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- PDB-6w9g: Crystal Structure of the Fab fragment of humanized 5c8 antibody c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w9g
タイトルCrystal Structure of the Fab fragment of humanized 5c8 antibody containing the fluorescent non-canonical amino acid L-(7-hydroxycoumarin-4-yl)ethylglycine in complex with CD40L at pH 6.8
要素
  • 5c8* Fab (heavy chain)
  • 5c8* Fab (light chain)
  • CD40 ligand
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Cytokine / L-(7-hydroxycoumarin-4-yl)ethylglycine
機能・相同性
機能・相同性情報


CD40 receptor binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation ...CD40 receptor binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / B cell differentiation / cytokine activity / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / platelet activation / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / inflammatory response / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / Golgi apparatus / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD40 ligand / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...CD40 ligand / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ETE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / trimethylamine oxide / CD40 ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Henderson, J.N. / Simmons, C.R. / Mills, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into How Protein Environments Tune the Spectroscopic Properties of a Noncanonical Amino Acid Fluorophore.
著者: Henderson, J.N. / Simmons, C.R. / Fahmi, N.E. / Jeffs, J.W. / Borges, C.R. / Mills, J.H.
履歴
登録2020年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD40 ligand
B: CD40 ligand
C: CD40 ligand
H: 5c8* Fab (heavy chain)
L: 5c8* Fab (light chain)
K: 5c8* Fab (heavy chain)
M: 5c8* Fab (light chain)
X: 5c8* Fab (heavy chain)
Y: 5c8* Fab (light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,46847
ポリマ－191,7169
非ポリマー6,75238
水22,3031238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)226.677, 131.200, 97.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-560-

HOH

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要素

-
抗体 , 2種, 6分子 HKXLMY

#2: 抗体 5c8* Fab (heavy chain)


分子量: 24078.885 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 5c8* Fab (light chain)


分子量: 24013.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 CD40 ligand / CD40-L / T-cell antigen Gp39 / TNF-related activation protein / TRAP / Tumor necrosis factor ligand ...CD40-L / T-cell antigen Gp39 / TNF-related activation protein / TRAP / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 5


分子量: 15812.817 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40LG, CD40L, TNFSF5, TRAP / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P29965
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 1273分子

#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物...
ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#8: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#9: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG MME 2000, 0.1 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→92.34 Å / Num. obs: 233196 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 940304 / Scaling rejects: 84
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.82-1.854.10.82147655116080.3280.4620.9461.698
9.98-92.344.50.023685015250.9930.0130.02733.999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.73 Å92.34 Å
Translation8.73 Å92.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1i9r

1i9r


解像度: 1.82→48.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.967 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.1012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.1
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 11697 5 %RANDOM
Rwork0.1789 ---
obs0.1804 221486 97.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.46 Å2 / Biso mean: 32.814 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20.35 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→48.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12782 0 488 1238 14508
Biso mean--56.03 35.65 -
残基数----1696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8931.98719012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.989329530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.06951775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.32624.634533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.512152088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9661547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.22201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023039
LS精密化 シェル解像度: 1.822→1.869 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 874 -
Rwork0.298 16478 -
all-17352 -
obs--97.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1274-0.59750.56241.5765-1.10973.12610.0327-0.13390.14770.13890.0504-0.0137-0.3395-0.0301-0.0830.0439-0.00080.00410.0191-0.01910.1115-28.7691-55.986912.5883
23.1363-1.2257-2.0561.43862.91996.02890.27810.15050.5201-0.2643-0.0657-0.1729-0.4961-0.1023-0.21240.27890.0170.04840.20190.01370.5023-33.1385-37.488321.3609
32.08060.5121-1.46231.4415-0.2253.13340.0472-0.1406-0.050.04990.0168-0.10450.13190.2395-0.0640.01740.0063-0.02920.02230.00960.1318-34.6292-77.184112.843
49.1515.01856.19863.49292.7844.71840.37991.4286-1.4390.20270.2838-1.11140.22991.3727-0.66370.12280.132-0.10650.6187-0.03540.588-16.3601-82.512221.2673
51.083-0.0280.66872.40981.192.77980.0631-0.1084-0.08920.14720.03410.17650.1399-0.303-0.09720.0144-0.00780.01420.04730.03280.1291-50.1981-61.566212.8557
65.6258.189-3.513.4899-3.51563.7696-0.33040.23440.3425-0.84060.12830.9061-0.1522-0.36240.20210.18360.01750.02140.20210.04960.4371-63.7745-74.727121.3976
74.8203-0.7688-0.6581.3388-0.57522.6389-0.0678-0.7886-0.16590.15880.00220.01210.13060.40560.06560.04610.0194-0.01640.3790.03910.0588-6.5942-68.133131.8946
86.39410.692-1.82671.193-0.88231.9105-0.0625-0.8056-0.18580.28330.2303-0.1851-0.1488-0.1539-0.16780.24310.1841-0.02220.6750.10930.243426.2984-79.595837.8317
94.0619-0.1217-0.21990.81350.00981.0575-0.0205-0.31820.08710.02180.0457-0.0281-0.00260.0821-0.02520.0052-0.0015-0.0170.0991-0.00470.06084.4405-64.106912.519
101.706-0.59380.48743.4172-2.24124.5971-0.0985-0.6395-0.67390.02210.23880.01280.7345-0.1852-0.14020.19240.0640.00810.40540.22710.390827.2262-89.085224.6319
112.84981.8097-0.50783.0540.21992.10040.1716-0.19840.21770.4252-0.22520.2530.1379-0.19520.05360.1331-0.09170.02950.0932-0.0410.0831-56.6152-90.378531.8215
122.20.57940.33864.72352.17393.20320.2384-0.3893-0.00290.3417-0.14610.20950.2521-0.0002-0.09240.1953-0.16520.08450.34-0.08710.1218-83.4947-112.515937.9263
131.60551.2438-0.10092.84670.14471.1860.0669-0.0353-0.04640.0909-0.1013-0.06320.0434-0.04070.03440.0264-0.0247-0.01120.02620.00070.0629-58.2196-102.082712.4423
143.787-0.4435-1.7811.88321.44893.74590.157-0.24180.3560.0779-0.21480.2941-0.2693-0.53250.05770.1261-0.05050.04560.26-0.10350.2102-91.6083-108.939623.8224
150.8801-0.84780.40524.2548-0.16312.016-0.2755-0.17490.06750.5680.2222-0.0959-0.2840.0620.05330.24460.124-0.00980.1123-0.00040.0624-49.9801-36.005931.9711
163.6014-2.3552.15194.4994-1.93382.5821-0.1918-0.44570.20690.92960.3172-0.0145-0.0789-0.2333-0.12530.54880.0677-0.08940.251-0.05810.2153-55.2098-1.718137.9479
171.6191-1.118-0.02363.1695-0.01421.1026-0.0828-0.0541-0.02980.14360.0740.1462-0.0616-0.03120.00880.05140.0371-0.0030.03120.01240.0767-59.4608-28.631312.6266
182.67571.06791.81373.50271.05423.6068-0.0867-0.08160.21620.46450.076-0.5358-0.23320.46010.01070.25920.0161-0.15090.1572-0.04270.2972-48.59343.649723.8001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A119 - 261
2X-RAY DIFFRACTION2A301 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3B119 - 261
4X-RAY DIFFRACTION4B301 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5C119 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6C301 - 306
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8H118 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9L1 - 114
10X-RAY DIFFRACTION10L115 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 117
12X-RAY DIFFRACTION12K118 - 219
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 114
14X-RAY DIFFRACTION14M115 - 216
15X-RAY DIFFRACTION15X1 - 117
16X-RAY DIFFRACTION16X118 - 218
17X-RAY DIFFRACTION17Y1 - 114
18X-RAY DIFFRACTION18Y115 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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