane transporter CdiB


分子量: 58922.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cdiB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3YL97
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.12 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Gly-Gly AMPD pH 8.5 4mM Alkalis (1mM RbCl, 1mM SrAc, 1mM CeAc,1mM BaAc) 12.5% PEG 4000 20% 1,2,6-hexanetriol

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29889 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3597 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WIL

6wil


解像度: 2.6→44 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 1460 4.88 %
Rwork0.2478 28429 -
obs0.2486 29889 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.16 Å2 / Biso mean: 79.1534 Å2 / Biso min: 33.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4130 0 90 13 4233
Biso mean--81.25 58.52 -
残基数----536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.6-2.69290.40231240.32872827
2.6929-2.80070.37231190.33332796
2.8007-2.92820.36361460.30452775
2.9282-3.08250.31541640.29882779
3.0825-3.27560.31731600.27672822
3.2756-3.52840.28511380.27052825
3.5284-3.88330.30911390.2512827
3.8833-4.44470.23751580.23722841
4.4447-5.59810.24831540.21332891
5.5981-440.20941580.22883046

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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