PDB-6w7x: Crystal structure of N-acetylornithine aminotransferase from Sten...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w7x

タイトル

Crystal structure of N-acetylornithine aminotransferase from Stenotrophomonas maltophilia K279a

要素

Acetylornithine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Stenotrophomonas maltophilia / N-acetylornithine aminotransferase / argD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylornithine transaminase / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / L-arginine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of N-acetylornithine aminotransferase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Abendroth, J. / Yano, J.K. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	4jevS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ade-2 3n5l-d 2cy8-2 6t8q-1 3ntj-2 6uxk-d 4p3m-d 6cp8-d 2a27-1 3pbp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: StmaA.01026.b

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

A: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.820, 63.820, 172.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Acetylornithine aminotransferase / ACOAT 分子量: 44617.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: astC, argD, Smlt3876 / プラスミド: StmaA.01026.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2FT38, acetylornithine transaminase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 29.8 mg/mL StmaA.01026.b.B1.PW38742 against Molecular Dimensions Morpheus screen, condition a7 (10% w/V PEG4000, 20% V/V glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM ...詳細: 29.8 mg/mL StmaA.01026.b.B1.PW38742 against Molecular Dimensions Morpheus screen, condition a7 (10% w/V PEG4000, 20% V/V glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MOPS/HEPES sodium, pH 7.5), direct cryoprotection, tray 313920a7, puck mnd6-1

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 29.8 mg/mL StmaA.01026.b.B1.PW38742 against Molecular Dimensions Morpheus screen, condition a7 (10% w/V PEG4000, 20% V/V glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月12日

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 33007 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.265 % / B_iso Wilson estimate: 44.929 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 15.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	5.505	0.647	2.33	2403	0.921	0.714	99.9
1.95-2	6.889	0.466	3.6	2345	0.963	0.503	99.9
2-2.06	7.691	0.369	4.8	2288	0.974	0.395	100
2.06-2.12	7.695	0.291	6.3	2200	0.979	0.311	100
2.12-2.19	7.761	0.213	8.38	2142	0.991	0.227	99.9
2.19-2.27	7.685	0.176	9.85	2081	0.992	0.188	100
2.27-2.36	7.657	0.14	12.08	2029	0.995	0.15	100
2.36-2.45	7.625	0.118	14.36	1922	0.995	0.126	99.7
2.45-2.56	7.626	0.106	16.07	1865	0.996	0.114	99.9
2.56-2.69	7.58	0.089	18.48	1782	0.997	0.095	99.9
2.69-2.83	7.492	0.077	21.27	1694	0.998	0.083	99.9
2.83-3	7.414	0.068	24.03	1605	0.997	0.073	99.8
3-3.21	7.293	0.063	26	1536	0.998	0.067	99.9
3.21-3.47	7.125	0.06	28.25	1428	0.997	0.064	99.8
3.47-3.8	7.063	0.056	29.42	1322	0.998	0.06	99.9
3.8-4.25	7.008	0.053	30.27	1212	0.997	0.057	99.7
4.25-4.91	7.111	0.049	30.97	1062	0.998	0.053	99.6
4.91-6.01	7.092	0.047	30.7	920	0.998	0.051	100
6.01-8.5	6.798	0.046	30.27	741	0.998	0.05	99.6
8.5-50	5.66	0.048	27.69	430	0.995	0.053	93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4JEV

4jev

解像度: 1.9→46.53 Å / SU ML: 0.1962 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4731 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2127	1850	5.62 %	0
R_work	0.1822	-	-	-
obs	0.1839	32897	99.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2666	0	6	150	2822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	2734
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7587	3704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0476	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	492
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.0819	975

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3284	116	0.2781	2360	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.95-2.01	0.2757	136	0.2397	2353	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.01-2.07	0.2593	153	0.2219	2312	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.07-2.15	0.2605	148	0.2033	2337	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.15-2.23	0.248	107	0.1983	2397	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.23-2.34	0.2313	153	0.1992	2360	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.34-2.46	0.2579	176	0.1932	2357	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.46-2.61	0.2936	121	0.207	2371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.81	0.2318	153	0.2102	2373	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.81-3.1	0.2356	149	0.199	2387	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.1-3.54	0.236	158	0.1898	2427	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.55-4.47	0.1793	129	0.1546	2454	X-RAY DIFFRACTION	99.77
4.47-46.53	0.163	151	0.1599	2559	X-RAY DIFFRACTION	98.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9496461259	0.331744881912	1.28405441522	3.05919926359	-2.53525950727	2.92085530417	-0.0534417452451	0.105691009532	-0.448093184705	-1.00218433746	0.117024470887	0.0455372850674	0.400600122411	-0.600334939323	-0.0583299002906	0.642961703774	-0.246090953335	0.0229123834471	0.625373209236	-0.0105372884584	0.347092552889	-2.80603704933	-17.7585016125	-26.7502177251
2	3.94522487572	2.16901382101	-0.684850150858	5.94468551408	-2.85347961035	3.85503292871	0.0710216349708	-0.118354287858	0.287490735466	0.201626944927	0.00122540375561	0.374198104242	-0.328931910265	-0.576946653545	-0.00352167552367	0.49654274268	0.145344478578	0.0240870853177	0.64391105083	-0.0562220129106	0.305176204684	-4.10724274161	8.06035829	-26.3178081785
3	2.72729765049	0.276815556829	1.09426625327	1.97922951373	0.454558067923	3.70067146699	-0.0416848755202	-0.0726840404706	0.278930256897	0.364438678124	-0.242814923612	-0.264345858761	-0.990362781752	-0.230510849592	0.238547577424	0.64992901135	-0.0413130096987	-0.060640096457	0.303554445582	0.0506176074011	0.304201236619	13.2250072421	6.87992972104	-16.6466544243
4	3.7163640604	1.2826365041	-0.379390083645	5.79538280251	-0.980315050211	2.73852886118	-0.0585125058308	-0.00928603318008	-0.336913520165	-0.287123240387	-0.0334218805239	-0.670801728205	0.0965824873658	0.508187256044	0.0173763306618	0.565966424135	-0.206934259179	-0.120238948828	0.387863952586	0.0306511391184	0.620856189633	29.8757117181	-5.51832022612	-13.0126832696
5	3.25165864285	0.588393455325	0.836104785063	1.94120150988	-0.206115965371	2.74193505778	0.121941898673	-0.275284266604	-0.227799812059	0.476316855651	-0.186461284291	-0.473503886488	-0.282630942316	-0.248029878078	0.0026086579628	0.587476070557	-0.204918016212	-0.141547550735	0.35053968381	0.0771385665317	0.364894025241	18.8673661384	-4.74301867632	-7.09793191604
6	4.08304113598	-1.12851668061	1.55341414632	1.87009211368	0.706507441302	4.66515752808	-0.140219921509	-0.0919563694632	0.228608737719	0.134199308508	-0.0267364424299	0.0165360049689	-0.773684677308	-0.541277076257	0.146203143936	0.565438753096	0.0278423897285	-0.0224705380403	0.409748925161	-0.0121350204626	0.248246727378	5.47329620512	3.13533228308	-16.794381598
7	0.988725258274	0.793977598389	0.643450956571	4.49578535225	-0.340769536594	2.33546271005	0.310091090076	-0.293893383565	-0.443211474876	0.595761326499	-0.147596422373	-0.3345036898	0.552125784334	-0.740597872961	-0.0804792072882	0.620239811628	-0.384154058261	-0.0739496839187	0.534695099703	0.106913951959	0.442061810461	4.21081187197	-25.8323003665	-12.016887852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 183 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 184 through 250 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 251 through 305 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 306 through 416 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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