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- PDB-6wcm: Crystal structure of Laccase from Thermus thermophilus HB27 with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wcm
タイトルCrystal structure of Laccase from Thermus thermophilus HB27 with an open conformation of beta-hairpin (Average deposited dose 15.50 MGy)
要素Laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE / open conformation / multicopper oxidase / laccase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamic behavior of beta-hairpin loop at laccase of Thermus thermophilus at 1.7 angstroms resolution
著者: Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2144
ポリマ－48,8491
非ポリマー3653
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Prteins were loaded in superdex 75 column and eluted with 120 mL 20 mM MES and 50 NaCl
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.436, 60.817, 76.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Laccase


分子量: 48848.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72HW2, laccase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 4000, 20% 2-propanol, 100 mM citrate buffer / PH範囲: 5.5-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.1949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月17日 / 詳細: Sagittal focusing 2nd crystal horizontal focusing
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.24 Å / Num. obs: 51812 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 20.59 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0503 / Rpim(I) all: 0.0503 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value
3.66-38.841.90.02716.953060.9960.0270.038
2.91-3.661.90.03514.452090.9940.0350.05
2.54-2.911.90.05710.451790.9870.0570.08
2.31-2.541.90.076851930.980.0760.107
2.14-2.311.90.1036.751620.9650.1030.146
2.02-2.141.80.146551580.9410.1460.207
1.91-2.021.80.2113.651750.8850.2980.211
1.83-1.911.80.3122.551460.7780.3120.441
1.76-1.831.80.451.851270.6220.450.635
1.7-1.761.30.6531.351440.4510.6530.924

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER7.0.076位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XU9

2xu9


解像度: 1.7→39.24 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 2608 5.03 %
Rwork0.1965 --
obs0.1986 51812 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.85 Å2 / Biso mean: 26.3766 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→39.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3443 0 17 329 3789
Biso mean--33.89 33.98 -
残基数----440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.730.31591430.321925762719
1.73-1.760.29851370.301125462683
1.76-1.80.33971330.292325932726
1.8-1.840.30951410.27625502691
1.84-1.880.3381360.258225852721
1.88-1.930.27651410.248925602701
1.93-1.980.31551350.221725822717
1.98-2.040.26791210.226726112732
2.04-2.110.24491530.220625662719
2.11-2.180.27291180.199525992717
2.18-2.270.24081390.195925862725
2.27-2.370.25581550.194125612716
2.37-2.50.28221380.197225832721
2.5-2.650.24151210.195126052726
2.65-2.860.23891250.193826022727
2.86-3.140.24761750.190925782753
3.14-3.60.21151240.18426222746
3.6-4.530.17681180.156226382756
4.53-39.240.18681550.163726612816

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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