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- PDB-6w8s: Crystal structure of metacaspase 4 from Arabidopsis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w8s
タイトルCrystal structure of metacaspase 4 from Arabidopsis
要素Metacaspase-4
キーワードPLANT PROTEIN / HYDROLASE / metacaspase / protease / Ca2+-dependent activation / wild-type / plant immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmodesma / positive regulation of programmed cell death / protein autoprocessing / cysteine-type peptidase activity / defense response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane ...plasmodesma / positive regulation of programmed cell death / protein autoprocessing / cysteine-type peptidase activity / defense response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.484 Å
データ登録者Zhu, P. / Yu, X.H. / Wang, C. / Zhang, Q. / Liu, W. / McSweeney, S. / Shanklin, J. / Lam, E. / Liu, Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for Ca2+-dependent activation of a plant metacaspase.
著者: Zhu, P. / Yu, X.H. / Wang, C. / Zhang, Q. / Liu, W. / McSweeney, S. / Shanklin, J. / Lam, E. / Liu, Q.
履歴
登録2020年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metacaspase-4
B: Metacaspase-4
C: Metacaspase-4
D: Metacaspase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,15612
ポリマ－186,3874
非ポリマー7698
水00
1
A: Metacaspase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8854
ポリマ－46,5971
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metacaspase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6932
ポリマ－46,5971
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Metacaspase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8854
ポリマ－46,5971
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Metacaspase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6932
ポリマ－46,5971
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.910, 284.440, 57.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...
21(chain B and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...
31(chain C and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...
41(chain D and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...A2 - 15
121(chain A and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...A17 - 50
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171(chain A and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...A2 - 420
181(chain A and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...A2 - 420
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211(chain B and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...B2 - 15
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311(chain C and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...C2 - 15
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341(chain C and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...C54
351(chain C and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...C2 - 420
361(chain C and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...C214
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411(chain D and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...D2 - 15
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491(chain D and (resseq 2:15 or resseq 17:50 or resseq...D2 - 420

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要素

#1: タンパク質
Metacaspase-4 / AtMC4 / Metacaspase 2d / AtMCP2d / Metacaspase-7


分子量: 46596.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AMC4, AMC7, MCP2D, At1g79340, YUP8H12R.4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O64517, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.4, 2.1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1.61 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.61 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.47→40 Å / Num. obs: 27566 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 44.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.47→3.56 Å / Num. unique obs: 1761 / CC1/2: 0.605

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W8R

6w8r


解像度: 3.484→38.804 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 1242 5.09 %
Rwork0.2501 --
obs0.2518 24400 88.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 235.01 Å2 / Biso min: 38.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.484→38.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10868 0 40 0 10908
Biso mean--131.95 --
残基数----1438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41814926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5186774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071983
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6336X-RAY DIFFRACTION6.202TORSIONAL
12B6336X-RAY DIFFRACTION6.202TORSIONAL
13C6336X-RAY DIFFRACTION6.202TORSIONAL
14D6336X-RAY DIFFRACTION6.202TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5086-0.145-0.05480.15420.00760.7079-0.0548-0.48420.4171-0.52760.03970.21830.2035-0.0821-0.01440.3703-0.10060.0260.4299-0.09360.574226.3987331.78541.8729
20.34410.23750.2890.72330.12930.21580.5019-0.1887-0.11620.2877-0.4911-0.3296-0.12920.33410.35930.1649-0.02440.430.7086-0.3161-0.157933.349333.145317.4077
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40.2756-0.05320.05220.19840.30340.3542-0.0776-0.33370.08-0.3762-0.149-0.7654-0.0973-0.2463-0.01290.6329-0.1350.13610.6009-0.06120.69931.718335.745210.3936
50.6825-0.046-0.29160.00440.03970.17090.2176-1.03981.12320.14120.09560.3075-0.62340.43550.05920.5905-0.0050.23330.5201-0.10630.872620.8472342.129917.1042
60.3651-0.07130.10860.40180.23710.0651-0.14110.1456-0.08690.2315-0.05310.297-0.1626-0.17-00.6140.1429-0.05490.53970.0060.609321.1654374.3782-8.6876
7-0.0193-0.11950.01020.20810.24310.2149-0.1259-0.026-0.5158-0.0047-0.2423-0.41450.05160.1071-0.01760.76410.066-0.00210.6372-0.10280.651528.2654370.4097-14.6083
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90.0399-0.02590.05780.05960.00610.09-0.2744-0.5731-0.2348-0.0242-0.09160.34940.1706-0.04710.01930.66520.1306-0.14460.62740.13760.970839.2728368.46713.8812
100.20630.0479-0.23470.1101-0.03530.04910.18910.1286-0.3038-0.631-0.2195-0.0950.2787-0.0961-00.86480.1052-0.09410.4707-0.09120.651219.5042364.9514-22.7809
110.02350.06350.27080.9769-1.0322.36350.4685-0.2785-0.23920.66330.30750.655-0.18760.06462.14730.60430.2638-0.43310.43460.1098-0.05248.3554405.232-12.5113
12-0.02750.0705-0.00140.16290.01530.1185-0.0070.18510.1560.03320.1575-0.1237-0.06270.30950.00010.53290.0386-0.02240.569-0.02340.467111.424411.2675-19.7949
130.06010.1739-0.29150.63050.17071.05930.2558-0.0222-0.017-0.72740.08860.3308-0.21850.17980.14080.3605-0.0137-0.76270.3646-0.0050.6242-0.5438403.0751-32.5744
140.4548-0.0452-0.61380.0010.04730.7990.01470.19710.43290.23990.3464-0.513-0.1890.19740.24620.59870.0308-0.30460.6496-0.23760.732521.529415.9432-11.1186
150.0912-0.00540.20250.46980.13560.15320.2149-0.1813-0.21170.27910.1894-0.1862-0.25810.08840.00190.76430.0401-0.03820.56610.07170.539771.0067404.9153-24.8353
160.03340.0110.06130.9284-0.08190.780.19060.0640.0265-0.3163-0.02880.11650.0155-0.01440.39560.37740.033-0.18620.61520.05770.52464.8282403.2251-39.7773
170.0830.0607-0.17320.0262-0.18220.8128-0.2491-0.00130.0694-0.935-0.5370.36340.09750.4856-0.08960.67890.1431-0.46950.4562-0.08711.228159.9948415.9875-38.0981
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 137 )A2 - 137
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3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 229 through 323 )A229 - 323
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 101 )B2 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 102 through 228 )B102 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 229 through 304 )B229 - 304
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 305 through 338 )B305 - 338
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 339 through 420 )B339 - 420
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 2 through 101 )C2 - 101
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 102 through 217 )C102 - 217
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18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 343 through 420 )D343 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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