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- PDB-6wi8: Inhibitor compound-induced confrontational change in Ring1b-Bmi1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wi8
タイトルInhibitor compound-induced confrontational change in Ring1b-Bmi1 domain structure
要素E3 ubiquitin-protein ligase RING2,Polycomb complex protein BMI-1 chimera
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase Ring1b / Bmi1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of adaxial/abaxial pattern formation / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / rostrocaudal neural tube patterning / segment specification / ubiquitin-protein transferase activator activity / embryonic skeletal system morphogenesis / somatic stem cell division / PcG protein complex / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus ...regulation of adaxial/abaxial pattern formation / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / rostrocaudal neural tube patterning / segment specification / ubiquitin-protein transferase activator activity / embryonic skeletal system morphogenesis / somatic stem cell division / PcG protein complex / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / hemopoiesis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / humoral immune response / heterochromatin / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ubiquitin ligase complex / positive regulation of B cell proliferation / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / apoptotic signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / brain development / positive regulation of fibroblast proliferation / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / in utero embryonic development / nuclear body / protein ubiquitination / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb complex protein BMI-1 / E3 ubiquitin-protein ligase RING2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.092 Å
データ登録者Cho, H.J. / Cierpicki, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Small-molecule inhibitors targeting Polycomb repressive complex 1 RING domain.
著者: Shukla, S. / Ying, W. / Gray, F. / Yao, Y. / Simes, M.L. / Zhao, Q. / Miao, H. / Cho, H.J. / Gonzalez-Alonso, P. / Winkler, A. / Lund, G. / Purohit, T. / Kim, E. / Zhang, X. / Ray, J.M. / He, ...著者: Shukla, S. / Ying, W. / Gray, F. / Yao, Y. / Simes, M.L. / Zhao, Q. / Miao, H. / Cho, H.J. / Gonzalez-Alonso, P. / Winkler, A. / Lund, G. / Purohit, T. / Kim, E. / Zhang, X. / Ray, J.M. / He, S. / Nikolaidis, C. / Ndoj, J. / Wang, J. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Ryan, R.J.H. / Guzman, M.L. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
履歴
登録2020年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2,Polycomb complex protein BMI-1 chimera
B: E3 ubiquitin-protein ligase RING2,Polycomb complex protein BMI-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,16910
ポリマ－48,6452
非ポリマー5238
水905
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2,Polycomb complex protein BMI-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5845
ポリマ－24,3231
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase RING2,Polycomb complex protein BMI-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5845
ポリマ－24,3231
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.081, 154.742, 49.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RING2,Polycomb complex protein BMI-1 chimera / Polycomb group RING finger protein 4 / RING finger protein 51


分子量: 24322.715 Da / 分子数: 2
断片: RING-2 (UNP residues 10-116) + BMI-1 (UNP residues 1-104)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF2, BMI1, PCGF4, RNF51 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X6RFN3, UniProt: P35226, 異性化酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM acetate, pH 4.5, 200 mM lithium sulfate, 2.5 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日 / 詳細: NULL
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 7292 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.28
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Num. unique obs: 7320 / Rsym value: 0.443

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6WI7

6wi7


解像度: 3.092→41.721 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 726 9.96 %
Rwork0.2066 --
obs0.2119 7292 97.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 194.19 Å2 / Biso mean: 65.5982 Å2 / Biso min: 17.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.092→41.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3153 0 8 5 3166
Biso mean--60.94 21.06 -
残基数----399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5414356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2691998
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.33010.33521380.262123993
3.3301-3.66510.3231360.2278130597
3.6651-4.1950.24971520.21133799
4.195-5.28360.23741490.1829133899
5.2836-41.70.23011510.1951134799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6781.3545-0.06937.59131.16174.3071-0.15310.1798-0.2719-0.7664-0.4491-0.5020.7940.00650.46460.44470.01460.09770.43520.01880.484611.36842.1855-5.0141
26.8423-1.5745-0.97424.1728-2.7276.6846-0.0632-0.4992-0.41940.7612-0.15870.30651.21660.48750.07170.8729-0.0166-0.05340.36730.04110.3347.6727-13.318413.646
32.33320.4949-0.03192.366-1.99788.906-0.1817-0.23410.0418-0.1453-0.01750.64051.9427-0.681-0.09160.4279-0.10280.08210.5012-0.07790.47422.9788-9.54630.7064
43.87462.3419-1.02192.92120.74592.6572-0.10420.44180.03530.1111-0.04050.12710.0116-0.07750.15740.13640.0437-0.03870.31640.01640.32956.82936.79651.2332
55.50922.45313.49648.14590.46752.57370.32080.4467-0.08220.60160.03560.04870.0652-0.5365-0.2070.29570.01230.06810.49140.07610.28156.632226.165829.8199
68.1651-0.3414-5.11325.30557.47942.0010.6343-0.19621.4513-1.12980.7333-0.5668-3.76863.9374-1.66670.8835-0.23530.14621.199-0.38631.09059.413351.317127.3375
78.06332.5260.07795.7523-1.80920.6812-0.21550.86810.5691-1.2174-0.3158-0.2102-2.03530.07230.31851.6886-0.1101-0.23340.59840.07090.68244.300349.884210.885
81.4910.5252-1.35323.86690.26785.9162-0.6319-0.01960.1648-0.4402-0.56751.0441-0.83540.30760.35630.48910.0691-0.19150.42980.1230.57290.911946.883922.1037
92.5365-1.04420.7344.52761.69013.2047-0.10310.0424-0.0667-0.1817-0.31120.4138-0.2649-0.21150.39660.2636-0.00050.08770.3879-0.03680.36373.17830.407523.8144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 49 )A15 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 91 )A50 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 1015 )A92 - 1015
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1016 through 1102 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 16 through 36 )B16 - 36
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 37 through 54 )B37 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 55 through 90 )B55 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 91 through 1011 )B91 - 1011
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1012 through 1102 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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