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- PDB-2ky6: Structure of ARC92VBD/MED25ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ky6
タイトルStructure of ARC92VBD/MED25ACID
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Mediator / ARC / VP16 binding domain / ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mediator complex assembly / core mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / Generic Transcription Pathway / positive regulation of chromatin binding / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly ...positive regulation of mediator complex assembly / core mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / Generic Transcription Pathway / positive regulation of chromatin binding / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / transcription regulator complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily ...Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Milbradt, A.G. / Sun, Z.J. / Selenko, P. / Takeuchi, K. / Naar, A.M. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the VP16 transactivator target in the Mediator.
著者: Milbradt, A.G. / Kulkarni, M. / Yi, T. / Takeuchi, K. / Sun, Z.Y. / Luna, R.E. / Selenko, P. / Naar, A.M. / Wagner, G.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9791
ポリマ－18,9791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25 / Mediator complex subunit 25 / Activator-recruited cofactor 92 kDa component / ARC92 / Activator ...Mediator complex subunit 25 / Activator-recruited cofactor 92 kDa component / ARC92 / Activator interaction domain-containing protein 1 / p78


分子量: 18979.033 Da / 分子数: 1
断片: VP16-binding-domain (VBD) Activator-interacting domain (ACID) (UNP Residues 391-553)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: His-GB1-TEV-tag / 遺伝子: MED25, ACID1, ARC92, PTOV2, TCBAP0758 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71SY5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution NMR structure of Activator-recruited cofactor 92 kDa component
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1322D 1H-1H NOESY
1413D 1H-15N NOESY
1533D 1H-13C NOESY
1643D HNCO
1743D HNCA
1843D HN(CO)CA
1943D HN(CA)CB
11033D (H)CCH-TOCSY
11132D 1H-13C HSQC
11254D HMQCNOESYHMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150-1000 uM [U-99% 15N] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.0 mM ARC92VBD, 100% D2O100% D2O
3200-1000 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
4700 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
5700 uM [ILV-100% 13C1H; U-100% 15N; U-100% 2H] ARC92VBD, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
uMARC92VBD-1[U-99% 15N]50-10001
1.0 mMARC92VBD-22
uMARC92VBD-3[U-99% 13C; U-99% 15N]200-10003
700 uMARC92VBD-4[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]4
700 uMARC92VBD-5[ILV-100% 13C1H; U-100% 15N; U-100% 2H]5
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InovaVarianINOVA6001
Varian InovaVarianINOVA5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003
Bruker AvanceBrukerAVANCE7504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CYANA calculation, CNS in water box
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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