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万見
- PDB-6w3l: APE1 exonuclease substrate complex wild-type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w3l
タイトルAPE1 exonuclease substrate complex wild-type
要素
  • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
  • GCTGATGCG(C7R)
  • GGATCCGTCGATCGCATCAGC
  • TCGACGGATCC
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / nuclease / abasic site / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / phosphodiesterase I activity ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / exodeoxyribonuclease III / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / phosphoric diester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA catabolic process / 3'-5'-DNA exonuclease activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / regulation of mRNA stability / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / base-excision repair, gap-filling / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / base-excision repair / chromatin DNA binding / transcription corepressor activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / DNA recombination / regulation of apoptotic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / ribosome / nuclear speck / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Freudenthal, B.D. / Whitaker, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01-ES029203 米国
American Cancer SocietyPF-1815401-DMC 米国
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2020
タイトル: Molecular and structural characterization of disease-associated APE1 polymorphisms.
著者: Whitaker, A.M. / Stark, W.J. / Flynn, T.S. / Freudenthal, B.D.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: TCGACGGATCC
D: GCTGATGCG(C7R)
E: GGATCCGTCGATCGCATCAGC
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3619
ポリマ－75,2125
非ポリマー1484
水1,802100
1
C: TCGACGGATCC
D: GCTGATGCG(C7R)
E: GGATCCGTCGATCGCATCAGC
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0876
ポリマ－44,0244
非ポリマー632
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
2
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2743
ポリマ－31,1891
非ポリマー852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.371, 65.196, 91.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.267, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#1: DNA鎖 TCGACGGATCC


分子量: 3334.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 GCTGATGCG(C7R)


分子量: 3077.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 GGATCCGTCGATCGCATCAGC


分子量: 6424.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / APEX nuclease / APEN / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 / APE-1 / REF-1 / Redox factor-1


分子量: 31188.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APEX1, APE, APE1, APEX, APX, HAP1, REF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27695, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
非ポリマー , 4種, 104分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→24.77 Å / Num. obs: 44162 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 60.64 Å2 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 2112 / CC1/2: 0.714 / Rrim(I) all: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WN4

5wn4


解像度: 2.59→24.77 Å / SU ML: 0.4954 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.5933
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 3612 8.33 %
Rwork0.217 39749 -
obs0.2221 43361 89.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→24.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 854 7 100 5335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01665477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50247607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0898815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.03242076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.620.4141170.34891055X-RAY DIFFRACTION60.38
2.62-2.660.43561250.34541433X-RAY DIFFRACTION85.89
2.66-2.690.43371430.34191470X-RAY DIFFRACTION86.95
2.69-2.730.35781350.31511517X-RAY DIFFRACTION87.87
2.73-2.780.37381330.31721484X-RAY DIFFRACTION89.19
2.78-2.820.37931350.32041502X-RAY DIFFRACTION88.77
2.82-2.870.36831320.33481540X-RAY DIFFRACTION88.79
2.87-2.920.51271420.38611510X-RAY DIFFRACTION88.96
2.92-2.980.52851390.35261498X-RAY DIFFRACTION88.82
2.98-3.040.39981410.33131567X-RAY DIFFRACTION90.66
3.04-3.110.39571240.31281545X-RAY DIFFRACTION89.59
3.11-3.180.42311430.26931485X-RAY DIFFRACTION91.31
3.18-3.260.30041570.26271600X-RAY DIFFRACTION92.13
3.26-3.340.32521430.26821534X-RAY DIFFRACTION92.86
3.34-3.440.33671390.23831614X-RAY DIFFRACTION93.74
3.44-3.550.29871310.21541625X-RAY DIFFRACTION94.77
3.55-3.680.27111530.22061586X-RAY DIFFRACTION94.56
3.68-3.830.2781380.21061596X-RAY DIFFRACTION91.5
3.83-40.28121380.21533X-RAY DIFFRACTION90.72
4-4.210.28291370.19241507X-RAY DIFFRACTION89.98
4.21-4.470.19051380.17491556X-RAY DIFFRACTION90.25
4.47-4.810.24411430.171547X-RAY DIFFRACTION91.2
4.82-5.30.22431430.17391592X-RAY DIFFRACTION94.24
5.3-6.050.22871470.1771619X-RAY DIFFRACTION94.59
6.06-7.590.20851410.18731617X-RAY DIFFRACTION95.34
7.59-24.770.18811550.14571617X-RAY DIFFRACTION95.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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