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- PDB-6wa6: Structure of the Chlamydia pneumoniae CdsV protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wa6
タイトルStructure of the Chlamydia pneumoniae CdsV protein
要素Low calcium response locus protein D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type III secretion / protein secretion / effector secretion
機能・相同性Type III secretion protein HrcV / FHIPEP, domain 1 / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / protein secretion / plasma membrane / Low calcium response D
機能・相同性情報
生物種Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jensen, J.L. / Spiller, B.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI108778 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / : 2020
タイトル: "The structure of the Type III secretion system export gate with CdsO, an ATPase lever arm".
著者: Jensen, J.L. / Yamini, S. / Rietsch, A. / Spiller, B.W.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low calcium response locus protein D
B: Low calcium response locus protein D
C: Low calcium response locus protein D
D: Low calcium response locus protein D
E: Low calcium response locus protein D
F: Low calcium response locus protein D
G: Low calcium response locus protein D
H: Low calcium response locus protein D
I: Low calcium response locus protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,55222
ポリマ-393,3559
非ポリマー1,19713
1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24130 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area149550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.650, 280.440, 290.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Low calcium response locus protein D / CdsV / Low calcium response D / Type III secretion inner membrane protein SctV


分子量: 43706.141 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
遺伝子: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_ ...遺伝子: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_A_03350, BN1224_Wien2_E_01080, BN1224_YK41_BG_00210, CWL029c_C_01630
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q9Z8L5
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 / 詳細: 100 mM HEPES pH 6.75, 5% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→126.27 Å / Num. obs: 134510 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 13227 / CC1/2: 0.718

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→126.27 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 6708 4.99 %
Rwork0.1959 --
obs0.1983 134496 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→126.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24779 0 78 58 24915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00925455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09234525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7369784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.830.34162050.31114094X-RAY DIFFRACTION98
2.83-2.870.34372480.29374209X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.90.35232420.29124229X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.940.31462290.27974134X-RAY DIFFRACTION99
2.94-2.980.34612210.27264233X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.020.30352010.26674300X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.060.34862150.26894188X-RAY DIFFRACTION99
3.06-3.10.35392460.29074200X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.150.31462140.27124269X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.210.31922360.25064197X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.260.27512050.23424232X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.320.26322390.22444248X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.380.26982270.22674205X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.450.28592320.21944245X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.530.28682220.21544267X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.610.26512290.20984202X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.70.27712510.22154302X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.80.27072180.20954175X-RAY DIFFRACTION100
3.8-3.910.23482260.18544325X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.040.21951950.19034249X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.180.23832280.17714280X-RAY DIFFRACTION99
4.18-4.350.20822120.16074255X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.550.19532380.14914269X-RAY DIFFRACTION99
4.55-4.790.21512410.15624298X-RAY DIFFRACTION99
4.79-5.090.18882080.15564304X-RAY DIFFRACTION99
5.09-5.480.20562010.15844305X-RAY DIFFRACTION99
5.48-6.030.22142140.17214348X-RAY DIFFRACTION99
6.03-6.90.26262280.19944311X-RAY DIFFRACTION99
6.91-8.70.21072050.1774354X-RAY DIFFRACTION98
8.7-126.270.2032320.17814562X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5398-0.45960.43822.6104-0.11721.4668-0.1067-0.1019-0.1974-0.02060.1472-0.18360.18240.0935-0.02080.34150.02710.08830.33250.0090.394325.8629-44.7806-2.5778
26.92811.9782-1.65536.5851-0.67897.67950.0323-0.54970.00330.36110.14970.7719-0.0065-0.1767-0.05450.3948-0.09790.09830.380.03120.5276-1.1579-47.4585-5.9953
33.8097-1.15691.6125.0658-1.61655.9577-0.4114-0.6198-0.23181.13340.2977-0.2505-0.04660.38270.04260.53270.0659-0.070.58660.02340.467439.1583-17.065630.6759
42.46690.8816-0.30764.02681.25975.6755-0.3255-0.20460.0165-0.14490.01290.1275-0.0971-0.21730.24930.23780.0467-0.07860.3383-0.0430.418519.9981-20.41626.8517
57.5624-1.0391-2.94466.10742.45246.2957-0.3763-1.3494-0.25520.5070.02050.57620.057-0.30040.33330.42340.03830.18170.8343-0.18760.58466.1882-22.36122.7305
62.3155-0.7748-0.32992.2136-0.32725.4166-0.3866-0.21890.34010.3109-0.1083-0.94790.07990.9280.36380.844-0.1926-0.22810.74810.07560.815147.751424.25316.6671
73.1461-0.94630.63893.2995-0.68962.4627-0.5326-0.83870.32820.75450.18330.2194-0.55790.15490.17860.78180.0012-0.07040.6512-0.02150.365834.278517.987321.1154
86.42510.75673.43252.97910.28096.1886-0.7582-1.33490.89260.79760.55640.885-2.014-0.52420.21931.44860.51260.29841.16790.14181.05669.824718.045726.901
95.4469-0.64591.69334.7680.67170.70160.2071-1.4988-0.611.07320.24820.3121-1.3899-1.1390.07241.46310.31360.58590.9630.1111.0316.979413.720929.4847
103.87162.29510.64634.44680.26464.63110.03760.1259-0.1287-0.1687-0.0064-0.6527-0.29030.6395-0.06840.6704-0.1450.08090.511-0.03450.57150.276949.7926-10.7287
111.34781.05640.4493.38990.57952.06170.0096-0.12630.0978-0.00790.0201-0.0908-0.2139-0.0114-0.0170.5211-0.07280.01080.4059-0.02260.407637.289745.8309-0.9309
124.1847-2.90821.60459.0999-0.6246.9779-0.0003-0.66540.68150.9053-0.06790.8871-0.3944-0.58760.06610.66480.1110.2530.7278-0.10450.755215.604247.86236.9678
132.10921.7668-0.18163.4616-0.59191.1907-0.41410.35020.5143-0.52130.41770.0506-1.23140.6422-0.04341.7622-0.44980.05940.85790.02650.744.62461.2806-46.8583
141.98090.5961.03512.7489-0.183.53670.0725-0.00780.1297-0.52790.03240.0677-0.2534-0.1418-0.11290.7011-0.02630.04230.4396-0.0790.350527.987644.5013-27.1411
156.2335-2.0332.08543.7322-2.42016.21490.1970.24560.3807-1.2208-0.2910.681-0.5837-0.61750.09011.15510.3416-0.21490.6031-0.09980.667315.03860.7807-29.9474
165.99653.0571-4.46171.6801-2.60988.00420.20780.2281-0.5175-0.6094-0.1529-0.62710.39160.87650.52451.733-0.1750.41110.8804-0.18330.485442.174920.1602-79.8134
172.7383-0.171-1.33850.7757-1.70315.04670.06250.3287-0.0107-0.91780.26-0.4478-0.34650.5055-0.23661.7529-0.3020.29570.7801-0.07480.612340.789531.253-79.3541
185.2755-6.16194.29047.2065-5.07283.7037-0.23340.4590.0239-1.11260.29630.87270.11510.21960.13122.0507-0.4962-0.0271.11690.21090.839232.964246.3834-93.3615
190.62290.3593-1.27950.2457-0.8152.6495-0.42040.29520.303-1.06780.3347-0.3032-0.11860.0229-0.00061.7094-0.31450.12390.7420.02660.634136.97736.8983-74.9324
203.7190.9250.62375.2574-0.08444.1165-0.17260.16810.6037-0.42110.08040.7337-0.6404-0.61690.0751.0231-0.0182-0.07960.5305-0.06280.529423.126738.4905-54.2186
218.42465.6792-5.45847.0726-0.34787.48590.39120.47080.6622-1.4083-0.47791.45570.2033-1.72340.31710.89240.209-0.42331.38530.15981.45361.565742.1539-65.9207
223.35562.7101-1.26292.6090.72646.8502-0.2230.61331.7259-0.538-0.05950.7831-0.1148-1.0963-0.07531.67430.1149-0.42861.55930.69761.043415.224949.6188-70.9323
234.8105-0.8791-1.3354.7262-0.85265.0976-0.23090.38940.3358-1.0270.59970.3895-1.9005-1.001-0.40741.4690.1306-0.67170.7699-0.01761.091915.350548.1752-64.3586
242.27810.0987-3.07511.8942-0.78257.0409-0.06360.3559-0.0254-0.00490.0937-0.15530.8618-0.0133-0.0531.0566-0.06480.06610.6814-0.01020.471132.0448-4.8369-89.3232
254.2918-0.19692.31142.42190.50275.7261-0.1944-0.00610.248-0.21390.01520.1072-0.1869-0.350.17081.1302-0.13620.01780.5051-0.02520.423619.802913.2445-67.9767
267.61350.27112.64124.2515-0.60697.79130.46520.922-0.3807-0.7172-0.29970.2467-0.2639-0.379-0.16471.1777-0.0693-0.23430.8815-0.03360.49027.535913.5027-86.8703
272.527-0.29292.01122.14930.7791.9779-0.18040.1754-0.4751-0.39970.3675-0.59590.37481.22630.05052.06760.15340.34940.79440.04610.661128.7562-40.1653-66.598
280.70910.0074-0.87670.0092-0.00551.0760.0975-0.0523-0.8608-0.2946-0.67630.42441.59060.32560.20112.86980.09740.17080.704-0.04770.846920.3542-50.4285-69.0469
291.1626-0.1924-0.96670.68431.6024.02150.48570.3741-0.509-0.9942-0.90490.67510.4858-0.25260.37272.61240.2108-0.03550.8663-0.20430.892317.631-44.8849-82.8922
303.92150.6059-1.94263.9199-0.98387.8059-0.08380.44880.1045-0.16060.14890.34060.3834-0.5776-0.05331.2226-0.1883-0.03250.53750.05050.470715.8434-14.2224-63.8502
316.48710.65570.67892.77581.8631.2483-0.49191.75160.0417-1.76150.6720.411-0.0306-0.7080.00051.4149-0.5612-0.73671.73850.09480.8736-5.4038-23.0387-79.3213
325.96840.78760.02665.85061.38470.32850.13780.797-0.1627-1.27480.14171.01310.7714-1.6753-0.04151.1778-0.4705-0.39281.490.23260.90481.0475-21.6872-77.7293
332.593-0.9819-1.43552.5913.46534.586-0.1498-0.2314-0.5718-0.0770.1603-0.47660.91820.6977-0.22660.87560.18920.06770.61960.05750.548931.0497-54.0444-23.1438
343.69110.57360.37413.23572.882.5886-0.28210.1629-0.0442-0.93550.1839-1.07010.74750.63620.03991.22470.10720.31950.6123-0.01820.671328.8071-55.7096-35.3869
351.55230.1901-0.12454.09672.91182.0705-0.10040.2888-0.762-0.5986-0.01080.14410.58570.01730.07371.4814-0.00470.2560.5308-0.10570.859820.3683-68.9803-37.4703
361.9751-0.59060.5924.2082-0.74264.6192-0.14280.1462-0.008-0.77530.14590.41750.0673-0.11550.02251.0327-0.10520.00820.45690.04350.434313.2046-33.4568-43.7595
374.3269-0.0485-1.56843.3755-0.86230.85850.18880.2613-0.7638-1.44540.15890.551.2451-1.1802-0.06850.9934-0.7831-0.31371.43930.16491.1987-6.8756-48.0604-44.939
388.02520.9870.41925.1441.78982.4383-0.0529-0.2108-0.7573-1.4043-0.02470.87011.1746-1.454-0.06181.3235-0.4982-0.35941.19360.12260.9113-1.6111-48.5282-50.2796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 363 through 603 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 604 through 710 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 363 through 512 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 513 through 616 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 617 through 709 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 361 through 420 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 421 through 603 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 604 through 653 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 654 through 709 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 363 through 429 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 430 through 603 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 604 through 708 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 363 through 512 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 513 through 616 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 617 through 708 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 363 through 385 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 386 through 452 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 453 through 477 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 478 through 532 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 533 through 616 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 617 through 649 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 650 through 672 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 673 through 707 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 364 through 532 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 533 through 603 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 604 through 709 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 362 through 420 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 421 through 452 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 453 through 517 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 518 through 603 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 604 through 650 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 651 through 703 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 362 through 385 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 386 through 429 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'I' and (resid 430 through 512 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'I' and (resid 513 through 603 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'I' and (resid 604 through 679 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'I' and (resid 680 through 707 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る