PDB-6wgq: The crystal structure of a beta-lactamase from Shigella flexneri ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wgq

タイトル

The crystal structure of a beta-lactamase from Shigella flexneri 2a str. 2457T

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a beta-lactamase from Shigella flexneri 2a str. 2457T
著者: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2020年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wgq.cif.gz	367.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wgq.ent.gz	246 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wgq_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wgq_full_validation.pdf.gz	473.3 KB	表示
XML形式データ	6wgq_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	6wgq_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dpzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ga9-1 4kg2-2 6t7l-d 4lv3-2 1my8-2 4old-1 3gvb-1 1ke4-1 1l0g-1 4jxv-1 6lc9-1 1kvm-1 5ggw-1 4kg6-4 1xx2-1 4jxw-1 1kdw-2 1bls-1 2pu2-2 4e3k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97227

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

81.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.419, 73.767, 109.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.397, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Beta-lactamase penicillin resistance 分子量: 39725.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ampC, S4573, SAMEA3710568_04045 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) 参照: UniProt: A0A4S3P3Z5, UniProt: A0A0H2V5I6*PLUS, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase / Beta-lactamase penicillin resistance

分子量: 39725.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ampC, S4573, SAMEA3710568_04045 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
参照: UniProt: A0A4S3P3Z5, UniProt: A0A0H2V5I6*PLUS, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 566分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES:NaOH 30% (w/v) PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月3日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.4 Å / Num. obs: 66678 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.81 Å² / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 1.65 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2899 / CC_1/2: 0.661 / CC star: 0.892 / R_pim(I) all: 0.377 / R_rim(I) all: 0.68 / Χ²: 0.806 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		位相決定
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DPZ

6dpz

解像度: 1.8→46.38 Å / SU ML: 0.1561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.1507

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1916	3315	4.97 %
R_work	0.1527	-	-
obs	0.1546	66647	97.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5569	0	138	538	6245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	5881
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8556	8017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0565	857
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.482	2147

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.2344	130	0.1913	2032	X-RAY DIFFRACTION	77.05
1.83-1.86	0.2395	139	0.1911	2473	X-RAY DIFFRACTION	90.85
1.86-1.88	0.2294	141	0.1838	2568	X-RAY DIFFRACTION	96.23
1.89-1.92	0.2365	153	0.1836	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.92-1.95	0.2292	149	0.1743	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.95-1.98	0.1921	152	0.1573	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.98-2.02	0.2044	147	0.1597	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.02-2.06	0.1958	146	0.1584	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.06-2.11	0.1962	152	0.1592	2659	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.11-2.16	0.187	140	0.1563	2643	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.16-2.21	0.2011	140	0.1533	2690	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.21-2.27	0.2142	131	0.1487	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.27-2.34	0.1999	143	0.1537	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.34-2.41	0.2012	148	0.156	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.41-2.5	0.2325	134	0.1544	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.5-2.6	0.2249	127	0.1605	2689	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.6-2.72	0.2147	116	0.1685	2709	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.72-2.86	0.1999	124	0.1643	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.86-3.04	0.1816	136	0.1638	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.04-3.28	0.1748	143	0.1652	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.28-3.61	0.1892	148	0.1464	2660	X-RAY DIFFRACTION	98.25
3.61-4.13	0.1649	127	0.1335	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.48
4.13-5.2	0.147	116	0.1232	2731	X-RAY DIFFRACTION	98.79
5.2-46.38	0.1695	133	0.144	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.53257655619	7.09492003992	-4.65353933005	9.44169904743	-6.00314871383	4.04353057964	-0.374273804294	0.297136101612	-0.30806828256	-0.605125957217	0.154811349612	-0.365851922774	0.355042566922	0.256423053339	0.281496895181	0.222206415978	-0.0073653506912	0.0154813509367	0.235212183241	-0.00608155311383	0.204880984255	1.62937770101	-10.7654324741	26.0424363819
2	0.603798309145	0.0918582271057	0.0162736710132	0.941976358578	0.331905788003	1.90478218395	0.0136801356487	0.0307615409469	0.00544050289796	0.00616119424768	-0.0220155568598	0.0377805574827	-0.0144675316244	-0.113484208425	0.0233992744355	0.0770990371361	0.00158413750819	-0.0104558451995	0.10805832305	0.0250556529536	0.136031972741	-10.6824699394	2.38142068268	41.203323667
3	1.79003693516	-0.417832918496	0.208682931052	1.86435658868	0.112062456526	2.25963619973	0.0295806918186	-0.108480483393	-0.0626487045636	0.0722109858079	-0.0177810603898	0.183673740147	0.0645327163565	-0.292241449439	-0.00970830566306	0.155589993392	-0.0124932674787	0.0193201982811	0.168842926175	0.0133004345085	0.128032685662	-16.5644871065	-1.944587834	61.2946768388
4	1.26183553116	0.275026818506	0.239247298631	1.34460832656	0.483405655288	1.45439617027	6.92469606591E-5	0.0199487399506	0.0366853743786	0.0416105747221	-0.0302457440865	0.142334848125	-0.038109832241	-0.210560940846	0.0330295811058	0.130448600889	0.00917287300016	-0.00937728133559	0.147688288855	0.018002578368	0.15222494047	-16.7200005657	4.66036996848	39.1839699674
5	1.42495466492	-1.89129960149	0.935315396713	3.67447864437	0.066926818425	1.52549485083	0.0293275344577	0.0827434405076	0.0757909810579	-0.0769202337139	-0.119528397171	-0.325543800238	-0.0750072017102	0.138947124572	0.108038107302	0.0765792016273	-0.00733669063651	0.0114240070403	0.11662502198	-0.00750278986915	0.122525059378	0.891926180847	5.34216510948	49.9603767294
6	0.319467327447	0.150248395296	0.153169233679	0.906938818994	0.106409118184	1.62803317444	-0.0383237334323	-0.0114509297214	0.00691241847	0.0270893627985	0.0262879020496	-0.070917568493	0.116093959891	0.123322471498	0.00958478487138	0.103516963433	0.0156802983514	-0.00668593707183	0.117656633345	0.00923963801119	0.155670335511	0.237376618104	-6.47434094234	43.8970949241
7	6.82211115917	-6.68723104891	4.60193192229	7.30515170766	-5.45996710966	4.48932652073	-0.343324488908	-0.638618057982	0.38935601068	0.519903784214	0.252702333149	-0.408352348516	-0.73326638389	0.412957444168	0.343765690404	0.357694479104	-0.0364797484661	0.00366320763249	0.245046897358	-0.017916341925	0.244131412001	1.94553829651	31.3455625627	28.7126587595
8	0.736635531673	-0.101653595847	-0.0353314914667	2.06918263459	0.9001285171	2.61317004989	-0.00917885605938	-0.095067274838	0.0527870124872	0.143357236976	-0.0019868206543	0.0857525185831	-0.125012928009	-0.147997913855	0.0209657360419	0.111380275195	0.00411406148416	0.0246324063759	0.121354357209	0.0269790461542	0.128700802737	-8.55250323707	21.2478552763	21.2569830201
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14	4.16098114074	0.333446889857	0.555512957313	5.31588896342	-1.23184671021	4.49156979574	0.0526407358281	-0.0207320822328	0.129369925594	-0.0715833450072	-0.070905385574	-0.269406531685	-0.325019783598	0.36188784995	0.0129110978548	0.174525281608	-0.0307257053678	0.0128180535455	0.118806081525	-0.0194546436107	0.066849600168	0.445556309096	28.3834224108	18.6759991955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 291 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 292 through 377 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 20 through 39 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 40 through 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 96 through 131 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 132 through 178 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 179 through 253 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 254 through 291 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 292 through 348 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 349 through 377 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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