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- PDB-6wcd: Crystal Structure of Xenopus laevis APE2 Catalytic Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wcd
タイトルCrystal Structure of Xenopus laevis APE2 Catalytic Domain
要素DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
キーワードHYDROLASE / nuclease / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Wojtaszek, J.L. / Wallace, B.D. / Williams, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: Endogenous DNA 3' Blocks Are Vulnerabilities for BRCA1 and BRCA2 Deficiency and Are Reversed by the APE2 Nuclease.
著者: Alvarez-Quilon, A. / Wojtaszek, J.L. / Mathieu, M.C. / Patel, T. / Appel, C.D. / Hustedt, N. / Rossi, S.E. / Wallace, B.D. / Setiaputra, D. / Adam, S. / Ohashi, Y. / Melo, H. / Cho, T. / ...著者: Alvarez-Quilon, A. / Wojtaszek, J.L. / Mathieu, M.C. / Patel, T. / Appel, C.D. / Hustedt, N. / Rossi, S.E. / Wallace, B.D. / Setiaputra, D. / Adam, S. / Ohashi, Y. / Melo, H. / Cho, T. / Gervais, C. / Munoz, I.M. / Grazzini, E. / Young, J.T.F. / Rouse, J. / Zinda, M. / Williams, R.S. / Durocher, D.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4087
ポリマ－39,8561
非ポリマー5526
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.383, 73.149, 98.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / APE2


分子量: 39855.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: apex2, apex2-prov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6DDT4, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
非ポリマー , 5種, 354分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.5, 2:1 and 1:1 protein:crystallant ratios

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→37.17 Å / Num. obs: 60632 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 5.3 % / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 16.14
反射 シェル解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 5767 / Rrim(I) all: 0.477 / % possible all: 94.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G0R

3g0r


解像度: 1.54→37.17 Å / SU ML: 0.1144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.5959
Rfactor反射数%反射
Rfree0.157 3074 5.07 %
Rwork0.1433 --
obs0.144 60632 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→37.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2465 0 30 348 2843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01412607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34563539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0783388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4206984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.570.2241340.23152348X-RAY DIFFRACTION89.99
1.57-1.590.21041400.18452552X-RAY DIFFRACTION98.93
1.59-1.620.17171400.1762610X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.650.20771320.16782598X-RAY DIFFRACTION99.71
1.65-1.680.17981380.15992586X-RAY DIFFRACTION99.82
1.68-1.710.18151290.15812613X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.750.16541510.15452567X-RAY DIFFRACTION99.89
1.75-1.790.18551520.15272588X-RAY DIFFRACTION99.96
1.79-1.840.17121270.13922656X-RAY DIFFRACTION99.93
1.84-1.890.16011230.13482610X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.13171430.13472628X-RAY DIFFRACTION99.93
1.94-20.16881440.13132591X-RAY DIFFRACTION99.96
2-2.080.14641530.13152606X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.160.15391290.13172648X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.260.15491400.13252623X-RAY DIFFRACTION99.96
2.26-2.380.14121410.12792638X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.530.16021430.13472628X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.720.1441420.13562644X-RAY DIFFRACTION99.86
2.72-2.990.15511510.14352659X-RAY DIFFRACTION99.89
2.99-3.430.16971370.14462680X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-4.320.12911480.13082691X-RAY DIFFRACTION99.79
4.32-37.170.16631370.15972794X-RAY DIFFRACTION97.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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