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- PDB-3g7n: Crystal Structure of a Triacylglycerol Lipase from Penicillium Ex... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3g7n | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Triacylglycerol Lipase from Penicillium Expansum at 1.3 | ||||||
![]() | Lipase | ||||||
![]() | HYDROLASE / hydrolase fold | ||||||
Function / homology | ![]() triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bian, C.B. / Yuan, C. / Chen, L.Q. / Edward, J.M. / Lin, L. / Jiang, L.G. / Huang, Z.X. / Huang, M.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a triacylglycerol lipase from Penicillium expansum at 1.3 A determined by sulfur SAD Authors: Bian, C.B. / Yuan, C. / Chen, L.Q. / Meehan, E.J. / Jiang, L.G. / Huang, Z.X. / Lin, L. / Huang, M.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 111.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 91.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 475.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27315.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q9HFW6, UniProt: Q7LST4*PLUS, triacylglycerol lipase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-1PE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | WILD TYPE PROTEIN WAS USED IN THE STUDY. THE SEQUENCE OBTAINED IN THE STRUCTURE IS RELIABLE. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: AS, PEG400, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 13.4 % / Av σ(I) over netI: 40.13 / Number: 1656937 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.89 / D res high: 1.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 123399 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. obs: 123399 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 40.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.494 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→39.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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