PDB-6w6a: Crystal structure of a pyridoxine 5'-phosphate synthease from Ste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w6a

タイトル

Crystal structure of a pyridoxine 5'-phosphate synthease from Stenotrophomonas maltophilia K279a

要素

Pyridoxine 5'-phosphate synthase

キーワード

LYASE / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / PLP synthesis / pyridoxine 5-phosphate phorpho lyase / transferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a pyridoxine 5'-phosphate synthease from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2020年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6w6a_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/6w6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/6w6a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dlcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jq9-d 1ho4-2 3w2y-d 1ixn-3 1ixn-4 4qho-d 1m5w-2 3tzf-d 1uk7-1 5ysq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-StmaA.01536.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.780, 57.470, 71.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.400, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid -1 through 1 and (name N...
2	1	(chain B and ((resid -1 through 1 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS

Dom-ID	Component-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	(chain A and ((resid -1 through 1 and (name N...	A	A	-1 - 1	7 - 9
1	2	LEU	LEU	(chain A and ((resid -1 through 1 and (name N...	A	A	-1 - 247	7 - 255
1	3	LEU	LEU	(chain A and ((resid -1 through 1 and (name N...	A	A	-1 - 247	7 - 255
1	4	LEU	LEU	(chain A and ((resid -1 through 1 and (name N...	A	A	-1 - 247	7 - 255
1	5	LEU	LEU	(chain A and ((resid -1 through 1 and (name N...	A	A	-1 - 247	7 - 255
2	1	MET	MET	(chain B and ((resid -1 through 1 and (name N...	B	B	-1 - 1	7 - 9
2	2	LEU	LEU	(chain B and ((resid -1 through 1 and (name N...	B	B	-4 - 247	4 - 255
2	3	LEU	LEU	(chain B and ((resid -1 through 1 and (name N...	B	B	-4 - 247	4 - 255
2	4	LEU	LEU	(chain B and ((resid -1 through 1 and (name N...	B	B	-4 - 247	4 - 255
2	5	LEU	LEU	(chain B and ((resid -1 through 1 and (name N...	B	B	-4 - 247	4 - 255

#1: タンパク質	Pyridoxine 5'-phosphate synthase / PNP synthase 分子量: 27261.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: pdxJ, Smlt0015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FT93, pyridoxine 5'-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: StmaA.01536.a.B1.PW38756 at 11.4 mg/mL with 3 mM PLP against Morpheus screen condition E1: 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 0.03 M each glycol (diethyleneglycol, ...詳細: StmaA.01536.a.B1.PW38756 at 11.4 mg/mL with 3 mM PLP against Morpheus screen condition E1: 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 0.03 M each glycol (diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol) PH範囲: 6.5

結晶

マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.4 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: StmaA.01536.a.B1.PW38756 at 11.4 mg/mL with 3 mM PLP against Morpheus screen condition E1: 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 0.03 M each glycol (diethyleneglycol, ...
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→45.61 Å / Num. obs: 27465 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.726 % / B_iso Wilson estimate: 54.36 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 12.01 / Num. measured all: 102338 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.45-2.51	3.845	0.535	2.34	7786	2049	2025	0.91	0.622	98.8
2.51-2.58	3.823	0.407	2.92	7462	1960	1952	0.945	0.474	99.6
2.58-2.66	3.836	0.365	3.26	7377	1947	1923	0.948	0.425	98.8
2.66-2.74	3.818	0.294	3.93	6952	1844	1821	0.971	0.342	98.8
2.74-2.83	3.825	0.241	4.8	6889	1807	1801	0.979	0.281	99.7
2.83-2.93	3.809	0.181	6	6627	1756	1740	0.988	0.211	99.1
2.93-3.04	3.775	0.152	7.1	6353	1702	1683	0.992	0.177	98.9
3.04-3.16	3.759	0.114	9.14	6213	1660	1653	0.993	0.133	99.6
3.16-3.3	3.727	0.09	11.31	5699	1537	1529	0.997	0.106	99.5
3.3-3.46	3.67	0.076	13.55	5454	1503	1486	0.996	0.089	98.9
3.46-3.65	3.657	0.069	14.4	5197	1431	1421	0.996	0.081	99.3
3.65-3.87	3.588	0.064	16.72	4847	1367	1351	0.996	0.076	98.8
3.87-4.14	3.612	0.051	20.34	4529	1263	1254	0.997	0.06	99.3
4.14-4.47	3.603	0.041	24.27	4255	1185	1181	0.998	0.049	99.7
4.47-4.9	3.619	0.037	25.9	3985	1106	1101	0.998	0.043	99.5
4.9-5.48	3.616	0.041	25.14	3587	993	992	0.998	0.048	99.9
5.48-6.33	3.631	0.037	25.84	3195	884	880	0.998	0.044	99.5
6.33-7.75	3.607	0.032	27.21	2705	752	750	0.998	0.037	99.7
7.75-10.96	3.603	0.025	31.29	2126	598	590	0.999	0.029	98.7
10.96-45.61	3.313	0.023	30.77	1100	341	332	0.998	0.028	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1.3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5dlc

5dlc

解像度: 2.45→45.61 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2335	1970	7.19 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.1979	27392	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.17 Å² / B_iso mean: 65.4772 Å² / B_iso min: 32.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→45.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3653	0	10	68	3731
B_iso mean	-	-	91.08	54.54	-
残基数	-	-	-	-	495

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2116	X-RAY DIFFRACTION	5.941	TORSIONAL
1	2	B	2116	X-RAY DIFFRACTION	5.941	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.51	0.3392	132	0.3007	1815	1947	98
2.51-2.58	0.3536	140	0.2853	1791	1931	99
2.58-2.66	0.3965	134	0.2782	1808	1942	98
2.66-2.74	0.3262	161	0.2667	1740	1901	98
2.74-2.84	0.2952	158	0.2443	1805	1963	99
2.84-2.95	0.3117	129	0.2541	1813	1942	98
2.95-3.09	0.3253	135	0.2575	1804	1939	99
3.09-3.25	0.2768	139	0.247	1793	1932	99
3.25-3.45	0.2482	146	0.2214	1800	1946	99
3.45-3.72	0.2579	135	0.2088	1828	1963	99
3.72-4.09	0.2033	143	0.1813	1824	1967	99
4.09-4.69	0.1795	136	0.1421	1847	1983	100
4.69-5.9	0.1838	140	0.1485	1851	1991	100
5.9-45.61	0.1714	142	0.1513	1903	2045	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8165	0.4683	2.3169	1.5151	-0.4866	4.2856	-0.0997	0.0082	-0.1844	-0.202	0.5127	-0.2702	-0.0111	0.3799	-0.5447	0.4038	-0.0281	0.0057	0.4405	0.028	0.4998	-21.1908	-2.9692	7.5812
2	4.2085	-0.7105	0.2728	2.4402	0.034	1.4946	-0.0608	0.2896	-0.0519	-0.2623	-0.009	0.1932	0.0473	0.2192	0.0339	0.4192	-0.0523	-0.0234	0.4225	0.0174	0.3968	-12.5862	-2.0727	3.5306
3	5.8771	1.6588	0.1336	3.0675	-0.2699	3.9285	0.3567	-0.6709	-0.725	0.0721	0.0627	-0.4864	0.308	0.9828	-0.3311	0.4053	0.0129	-0.0139	0.7173	-0.0415	0.4704	-2.1103	-4.3813	17.6341
4	2.7083	0.5353	0.7938	2.5262	0.0219	2.2052	0.1669	-0.6581	-0.0097	0.1594	-0.0963	0.4049	-0.0833	0.0876	-0.0451	0.4102	-0.0743	0.0124	0.5072	-0.0204	0.4095	-19.1126	0.9939	22.0063
5	3.7523	0.2357	-0.0371	2.5129	-1.0678	3.2792	0.1847	0.0562	-0.2265	0.0748	-0.167	0.3092	-0.0188	0.0492	0.0136	0.4801	0.0376	-0.1824	0.3596	-0.0355	0.8543	-36.5393	-19.8837	4.6704
6	1.5115	-1.6357	-0.593	4.0792	-0.0485	2.5158	0.1139	-0.0494	-0.3363	0.1904	-0.0382	-0.3181	0.1095	0.2291	-0.0656	0.4236	-0.009	-0.1729	0.3858	0.0195	0.8349	-33.0712	-29.7579	6.6521
7	3.8303	0.0358	-1.0305	2.4938	-0.1773	3.7546	0.0642	-0.0757	-0.5241	0.0009	-0.1397	-0.4604	-0.3814	0.6091	0.0383	0.4415	-0.046	-0.1226	0.4009	-0.0378	0.8652	-32.4775	-35.4824	-0.1079
8	1.5123	0.1167	-0.2374	4.0135	-0.749	2.5473	0.0078	0.3966	-0.6296	-0.6079	0.1315	-0.4483	0.0464	0.0091	-0.1381	0.5972	-0.0129	-0.117	0.4496	-0.1141	0.7757	-34.272	-33.376	-13.1154
9	1.1307	0.3821	0.0571	2.8258	1.1486	1.5632	-0.0226	0.065	0.04	-0.5048	0.053	0.3489	-0.1934	0.0566	-0.0082	0.5192	0.0045	-0.2317	0.3809	0.0172	0.8437	-38.4381	-16.8065	-7.5131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 18 )	A	-1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 101 )	A	19 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 134 )	A	102 - 134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 247 )	A	135 - 247
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -4 through 34 )	B	-4 - 34
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 35 through 86 )	B	35 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 87 through 116 )	B	87 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 117 through 193 )	B	117 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 194 through 247 )	B	194 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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