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- PDB-6wi6: Crystal structure of plantacyclin B21AG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wi6
タイトルCrystal structure of plantacyclin B21AG
要素Plantacyclin B21AG
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Circular bacteriocin / antimicrobial peptide / lactic acid bacteria
機能・相同性MALONATE ION
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Smith, A.T. / Gor, M.C. / Vezina, B. / McMahon, R. / King, G. / Panjikar, S. / Rehm, B. / Martin, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Griffith University Postdoctoral Fellowship in Australia
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and site-directed mutagenesis of circular bacteriocin plantacyclin B21AG reveals cationic and aromatic residues important for antimicrobial activity.
著者: Gor, M.C. / Vezina, B. / McMahon, R.M. / King, G.J. / Panjikar, S. / Rehm, B.H.A. / Martin, J.L. / Smith, A.T.
#1: ジャーナル: Heliyon / 年: 2020
タイトル: Discovery and characterisation of circular bacteriocin plantacyclin B21AG from Lactiplantibacillus plantarum B21.
著者: Golneshin, A. / Gor, M.C. / Williamson, N. / Vezina, B. / Van, T.T.H. / May, B.K. / Smith, A.T.
#2: ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Cloning and functional expression of a food-grade circular bacteriocin, plantacyclin B21AG, in probiotic Lactobacillus plantarum WCFS1.
著者: Gor, M.C. / Golneshin, A. / Van, T.T.H. / Moore, R.J. / Smith, A.T.
#3: ジャーナル: Patent / 年: 2016
タイトル: Bacteriocin polypeptides and uses thereof
著者: Golneshin, A. / Gor, M.C. / Van, T.T.H. / May, B.K. / Moore, R.J. / Smith, A.T.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.details / _citation.pdbx_database_id_patent

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plantacyclin B21AG
B: Plantacyclin B21AG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4813
ポリマ－11,3792
非ポリマー1021
水1,00956
1
A: Plantacyclin B21AG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6901
ポリマ－5,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Plantacyclin B21AG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7922
ポリマ－5,6901
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.131, 93.170, 49.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

MLI

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要素

#1: タンパク質 Plantacyclin B21AG


分子量: 5689.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus plantarum (バクテリア) / 株: B21
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 % / 解説: Cubic shape
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH7.0 and 0.5% v/v JED-2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.58 Å / Num. obs: 9770 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 128402
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.8412.30.76270625730.90.2230.7952.496.7
9.01-46.5810.60.034106810110.0120.03635.699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8→46.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.187 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 993 10.2 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.1739 8753 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.42 Å2 / Biso mean: 26.503 Å2 / Biso min: 15.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å2-0 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→46.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数802 0 7 56 865
Biso mean--21.63 39.23 -
残基数----116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.019820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9591121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05831909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4375114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.38222.516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65515118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.947152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02158
LS精密化 シェル解像度: 1.803→1.849 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 62 -
Rwork0.245 637 -
all-699 -
obs--98.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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