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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wa0
タイトルDe novo designed receptor transmembrane domains enhance CAR-T cytotoxicity and attenuate cytokine release
要素De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Transmembrane domain / de novo design
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.484 Å
データ登録者Call, M.J. / Call, M.E. / Chandler, N.J. / Nguyen, J.V. / Trenker, R.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1158249 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: De novo designed receptor transmembrane domains enhance CAR-T cytotoxicity and attenuate cytokine release
著者: Elazar, A. / Chandler, N.J. / Davey, A.S. / Weinstein, J.Y. / Nguyen, J.V. / Trenker, R. / Jenkins, M. / Call, M.J. / Call, M.E. / Fleishman, S.J.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
B: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
C: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
D: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
E: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
F: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
G: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
H: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
I: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2779
ポリマ－31,2779
非ポリマー00
水00
1
A: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
B: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
C: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, deep sequencing - ToxCAT- beta Lactamase assay for oligomerisation in the E.coli membrane, native gel electrophoresis, Heat stable oligomers by SDS-PAGE.
  • 10.4 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4263
ポリマ－10,4263
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area5760 Å2
手法PISA
2
D: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
E: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
F: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4263
ポリマ－10,4263
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area5710 Å2
手法PISA
3
G: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
H: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1
I: De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4263
ポリマ－10,4263
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area6010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.159, 96.159, 79.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
De novo designed receptor transmembrane domain proMP C3.1


分子量: 3475.213 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pMM-TrpLE Fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.32 % / 解説: Small ellipsoid crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mg/ml peptide in 30mM C8E4 65 v/v 2-methyl-2,4-pentanediol 0.1 M tris chloride pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.08 Å / Num. obs: 6676 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 67364
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.5610.42.0441414313540.5440.6562.1481.3100
8.72-48.088.80.03935684040.9990.0140.04140.599.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSMar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EH6

5eh6


解像度: 3.484→41.638 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 24.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 565 9.98 %
Rwork0.2201 --
obs0.2238 5660 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 210.24 Å2 / Biso mean: 110.7016 Å2 / Biso min: 56.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.484→41.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2097 0 0 0 2097
残基数----268
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.484-3.83410.2791410.24511243
3.8341-4.38840.25461400.20231265
4.3884-5.52690.28811400.22961253
5.5269-41.6380.23811440.21571334
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5192-0.87180.5531.4487-0.90550.48950.22320.2176-0.69720.0231-0.29230.04610.3711-0.1097-00.7568-0.0469-0.0040.88620.01770.8007-39.18930.048416.8824
20.6233-0.3281-0.81510.82240.03431.2313-0.05990.2057-0.0127-0.4416-0.3741-0.25780.62540.1424-0.00010.8131-0.08340.00750.80890.05150.8007-37.921916.495530.1914
30.3771-0.39610.3320.81870.0130.6292-0.006-0.31040.36920.0031-0.09950.1042-0.2679-0.1493-00.7614-0.025-0.02990.80480.01210.864-34.639247.336219.4283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B or chain CA - a0
2X-RAY DIFFRACTION2chain E or chain F or chain DE - e0
3X-RAY DIFFRACTION3chain G or chain H or chain IG - g0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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