PDB-6wg1: Crystal structure of Fab399 in complex with NPNA6 peptide from ci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wg1

タイトル

Crystal structure of Fab399 in complex with NPNA6 peptide from circumsporozoite protein

要素

Fab399 heavy chain
Fab399 light chain
NPNA6 peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Sporozoite / Circumsporozoite protein / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.086 Å

データ登録者

Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum.
著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / Richter King, C. / Zavala, F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2020年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wg1_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wg1_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	6wg1_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	6wg1_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6w00C 6w05C 6wfwC 6wfxC 6wfyC 6wfzC 6wg0C 6wg2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wfz-d 5otj-d 2e1r-d 5o9a-d 3kfc-d 1u60-4 6zh7-d 2av7-d 6u3i-d 2npf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab399 heavy chain

B: Fab399 light chain

H: Fab399 heavy chain

L: Fab399 light chain

C: NPNA6 peptide

98.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.968, 85.901, 89.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab399 heavy chain 分子量: 23677.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab399 light chain 分子量: 24288.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	NPNA6 peptide 分子量: 2420.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50% MPD, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03316 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.086→50 Å / Num. obs: 49542 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.901 / R_pim(I) all: 0.06 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.086→2.14 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1393 / CC_1/2: 0.715 / R_pim(I) all: 0.333 / R_sym value: 0.407 / % possible all: 51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 2.086→44.014 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	2434	4.92 %
R_work	0.1967	-	-
obs	0.1991	49513	88.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.086→44.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6670	0	0	347	7017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6835
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.72	9330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.323	4031
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.086-2.1284	0.332	66	0.2567	1397	X-RAY DIFFRACTION	45
2.1284-2.1747	0.2846	79	0.2596	1874	X-RAY DIFFRACTION	60
2.1747-2.2252	0.2922	94	0.2479	2206	X-RAY DIFFRACTION	71
2.2252-2.2809	0.3103	165	0.2435	2525	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2809-2.3426	0.2968	153	0.2381	2839	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3426-2.4115	0.2529	164	0.2351	3011	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4115-2.4893	0.2707	155	0.2288	3043	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4893-2.5783	0.2767	166	0.2261	3037	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5783-2.6815	0.2719	139	0.2245	3083	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6815-2.8035	0.2821	159	0.2273	3025	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8035-2.9513	0.3099	167	0.2266	3003	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9513-3.1361	0.3027	151	0.2251	2879	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1361-3.3782	0.2878	129	0.2093	2955	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3782-3.718	0.2587	168	0.1855	3023	X-RAY DIFFRACTION	96
3.718-4.2556	0.2082	147	0.1642	3058	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2556-5.3602	0.1634	144	0.1403	3019	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3602-44.014	0.197	188	0.1749	3102	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6209	0.079	0.1318	0.4161	-0.1455	0.1869	-0.1326	0.1897	-0.3339	-0.0203	0.0332	0.1472	0.2897	-0.387	-0.0002	0.2561	-0.0256	-0.0093	0.2399	-0.0233	0.2784	24.4705	2.0346	-6.9963
2	0.3103	-0.014	0.4826	0.7507	0.0417	0.5742	-0.0243	0.3961	-0.1156	-0.1047	0.0928	0.0077	-0.0805	-0.3006	-0.0004	0.2015	0.0003	-0.043	0.2573	-0.0292	0.2494	23.0039	13.2197	-7.6641
3	1.1813	-0.4093	-0.7307	0.332	0.5026	0.7862	0.0239	0.2175	-0.0298	-0.0243	-0.0489	0.0045	0.0372	-0.2536	-0.0001	0.1914	-0.0189	-0.0026	0.2433	0.0081	0.2513	24.2778	8.1803	-9.097
4	0.1982	-0.04	-0.2932	0.6124	0.1417	0.8437	-0.1566	-0.081	-0.2411	0.0894	0.1072	-0.0648	0.0634	-0.0228	-0	0.2975	-0.0376	-0.0035	0.22	-0.0978	0.3755	50.8756	-2.9498	-22.5895
5	0.181	-0.204	-0.1078	0.8232	1.0192	0.8879	0.0552	-0.1006	-0.2794	-0.0117	0.032	-0.0233	0.0726	-0.0816	-0.0001	0.2701	-0.0286	-0.0284	0.2355	-0.0248	0.3589	52.9115	-1.2094	-15.5565
6	0.5431	-0.1508	-0.3855	0.0419	0.1596	0.5972	0.371	-0.0949	-0.4019	-0.165	-0.136	-0.0166	0.5375	0.008	0.0074	0.3345	0.028	-0.0589	0.1935	-0.0314	0.4691	55.3313	-11.1237	-16.4437
7	1.7251	1.0639	0.4716	1.0545	-0.0066	1.418	0.0152	-0.2448	0.198	-0.0213	-0.0104	0.0526	-0.0155	-0.0294	0.0001	0.193	-0.0086	-0.0097	0.1618	-0.0494	0.2921	36.6943	24.3442	1.3493
8	0.2498	0.0027	0.0445	0.3849	0.043	0.21	0.0981	-0.0971	0.1417	-0.1011	0.0146	-0.0281	-0.1036	0.0745	0	0.191	-0.0047	-0.023	0.1897	-0.0142	0.2492	42.6685	20.3927	-3.3093
9	0.5856	0.3736	-0.2374	0.4377	0.1619	0.3857	-0.0804	0.0262	-0.1245	-0.0298	0.0162	-0.1396	0.0241	0.0709	0.0001	0.2447	-0.0005	0.0471	0.2342	-0.0613	0.293	61.6531	5.6684	-22.9149
10	0.1661	-0.1209	0.0828	0.1387	-0.0921	0.0897	0.0822	0.0293	-0.1919	-0.2531	-0.0348	0.0448	0.0347	0.4268	-0.0001	0.3996	-0.0217	0.0052	0.3579	-0.0766	0.3381	59.3353	12.2504	-29.3036
11	0.14	-0.1438	-0.0453	1.0178	0.3671	0.6635	0.1625	0.0173	-0.0541	-0.1737	0.0164	-0.1844	-0.2518	0.0765	-0.0001	0.2804	-0.0273	0.0459	0.2812	-0.0598	0.3002	63.9098	8.395	-22.9169
12	0.2363	0.3664	-0.0389	1.8087	-0.4453	1.4432	0.1391	-0.1621	0.0319	0.3431	-0.2122	-0.0775	-0.0706	0.0493	0.0003	0.2739	-0.0703	-0.0079	0.2816	-0.0286	0.1921	13.9886	12.1921	26.3966
13	0.5179	0.1701	0.8033	0.1365	0.0803	0.8783	-0.0258	0.0236	-0.2984	0.0269	0.2173	-0.4237	-0.5176	0.6936	-0.0045	0.4704	-0.1605	0.0044	0.602	-0.0514	0.2556	12.9932	-10.681	44.7696
14	0.376	0.408	0.4465	0.5055	0.0893	1.1035	0.1768	-0.1147	-0.0588	0.208	-0.0146	-0.2118	-0.1942	0.6474	0	0.401	-0.1256	-0.0551	0.6321	-0.0528	0.313	14.4111	-13.6748	45.3265
15	0.9047	0.6991	-0.0983	0.7861	-0.7747	1.3928	0.044	0.0322	0.0102	-0.0776	0.1189	0.1868	0.1448	-0.1888	-0.0001	0.2465	-0.0514	-0.013	0.2637	0.0161	0.2685	-2.4539	2.0384	15.6803
16	-0.049	0.2994	0.0095	0.2001	-0.2979	0.0796	-0.022	-0.0337	0.1184	0.0763	0.1586	0.3739	0.0163	-0.2199	-0	0.2856	-0.0435	0.0224	0.2529	0.0029	0.3031	-4.1129	-1.3761	20.0324
17	1.4458	0.3274	0.0007	1.4526	0.1454	0.893	0.2036	-0.2426	0.0047	0.4254	-0.0875	0.1238	-0.0254	0.0769	0.0028	0.4562	-0.1043	0.0506	0.3952	0.0139	0.2171	-1.0574	-17.9781	50.2098
18	0.0949	-0.0479	0.1245	0.0152	-0.0404	0.1033	0.2331	-0.1383	0.0409	0.2553	0.0575	0.4941	-0.3886	-0.1687	-0.0002	0.3893	0.0059	0.0382	0.521	0.047	0.4873	10.0804	21.7555	1.2304
19	0.0245	0.056	0.0206	0.1344	0.0704	0.0488	0.4644	-0.5049	1.1572	0.8671	0.1415	0.1781	-0.4799	-0.5821	0.0092	0.3818	0.1424	0.083	0.4376	0.001	0.4314	8.6221	19.6101	12.4411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 109 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 110 through 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1546 through 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 189 through 214 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 80 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 81 through 113 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 114 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 151 through 163 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 164 through 213 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 1 through 119 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 120 through 170 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 171 through 213 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 1 through 66 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 67 through 113 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 114 through 214 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1 through 17 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 18 through 24 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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