PDB-6w9l: Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand bindi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w9l

タイトル

Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with deacetylated deflazacort and PGC1a coregulator fragment

要素

Glucocorticoid Receptor
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha

キーワード

HORMONE / Glucocorticoid Receptor / anti-inflammation drug

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / temperature homeostasis / response to starvation / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / response to dietary excess ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / temperature homeostasis / response to starvation / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / response to dietary excess / fatty acid oxidation / energy homeostasis / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / digestion / positive regulation of gluconeogenesis / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / chromatin DNA binding / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of RUNX2 expression and activity / mRNA processing / : / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Liu, X. / Ortlund, E.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Disruption of a key ligand-H-bond network drives dissociative properties in vamorolone for Duchenne muscular dystrophy treatment.
著者: Liu, X. / Wang, Y. / Gutierrez, J.S. / Damsker, J.M. / Nagaraju, K. / Hoffman, E.P. / Ortlund, E.A.

履歴

登録	2020年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6w9l.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6w9l_full_validation.pdf.gz	799.6 KB	表示
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CIF形式データ	6w9l_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9l	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6nwl-d 6w9k-d 6nwk-d 3bgs-d 5ow7-d 6c78-d 4e2j-1 5lga-d 5yll-2 5g5w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
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インスリン (Insulin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucocorticoid Receptor

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha

ヘテロ分子

30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.691, 96.536, 107.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-449- HOH

#1: タンパク質	Glucocorticoid Receptor / Ancestral Glucocorticoid Receptor2 分子量: 28778.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X8XLE9
#2: タンパク質・ペプチド	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6 分子量: 1265.627 Da / 分子数: 1 / Fragment: amino acids 141-152 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物	ChemComp-TUS / (4aR,4bS,5S,6aS,6bS,9aR,10aS,10bS)-5-hydroxy-6b-(hydroxyacetyl)-4a,6a,8-trimethyl-4a,4b,5,6,6a,6b,9a,10,10a,10b,11,12-dodecahydro-2H-naphtho[2',1':4,5]indeno[1,2-d][1,3]oxazol-2-one / 21-デスアセチルデフラザコルト分子量: 399.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₉NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
非ポリマーの詳細	Entity 3 is a deacetylated deflazacort

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate, and 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→34.004 Å / Num. obs: 66358 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 22.83 Å² / CC_1/2: 0.971 / CC star: 0.993 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / Num. unique obs: 6507 / CC_1/2: 0.571

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NWL

6nwl

解像度: 1.45→34 Å / SU ML: 0.1607 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2318

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	2000	3.02 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.1748	66148	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2105	0	35	171	2311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0124	2288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1939	3113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0919	350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7137	316

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.48	0.3144	134	0.2847	4289	X-RAY DIFFRACTION	94.15
1.48-1.52	0.2569	141	0.2489	4532	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.52-1.57	0.2475	143	0.2277	4551	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.57-1.62	0.2711	141	0.2123	4566	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.62-1.68	0.2112	143	0.1975	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.68-1.74	0.2261	141	0.1885	4536	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.74-1.82	0.219	143	0.1886	4590	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.82-1.92	0.2161	144	0.1809	4588	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.92-2.04	0.2104	142	0.1769	4573	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.04-2.2	0.1959	143	0.1751	4582	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.2-2.42	0.2036	145	0.1675	4642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.77	0.2244	144	0.174	4614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.49	0.189	145	0.1778	4675	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.49-34	0.1778	151	0.156	4826	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.02476869035	-4.69589946565	-2.21321268829	5.08178520292	0.596378909593	6.56447557301	0.0932655832399	-0.315215564671	0.257812951133	-0.681831495592	-0.0843629843719	0.679085416011	-0.0744675810423	-0.380512877895	0.0716120602768	0.277167119592	-0.00447497041398	-0.047130512442	0.256780270411	-0.0304834215172	0.316745193509	-20.0167872079	-14.6374092152	7.36429986567
2	3.96709798989	-1.20625507114	1.73535805933	4.0263270685	-4.06127182254	7.1088044034	-0.107781759467	-0.673048411991	-0.30167217855	-0.00261430558469	-0.0788573750376	-0.389929445165	0.455441116958	0.0914461799154	-0.16221187681	0.420296422951	0.0121028629296	0.0109861032557	0.348720043531	0.121209943371	0.298099632331	-1.90002904544	-34.6043839359	19.9783745389
3	4.59312665536	-2.21315877859	1.77627153255	2.84086424885	-2.03039245136	2.71114902496	-0.0984276165821	-0.207176657548	-0.39990235737	0.0759098408663	0.127855280185	0.180857374313	0.0662206775106	-0.0240803187207	-0.0730143538897	0.222407505589	-0.0036315946485	0.0285192349115	0.133521771986	-0.00193966869295	0.157161857423	-5.01434239259	-30.1650277876	6.20302140986
4	2.25712057556	0.204175225842	0.990434922242	1.6654630907	1.00654055707	3.44068048975	-0.0578124606771	0.102363962403	-0.129674203433	-0.013397118564	-0.0336975462049	0.100834157353	0.176816872329	0.0261042423351	0.114846222753	0.234805223679	0.00421797601642	0.0121175144183	0.162498017831	0.0161707798424	0.15155957745	-2.74268074594	-22.6099366963	5.98660540698
5	2.61082206557	-2.69009674487	-2.76389422883	3.66474220463	3.1571621056	4.14157472428	-0.0927172360213	-0.558248733618	-0.064112817848	0.509766949769	0.137576437183	-0.401973472118	0.324106506181	0.47310109545	-0.0956682049731	0.410921354612	0.0445856169605	-0.0542267526408	0.410030654762	0.0666710473075	0.225265636	6.31160779417	-26.6253408531	22.1654982231
6	1.84946807923	-0.174806656504	0.0621184143458	1.36528903801	0.534378914163	2.87721639755	0.0117383311961	0.011908576835	-0.0323426507167	0.128977382318	0.0153341486337	-0.0849023817973	-0.0501224327198	0.240144553297	-0.0429956213047	0.232321116605	-0.0281633797722	0.0107823829979	0.18185330045	0.0229908079849	0.159771006676	0.415685262128	-16.4758988206	7.23418324774
7	4.54418350707	1.13505209732	0.948769011388	7.41320782709	5.04491976144	7.28021239561	-0.0543007952838	-0.196707888717	0.406210621163	-0.153417025474	-0.163276845521	0.396857375542	-0.790524181554	-0.276368784765	0.260909356819	0.262487141832	0.0117915250385	-0.00588548642705	0.157431097533	0.0714493056291	0.197725623439	-10.5591895118	-6.29982503869	2.41490334603
8	3.2589083508	-4.72772375735	-0.389087681896	5.26451747777	0.317353874634	0.022878207182	0.00281127491573	0.0320731894516	0.26432403068	0.0646531446372	-0.026263418554	-0.437499626832	-0.0714794268755	0.0901045469853	0.0390408069585	0.286410491622	-0.00941233492125	0.00755142515918	0.211086168961	0.0329058102321	0.217188939438	5.24177527871	-15.5246407831	5.1295025446
9	4.72386482848	-5.86525530258	2.30291378508	9.05096693148	-1.83879027069	3.54579294674	-0.32891987937	-0.440890646777	-1.21378565702	0.134758055576	0.0650758292533	-0.580535526851	0.441827146224	0.234855958738	0.260389085494	0.373951662373	0.0497316541243	0.0603725274188	0.23735992958	0.0735049732065	0.427618366601	10.3056343668	-39.858645948	6.93214824615
10	4.76303628236	5.5754955796	-5.92164921144	8.5979702369	-5.87627206295	8.2840375256	-0.222358934598	0.440970740939	-0.347653694582	-0.380782633484	0.0530159416159	-0.0690898824835	0.346018311402	-0.202313979544	0.113470969264	0.278885318263	0.039628092005	0.00626132952174	0.237181585566	-0.0164226664169	0.267069789113	3.94568608797	-32.1514197054	-2.87694660762
11	7.36431581134	-5.61071285508	-7.27769488074	4.27802772113	5.71214404654	7.71920889207	-0.184099129338	0.13866427522	0.245700409442	0.517431860267	0.164083159762	-0.388323440805	0.276762637775	0.422905786591	0.0365197977083	0.222023777655	0.00410033138682	-0.0232296266141	0.269794343301	0.0254457683204	0.150600855031	5.91652294892	-13.0799691299	-5.45636380726
12	1.78228284358	-0.618205180817	-0.994432147389	4.78709600718	-5.05880641414	7.59271926655	-0.236365584867	0.649792111945	-1.09448474503	0.0508886780243	-0.272781899024	0.638274434886	0.799152840751	-0.518245402359	0.540649655561	0.377656512142	-0.0796412540828	0.00276369410848	0.27348574723	-0.132755239187	0.487563501517	-11.4771411249	-35.2273532664	-4.11610296976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 57 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 85 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 86 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 151 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 152 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 210 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 211 through 219 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 220 through 234 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 235 through 246 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 141 through 152 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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