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- PDB-6wdp: Interleukin 12 receptor subunit beta-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wdp
タイトルInterleukin 12 receptor subunit beta-1
要素Interleukin-12 receptor subunit beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / cytokine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-23-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / cytokine receptor activity ...interleukin-23-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / cytokine receptor activity / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of defense response to virus by host / cellular response to type II interferon / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / receptor complex / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Spangler, J.B. / Thomas, C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA177684
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis for IL-12 and IL-23 receptor sharing reveals a gateway for shaping actions on T versus NK cells.
著者: Caleb R Glassman / Yamuna Kalyani Mathiharan / Kevin M Jude / Leon Su / Ouliana Panova / Patrick J Lupardus / Jamie B Spangler / Lauren K Ely / Christoph Thomas / Georgios Skiniotis / K Christopher Garcia /
要旨: Interleukin-12 (IL-12) and IL-23 are heterodimeric cytokines that are produced by antigen-presenting cells to regulate the activation and differentiation of lymphocytes, and they share IL-12Rβ1 as a ...Interleukin-12 (IL-12) and IL-23 are heterodimeric cytokines that are produced by antigen-presenting cells to regulate the activation and differentiation of lymphocytes, and they share IL-12Rβ1 as a receptor signaling subunit. We present a crystal structure of the quaternary IL-23 (IL-23p19/p40)/IL-23R/IL-12Rβ1 complex, together with cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of the complete IL-12 (IL-12p35/p40)/IL-12Rβ2/IL-12Rβ1 and IL-23 receptor (IL-23R) complexes, which reveal "non-canonical" topologies where IL-12Rβ1 directly engages the common p40 subunit. We targeted the shared IL-12Rβ1/p40 interface to design a panel of IL-12 partial agonists that preserved interferon gamma (IFNγ) induction by CD8 T cells but impaired cytokine production from natural killer (NK) cells in vitro. These cell-biased properties were recapitulated in vivo, where IL-12 partial agonists elicited anti-tumor immunity to MC-38 murine adenocarcinoma absent the NK-cell-mediated toxicity seen with wild-type IL-12. Thus, the structural mechanism of receptor sharing used by IL-12 family cytokines provides a protein interface blueprint for tuning this cytokine axis for therapeutics.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0705
ポリマ－24,6971
非ポリマー3724
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.780, 55.780, 182.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / IL-12RB1 / IL-12 receptor beta component


分子量: 24697.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12RB1, IL12R, IL12RB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42701
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.0159.11
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl, and 0.1 M sodium cacodylate pH 5.9

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
31002N
41002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.211
シンクロトロンSSRL BL12-220.9792
シンクロトロンSSRL BL12-230.9184
シンクロトロンSSRL BL12-240.9798
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年9月9日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2012年1月22日
DECTRIS PILATUS 6M3PIXEL2012年1月22日
DECTRIS PILATUS 6M4PIXEL2012年1月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
3MADMx-ray3
4MADMx-ray4
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97921
30.91841
40.97981
反射

Entry-ID: 6WDP

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.01-36.191986998.841140.960.9990.10330.0320.1084113.8
2.5-47.41061999.912.40.9990.0670.0270.073226.3
2.5-47.41061899.712.40.9990.0730.030.079325.4
2.5-47.41063899.912.410.0690.0280.074226.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.01-2.08291.6851.1618610.4380.58141.789194.03
2.5-2.612.80.843.111590.8240.3410.908299.4
2.5-2.612.50.9642.711520.7610.3981.044398.7
2.5-2.612.90.9672.711610.7830.3911.044299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.01→36.19 Å / SU ML: 0.2716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.5969
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 994 5.01 %
Rwork0.2219 18850 -
obs0.223 19844 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→36.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 0 23 39 1707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00441712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71962330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0452626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.110.33231310.32172460X-RAY DIFFRACTION92.67
2.11-2.240.31021380.27452623X-RAY DIFFRACTION98.22
2.24-2.420.31731420.25912682X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.660.25171420.23872701X-RAY DIFFRACTION100
2.66-3.050.24081430.23012716X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.840.23081450.20032752X-RAY DIFFRACTION99.9
3.84-36.190.21771530.20622916X-RAY DIFFRACTION98.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71460299638-1.35623966032-0.09787013941664.81157219209-0.9637358746442.32343958032-0.241897982748-0.5848839630630.1131959586240.4396313647460.0823187452647-0.202903390428-0.08810832764210.09388926321650.04921047163530.4839146829920.03188546622370.0334491799750.443475739524-0.0243251090910.412814418067-22.853089413843.599604631630.5813965087
22.79156897997-0.873714266847-1.464006654983.921557367212.871397817934.16374205488-0.219513894866-0.0881594235695-0.1819430379410.591898113509-0.01283825194550.7053628103060.171576928754-0.1254473434720.2000495406690.4320297296990.0500420242170.07857804449020.3020390839030.08234095726460.36908642321-29.540153781932.741434207426.3348336175
32.69028794062-0.512189499035-1.373014640193.608301090141.007530297491.264849846850.0014348264006-0.315533980520.0387160491860.5218434838470.1198107600830.154914418323-0.0843591347416-0.042757829355-0.1277469415050.3665296006550.04431568520740.04168274206620.2960603725770.07415853773520.239259944864-23.230619100535.91097059624.6950235247
42.201879399722.89650369943-1.816042108554.26105822965-1.89776516291.90866903173-0.08105766288960.4378080408320.78470141439-0.4877541044310.5410140432330.4463980531620.101256355574-0.27448306188-0.4519831339060.39952938896-0.05137204962690.03125008801440.3263809081920.106112612380.53936093638-34.17306577958.411098550624.3647467079
52.08069740254-0.3003765609991.124275675570.9080563471530.4226042867962.02702880744-0.3408417391970.4515185625750.269167922141-0.701553310061-0.0456680933925-0.6771881777570.4925172786660.1599878995760.6930483240740.395402091427-0.03042081062330.07366998989180.4192927957920.1285653247540.548489274452-31.86581314486.0369418718222.0361167449
66.679096993241.86350295980.7666776209164.14560092363-3.058236912924.129269499640.0769034491677-0.5033751131530.8658610501640.101845809946-0.311131734455-0.418049697415-0.08773890904750.5940081348260.1859246736610.352834720389-0.05543313061150.08280533260710.250098539685-0.03755464757320.493304486784-31.13088890167.8846475590432.641935841
70.9834907491171.46076199543-0.19121696582.94888809232-1.167771075580.9008398423760.541378480080.09315633777881.287616640740.211504103455-0.2450061316760.374728168608-0.2050809550770.388230892826-0.1173624602580.477904731651-0.01041708280320.0471494662660.4178726968350.05556551300851.01252463082-27.551765303517.657172560725.8352335687
83.367209405831.70329921422-3.399025299411.7182914307-1.616532699873.411909823190.196972877298-0.4863453089710.00870436071322-0.023458358768-0.5493424605860.3571269142330.5677843786940.6542001470020.3100598111090.4500584224520.02497182956250.0287454155540.4591093098760.01806786311260.315583090835-44.0802031236-3.2585184342743.6727073931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 153 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 154 through 167 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 168 through 214 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 215 through 228 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 229 through 240 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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