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万見
- PDB-6w92: Human UHRF1 TTD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w92
タイトルHuman UHRF1 TTD domain
要素E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


H3K9me3 modified histone binding / histone H3 ubiquitin ligase activity / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / homologous recombination / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly ...H3K9me3 modified histone binding / histone H3 ubiquitin ligase activity / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / homologous recombination / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly / protein autoubiquitination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / heterochromatin / methylated histone binding / positive regulation of protein metabolic process / epigenetic regulation of gene expression / DNA methylation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / euchromatin / heterochromatin formation / nuclear matrix / spindle / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleic acid binding / protein ubiquitination / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily ...: / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Campbell, J.C. / Chang, L. / Sankaran, B. / Young, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)5P20CA221731-02 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Discovery of small molecules targeting the tandem tudor domain of the epigenetic factor UHRF1 using fragment-based ligand discovery.
著者: Chang, L. / Campbell, J. / Raji, I.O. / Guduru, S.K.R. / Kandel, P. / Nguyen, M. / Liu, S. / Tran, K. / Venugopal, N.K. / Taylor, B.C. / Holt, M.V. / Young, N.L. / Samuel, E.L.G. / Jain, P. / ...著者: Chang, L. / Campbell, J. / Raji, I.O. / Guduru, S.K.R. / Kandel, P. / Nguyen, M. / Liu, S. / Tran, K. / Venugopal, N.K. / Taylor, B.C. / Holt, M.V. / Young, N.L. / Samuel, E.L.G. / Jain, P. / Santini, C. / Sankaran, B. / MacKenzie, K.R. / Young, D.W.
履歴
登録2020年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2121
ポリマ－19,2121
非ポリマー00
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.380, 54.870, 66.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Inverted CCAAT box-binding protein of 90 kDa / Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein ...Inverted CCAAT box-binding protein of 90 kDa / Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein Np95 / hNp95 / RING finger protein 106 / RING-type E3 ubiquitin transferase UHRF1 / Transcription factor ICBP90 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / hUHRF1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1


分子量: 19212.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF1, ICBP90, NP95, RNF106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T88, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH = 5.5, 25 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→66.55 Å / Num. obs: 37049 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 10.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 1746 / CC1/2: 0.967

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QQD

4qqd


解像度: 1.3→42.34 Å / SU ML: 0.1069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.695
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1849 2000 5.41 %
Rwork0.1737 --
obs0.1743 36990 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1261 0 0 224 1485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00841296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8981766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0816191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3101472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.330.23191370.23042391X-RAY DIFFRACTION97.38
1.33-1.370.23831400.20662454X-RAY DIFFRACTION99.39
1.37-1.410.19731400.19552453X-RAY DIFFRACTION99.62
1.41-1.450.22441420.18262479X-RAY DIFFRACTION99.89
1.45-1.510.21171410.18512469X-RAY DIFFRACTION99.96
1.51-1.570.1721420.17552483X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.640.22781420.17332479X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.720.2031410.17212488X-RAY DIFFRACTION99.92
1.72-1.830.17231440.1722513X-RAY DIFFRACTION99.96
1.83-1.970.16811420.16492481X-RAY DIFFRACTION99.92
1.97-2.170.18391440.15422519X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.490.15531450.16322532X-RAY DIFFRACTION99.93
2.49-3.130.17531460.17352565X-RAY DIFFRACTION100
3.13-42.340.18431540.17532684X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6360080985020.305824008274-0.4655862566180.26581968922-0.551385707594.54279520110.01394759170450.2114885903360.1970377361270.01438759254690.05959127081090.0686045876473-0.351492689274-0.143798889317-0.0634128705040.08673771657680.01261091786720.004493439090720.08976386775870.01846822955740.11368999678325.643487849-1.23157210616-28.3699557114
21.44802789239-0.817132934898-1.455557127411.03590907441.206700002442.31668128083-0.0428703522084-0.0122242673153-0.05726117983770.0506877437266-0.01273325973320.09253821213060.0823704388636-0.05151731512570.04392944671110.0461941793553-0.000885432133544-0.00968654554940.044583416710.01371816731590.064808034609317.0599258367-0.567110049071-6.77677758054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 127 through 184 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 185 through 285 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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