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- PDB-6wcw: Structure of human Rubicon RH domain in complex with GTP-bound Rab7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wcw
タイトルStructure of human Rubicon RH domain in complex with GTP-bound Rab7
要素
  • Ras-related protein Rab-7a
  • Run domain Beclin-1-interacting and cysteine-rich domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / autophagy / rab / gtpase / aging / zinc finger / g protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of autophagosome maturation / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / epidermal growth factor catabolic process / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / negative regulation of exosomal secretion ...: / negative regulation of autophagosome maturation / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / epidermal growth factor catabolic process / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / negative regulation of exosomal secretion / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion / establishment of vesicle localization / phagosome maturation / phosphatidylinositol phosphate binding / retromer complex binding / endosome to plasma membrane protein transport / melanosome membrane / phagophore assembly site membrane / multivesicular body sorting pathway / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of endocytosis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / immune system process / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / autophagosome membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / autophagosome assembly / viral release from host cell / RHOG GTPase cycle / intracellular transport / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phagocytosis / lipid catabolic process / bone resorption / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / negative regulation of autophagy / lipid droplet / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / G protein activity / mitochondrial membrane / response to bacterium / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / autophagy / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / protein transport / late endosome / late endosome membrane / lysosome / early endosome / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rubicon Homology Domain / Rubicon Homology Domain / DUF4206 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases ...Rubicon Homology Domain / Rubicon Homology Domain / DUF4206 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-7a / Run domain Beclin-1-interacting and cysteine-rich domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bhargava, H.K. / Byck, J.M. / Farrell, D.P. / Anishchenko, I. / DiMaio, F. / Im, Y.J. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM123089 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111730 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for autophagy inhibition by the human Rubicon-Rab7 complex.
著者: Bhargava, H.K. / Tabata, K. / Byck, J.M. / Hamasaki, M. / Farrell, D.P. / Anishchenko, I. / DiMaio, F. / Im, Y.J. / Yoshimori, T. / Hurley, J.H.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ras-related protein Rab-7a
A: Run domain Beclin-1-interacting and cysteine-rich domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1918
ポリマ－50,3822
非ポリマー8096
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex tightly associates as a heterodimer on size exclusion chromatography., immunoprecipitation, The Rubicon RH domain is sufficient to pull down GTP-bound Rab7 from cell ...根拠: gel filtration, Complex tightly associates as a heterodimer on size exclusion chromatography., immunoprecipitation, The Rubicon RH domain is sufficient to pull down GTP-bound Rab7 from cell lysates., microscopy, Rubicon and Rab7 colocalize in human cells.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.040, 45.330, 186.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.507, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-7a


分子量: 20840.699 Da / 分子数: 1 / 変異: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB7A, RAB7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P51149
#2: タンパク質 Run domain Beclin-1-interacting and cysteine-rich domain-containing protein / Rubicon / Beclin-1 associated RUN domain containing protein / Baron


分子量: 29541.436 Da / 分子数: 1 / Fragment: RH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUBCN, KIAA0226 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92622
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 6% (w/v) PEG 8000, 100mM Tris-HCl pH 7.4, 15mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→92.11 Å / Num. obs: 12498 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 50.62 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1234 / CC1/2: 0.715 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Blu-Iceデータ収集
ELVESdata processing
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YHN

1yhn


解像度: 2.8→54.22 Å / SU ML: 0.3844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.1988
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 591 4.77 %Random selection
Rwork0.1995 11804 --
obs0.2024 12395 98.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→54.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 0 0 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05414748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.58531320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.080.39221300.28242923X-RAY DIFFRACTION98.74
3.08-3.530.31021690.24432898X-RAY DIFFRACTION98.55
3.53-4.440.21241370.17492958X-RAY DIFFRACTION99.36
4.44-54.220.23531550.17353025X-RAY DIFFRACTION98.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.97387330335 Å / Origin y: 24.7072069095 Å / Origin z: 38.6235448201 Å
111213212223313233
T0.2649171581 Å20.0319573900416 Å2-0.00480449627833 Å2-0.375452392478 Å20.0958277321209 Å2--0.322596506454 Å2
L0.208932859123 °20.225932558673 °2-1.06707365976 °2--0.00725053557181 °2-0.380485090947 °2--2.40464517327 °2
S0.0467383014816 Å °0.0856833581124 Å °0.0240848780564 Å °0.0111097981558 Å °0.0598718620997 Å °0.000128416162956 Å °-0.0455502657974 Å °-0.306900529773 Å °-0.039085844215 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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