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- PDB-6w5y: Inferred receptor binding domain of human endogenous retrovirus e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w5y
タイトルInferred receptor binding domain of human endogenous retrovirus envelope EnvP(b)1
要素EnvP(b)1 inferred receptor binding domain
キーワードVIRAL PROTEIN / Endogenous retrovirus envelope
機能・相同性Viral Glycoprotein Gp70 / ENV polyprotein, receptor-binding domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Gammaretrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者McCarthy, K.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081842 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109740 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI059371 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structure of the Receptor Binding Domain of EnvP(b)1, an Endogenous Retroviral Envelope Protein Expressed in Human Tissues.
著者: McCarthy, K.R. / Timpona, J.L. / Jenni, S. / Bloyet, L.M. / Brusic, V. / Johnson, W.E. / Whelan, S.P.J. / Robinson-McCarthy, L.R.
履歴
登録2020年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EnvP(b)1 inferred receptor binding domain
B: EnvP(b)1 inferred receptor binding domain
C: EnvP(b)1 inferred receptor binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,22912
ポリマ－67,0953
非ポリマー2,1349
水1,51384
1
A: EnvP(b)1 inferred receptor binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1364
ポリマ－22,3651
非ポリマー7713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EnvP(b)1 inferred receptor binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1204
ポリマ－22,3651
非ポリマー7553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: EnvP(b)1 inferred receptor binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9744
ポリマ－22,3651
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)243.310, 37.350, 66.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 EnvP(b)1 inferred receptor binding domain


分子量: 22365.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gammaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 90分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5 M Sodium chloride, 0.1 M Bis- tris(hydroxymethyl)aminomethane propane pH 7.0, 20 %(w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.561 Å / Num. obs: 20893 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 41.15 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1271 / Rpim(I) all: 0.06285 / Rrim(I) all: 0.1422 / Net I/σ(I): 12.65
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.8862 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 2023 / CC1/2: 0.752 / CC star: 0.927 / Rpim(I) all: 0.4418 / Rrim(I) all: 0.993 / % possible all: 99.75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→49.561 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 1012 4.85 %
Rwork0.222 --
obs0.2237 20882 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.82 Å2 / Biso mean: 56.1702 Å2 / Biso min: 17.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 141 84 4008
Biso mean--93.95 42.86 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9885563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6422394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007704
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5-2.63160.34311340.31452765
2.6316-2.79640.31011450.28752814
2.7964-3.01230.32291490.27182795
3.0123-3.31540.31141500.24482828
3.3154-3.7950.25061360.21652841
3.795-4.78070.20871370.18092884
4.7807-49.5610.21961610.19762943
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3586-1.26450.39232.3627-0.36443.1096-0.3193-0.5790.82230.536-0.2671-0.8382-0.43630.50020.21070.359-0.0574-0.09970.49330.01920.4628-35.7282-7.930949.8627
21.8754-1.0005-0.24792.3999-0.33583.4125-0.19760.067-0.00880.42050.160.10190.242-0.53330.10440.3491-0.0189-0.01910.3271-0.0240.2449-54.1886-14.542153.3366
34.0783-0.607-0.09744.8253-2.98256.6363-0.22660.11480.4002-0.4479-0.11720.00260.2552-0.02720.33140.2023-0.0257-0.00640.2724-0.04270.2984-47.698-11.699639.3104
41.9461-1.06931.00243.9995-2.12633.43940.17870.1199-0.0092-0.11460.05980.0199-0.1031-0.0914-0.09050.33850.01370.03370.2739-0.02210.2774-49.4037-14.208135.4776
55.68991.5428-3.43386.1281-5.1916.1869-0.51530.509-0.6166-0.0544-0.7259-0.68010.26680.2960.55780.3920.0314-0.01490.277-0.05980.2517-44.1903-25.76136.6356
65.0342-1.7157-0.92621.77151.73673.4363-0.2165-0.87410.16760.33290.22830.01560.37650.59780.18790.3117-0.04330.00250.17430.02760.2073-46.1979-17.969250.9336
75.0453-0.45841.62412.29050.1952.7021-0.47380.13110.69780.6056-0.0792-0.7386-0.10220.8368-0.02280.34540.00620.01170.3610.09120.4926-31.3842-11.109541.6287
89.27281.7671.36724.98741.26022.7757-0.1903-0.10340.1881-0.2387-0.061-0.0661-0.1923-0.08780.09890.28410.0198-0.00190.30080.00940.2088-50.6292-12.450243.3617
92.6746-0.2241.15160.0187-0.09690.4855-0.08630.87561.36590.1224-0.1955-0.03310.46970.0139-0.07040.4692-0.0397-0.06950.5233-0.08921.0243-22.20441.937946.1552
108.5197-4.97615.51554.9013-4.80856.8649-0.5898-0.36160.830.19270.7379-0.0254-0.1278-0.8820.04610.37050.1244-0.06840.3509-0.09210.1602-60.581-0.569322.5154
111.63491.8793-0.14844.09440.78793.6335-0.0704-0.0188-0.02510.31450.2748-0.66550.14190.4212-0.20520.34510.0587-0.00210.3773-0.08210.3381-40.78310.60921.7457
122.6318-0.01860.91083.3511.52963.799-0.00060.0827-0.4101-0.2379-0.088-0.32160.59690.134-0.02780.33350.01160.03170.3564-0.02320.2374-48.1521-12.067413.6162
134.02652.2782-1.19936.4822-1.12212.9658-0.5361.00190.2323-1.26450.43511.1635-0.0364-0.32850.14460.38980.0558-0.0930.6455-0.06080.2465-49.1932-5.65312.3595
143.6526-0.9884-1.06041.15280.34021.29540.01850.41030.33310.03670.04050.0913-0.0988-0.0706-0.10040.28960.012-0.01730.33440.03280.1476-52.75950.390115.7813
157.31320.7529-1.33511.56970.25790.9755-0.53510.0513-0.49250.03620.341-0.36760.20630.218-0.0480.3211-0.03390.00910.3558-0.09130.2018-42.6578-8.093214.9093
161.9404-1.9422-0.03921.64750.03850.84-0.2151-0.2257-0.8985-0.03020.21910.40980.5693-0.27670.0190.3516-0.0352-0.02630.360.03020.3656-65.2712-7.314924.8193
178.73463.83250.98825.01060.11711.1706-0.43580.58721.13290.1249-0.4912-0.7333-0.81190.6223-1.89190.3945-0.72940.32221.19190.26861.1925-80.2515-10.806540.793
189.1886-1.02691.76651.95970.40060.4814-0.10540.1311-0.3404-0.2823-0.0191-0.5799-0.14060.19430.13150.37240.02-0.05840.4145-0.00250.8063-6.477-6.515214.948
198.36250.54540.3951.07321.03460.9001-0.091-0.49420.26270.21340.0602-0.1921-0.0536-0.05290.03310.36490.012-0.08550.46130.00270.7377-8.8841-3.697819.9581
201.54450.9252-0.40760.7841-0.53210.4141-0.48622.2317-0.3771-0.38850.37450.2124-0.28130.37350.01820.3336-0.0706-0.01020.6187-0.15610.7611-11.7584-8.103210.4476
210.7166-0.1424-1.39290.1085-0.05133.0101-0.19270.55390.0017-0.23470.6356-1.00590.41390.0498-0.57960.6073-0.14590.03530.843-0.21510.7516-30.4007-9.7531-0.0923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 14 )A3 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 38 )A15 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 52 )A39 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 69 )A53 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 70 through 80 )A70 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 81 through 112 )A81 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 113 through 126 )A113 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 127 through 147 )A127 - 147
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 148 through 156 )A148 - 156
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 14 )B3 - 14
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 38 )B15 - 38
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 39 through 69 )B39 - 69
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 70 through 80 )B70 - 80
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 81 through 125 )B81 - 125
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 126 through 139 )B126 - 139
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 140 through 157 )B140 - 157
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 158 through 165 )B158 - 165
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 3 through 69 )D3 - 69
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 70 through 139 )D70 - 139
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 140 through 147 )D140 - 147
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 148 through 164 )D148 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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