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- PDB-6wh8: The structure of NTMT1 in complex with compound BM-30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wh8
タイトルThe structure of NTMT1 in complex with compound BM-30
要素
  • 4HP-PRO-LYS-ARG-NH2, BM-30
  • N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / enzyme (酵素) / inhibitor complex (酵素阻害剤) / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation ...N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alpha-N-methyltransferase NTM1 / AdoMet dependent proline di-methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4HP-PRO-LYS-ARG-NH2, BM-30 / S-アデノシル-L-ホモシステイン / N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.729 Å
データ登録者Noinaj, N. / Chen, D. / Huang, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1U01CA214649-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM117275-01A1 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Selective Peptidomimetic Inhibitors of NTMT1/2: Rational Design, Synthesis, Characterization, and Crystallographic Studies.
著者: Mackie, B.D. / Chen, D. / Dong, G. / Dong, C. / Parker, H. / Schaner Tooley, C.E. / Noinaj, N. / Min, J. / Huang, R.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
A: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
C: 4HP-PRO-LYS-ARG-NH2, BM-30
D: 4HP-PRO-LYS-ARG-NH2, BM-30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4766
ポリマ－55,7074
非ポリマー7692
水10,088560
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.867, 106.867, 205.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-922-

HOH

21A-997-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 / Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal ...Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal RCC1 methyltransferase / X-Pro-Lys N-terminal protein methyltransferase 1A / NTM1A


分子量: 27320.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTMT1, C9orf32, METTL11A, NRMT, NRMT1, AD-003 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BV86, protein N-terminal methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド 4HP-PRO-LYS-ARG-NH2, BM-30


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 533.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: 4HP-PRO-LYS-ARG-NH2, BM-30
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, and 2% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.729→29.55 Å / Num. obs: 72963 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.4 % / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.224 / Rsym value: 0.213 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.729→1.76 Å / 冗長度: 18.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3997 / Rpim(I) all: 1.516 / Rrim(I) all: 4.823 / Rsym value: 4.575 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000denzoデータ削減
HKL-2000scalepackデータスケーリング
PHASERwithin PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E1D

5e1d


解像度: 1.729→29.55 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 2000 2.75 %
Rwork0.1799 --
obs0.1804 72828 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.729→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3645 0 52 564 4261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8795126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9922254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.729-1.77190.36981380.31724856X-RAY DIFFRACTION98
1.7719-1.81980.32431410.28874970X-RAY DIFFRACTION100
1.8198-1.87340.26931400.28044988X-RAY DIFFRACTION100
1.8734-1.93380.31741400.29454983X-RAY DIFFRACTION100
1.9338-2.00290.27781420.23544997X-RAY DIFFRACTION100
2.0029-2.08310.22581410.19625001X-RAY DIFFRACTION100
2.0831-2.17790.19931420.1765036X-RAY DIFFRACTION100
2.1779-2.29260.20721410.18835002X-RAY DIFFRACTION100
2.2926-2.43620.20771440.16285070X-RAY DIFFRACTION100
2.4362-2.62420.17211410.16395039X-RAY DIFFRACTION100
2.6242-2.88810.20391450.16245106X-RAY DIFFRACTION100
2.8881-3.30550.18291440.17025118X-RAY DIFFRACTION100
3.3055-4.16280.16931470.15325183X-RAY DIFFRACTION100
4.1628-29.550.17821540.16825479X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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