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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u6z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Xenopus laevis Apex2 C-terminal Znf-GRF Domain | ||||||
要素 | DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyaseDNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / GRF Zinc Finger / 3' AP Endo/Exonuclease / DNA binding (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wallace, B.D. / Williams, R.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: APE2 Zf-GRF facilitates 3'-5' resection of DNA damage following oxidative stress. 著者: Wallace, B.D. / Berman, Z. / Mueller, G.A. / Lin, Y. / Chang, T. / Andres, S.N. / Wojtaszek, J.L. / DeRose, E.F. / Appel, C.D. / London, R.E. / Yan, S. / Williams, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u6z.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u6z.ent.gz | 16.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u6z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8272.509 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 446-517 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: apex2, apex2-prov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6DDT4, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.28257 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.28257 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 5570 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 56.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→45.166 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 29.61
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.73 Å2 / Biso mean: 43.12 Å2 / Biso min: 28.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→45.166 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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