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Yorodumi- PDB-3g7n: Crystal Structure of a Triacylglycerol Lipase from Penicillium Ex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3g7n | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Triacylglycerol Lipase from Penicillium Expansum at 1.3 | ||||||
Components | Lipase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / hydrolase fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information triacylglycerol lipase / triglyceride lipase activity / lipid metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Penicillium expansum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / molecular replacement / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Bian, C.B. / Yuan, C. / Chen, L.Q. / Edward, J.M. / Lin, L. / Jiang, L.G. / Huang, Z.X. / Huang, M.D. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2010 Title: Crystal structure of a triacylglycerol lipase from Penicillium expansum at 1.3 A determined by sulfur SAD Authors: Bian, C.B. / Yuan, C. / Chen, L.Q. / Meehan, E.J. / Jiang, L.G. / Huang, Z.X. / Lin, L. / Huang, M.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3g7n.cif.gz | 111.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3g7n.ent.gz | 91.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3g7n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27315.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Penicillium expansum (fungus) / Gene: PEL / Plasmid: pPIC9K / Production host: Pichia pastoris (fungus) References: UniProt: Q9HFW6, UniProt: Q7LST4*PLUS, triacylglycerol lipase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-1PE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | WILD TYPE PROTEIN WAS USED IN THE STUDY. THE SEQUENCE OBTAINED IN THE STRUCTURE IS RELIABLE. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: AS, PEG400, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 13.4 % / Av σ(I) over netI: 40.13 / Number: 1656937 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.89 / D res high: 1.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 123399 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. obs: 123399 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 40.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.3→39.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.707 / SU ML: 0.031 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.494 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→39.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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