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- PDB-6wg5: Human ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 (ENTPD4, N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wg5
タイトルHuman ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 (ENTPD4, NTPDase 4)
要素Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4
キーワードHYDROLASE / nucleotide metabolism / glycosylation / ASKHA superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-diphosphatase / UDP catabolic process / CTP metabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / nucleobase-containing small molecule catabolic process / : / GDP catabolic process / CDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase / nucleoside diphosphate catabolic process ...guanosine-diphosphatase / UDP catabolic process / CTP metabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / nucleobase-containing small molecule catabolic process / : / GDP catabolic process / CDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase / nucleoside diphosphate catabolic process / : / UDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity / CTPase activity / GDP phosphatase activity / autophagosome membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / cytoplasmic vesicle / lysosomal membrane / Golgi membrane / GTPase activity / Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
GDA1/CD39 family of nucleoside phosphatases signature. / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
類似検索 - ドメイン・相同性
Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gorelik, A. / Labriola, J.M. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the nucleotide-metabolizing enzyme NTPDase4.
著者: Gorelik, A. / Labriola, J.M. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2020年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3422
ポリマ－58,9171
非ポリマー4241
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.378, 101.820, 129.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 / NTPDase 4 / Lysosomal apyrase-like protein of 70 kDa / Uridine-diphosphatase / UDPase


分子量: 58917.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENTPD4, KIAA0392, LALP70, LYSAL1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y227, nucleoside diphosphate phosphatase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Na/K tartrate, 20% PEG 3350, cryo-protected with 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97959 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 22486 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1864 / CC1/2: 0.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZX3

3zx3


解像度: 2.6→49.322 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2136 1864 8.29 %
Rwork0.1742 --
obs0.1774 22484 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 196.24 Å2 / Biso mean: 56.9656 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3977 0 55 204 4236
Biso mean--85.01 45.26 -
残基数----492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5215604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2932467
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6001-2.67040.2821970.2488107566
2.6704-2.7490.25441170.2295129080
2.749-2.83770.26021350.2208149390
2.8377-2.93910.22451460.2104161899
2.9391-3.05680.24611490.2031649100
3.0568-3.19590.24811480.19451641100
3.1959-3.36430.21941500.18631659100
3.3643-3.57510.24261500.16771651100
3.5751-3.8510.19081500.1551665100
3.851-4.23840.17061520.14241676100
4.2384-4.85120.14831530.13171696100
4.8512-6.11020.22041540.161703100
6.1102-49.3220.24081630.19641804100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66460.85091.20122.39-0.9512.0518-0.1519-0.0685-0.10750.0679-0.2004-0.48370.06220.37740.26110.26140.01850.06730.46720.06930.38554.942616.488522.5933
22.3808-0.26310.8062.7323-0.15912.42220.1529-0.0386-0.9668-0.2999-0.1635-0.40480.9980.3906-0.05920.68350.15560.11150.41480.16390.77062.1096-4.428722.91
32.720.37390.24041.24270.09442.8073-0.09130.08650.201-0.06770.00040.0596-0.08160.12580.12650.1683-0.0070.05150.23320.04890.2135-8.800519.933717.4912
40.51620.57310.84422.07210.37281.6032-0.1749-0.13720.02020.27940.06010.3710.0463-0.3088-0.00650.23110.00460.07520.2752-0.01850.2793-18.112118.818314.3929
51.05370.07710.1630.9663-0.04520.7408-0.0141-0.0129-0.10690.13590.05420.20240.2344-0.25480.13040.2147-0.03860.10890.29010.02260.2439-19.98867.92198.8077
61.82710.8530.38231.62140.56821.5005-0.15080.3207-0.4347-0.42560.046-0.0519-0.0714-0.05920.06350.2513-0.0573-0.01710.3586-0.07950.2147-15.46861.4578-18.9299
72.22060.7255-1.01041.69430.50983.26710.0051-0.0110.0641-0.1190.043-0.1444-0.28860.1204-0.04660.1952-0.01070.010.12930.0070.1568-6.954615.6206-5.8872
80.57560.6228-0.61132.2634-2.47322.71470.2127-0.14790.14690.6372-0.051-0.2741-0.4650.5520.30080.44290.01470.06310.32890.09440.3722-7.678812.142638.7184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 64 through 127 )A64 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 218 )A128 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 246 )A219 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 247 through 282 )A247 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 283 through 346 )A283 - 346
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 347 through 413 )A347 - 413
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 414 through 525 )A414 - 525
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 526 through 555 )A526 - 555

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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