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- PDB-6w2k: Crystal structure of laccase from Thermus thermophilus HB27 in re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w2k
タイトルCrystal structure of laccase from Thermus thermophilus HB27 in reducing conditions (Na2,S2,O2, 20 min)
要素Laccase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Oxidoreductase / reduced conditions / multi-copper oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamic behavior of alpha-beta loop at laccase of Thermus thermophilus
著者: Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase
B: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,46022
ポリマ－97,6972
非ポリマー1,76320
水15,853880
1
A: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,93913
ポリマ－48,8491
非ポリマー1,09012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5219
ポリマ－48,8491
非ポリマー6728
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.250, 96.230, 72.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Laccase


分子量: 48848.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72HW2, laccase
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 % / 解説: Elongated hexagons
結晶化温度: 277.15 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH8, 100 mM HEPES pH 7.5, 65% MPD / PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月17日 / 詳細: Sagittal focusing 2nd crystal horizontal focusing
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.944 Å / Num. obs: 64577 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 13.53 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.0806 / Net I/σ(I): 16.54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.151.664.46240190.920.2395
2.15-2.31.666.06180230.95717.794.6
2.3-2.351.696.951730.970.1494.6
2.35-2.41.667.1246640.970.1495.1
2.4-2.451.677.7542220.9750.1395
2.45-2.51.687.939410.9760.1394.1
2.5-2.651.688.6399640.9830.11494.4
2.65-2.751.699.9455530.9830.10493.3
2.75-2.851.6911.6747580.9890.08693.4
2.85-31.713.659360.9920.07192.6
3-41.7120.08200850.9970.04590.3
4-61.7429.8199400.9980.0386.8
6-101.7628.7932840.9980.03187.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER7.0.076位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XU9

2xu9


解像度: 2→19.944 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 3209 4.97 %
Rwork0.1449 61354 -
obs0.1475 64563 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.41 Å2 / Biso mean: 17.4541 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6886 0 209 882 7977
Biso mean--46.01 27.82 -
残基数----878
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.02990.23271370.19032690100
2.0299-2.06160.21821520.18172698100
2.0616-2.09530.25291660.17792676100
2.0953-2.13140.23241670.16412675100
2.1314-2.17010.22951370.17052684100
2.1701-2.21180.18741280.16142738100
2.2118-2.25690.24941210.1607274199
2.2569-2.30590.22261410.15632666100
2.3059-2.35950.2321250.15662746100
2.3595-2.41840.21311350.15612702100
2.4184-2.48360.21381330.1572271099
2.4836-2.55660.25281310.1614270099
2.5566-2.63890.2751400.1644268999
2.6389-2.7330.23281740.158265599
2.733-2.84210.22381280.1453269299
2.8421-2.97110.20151510.14264198
2.9711-3.12720.17271360.1335269898
3.1272-3.32230.17941500.1311263497
3.3223-3.57740.14851410.1295261196
3.5774-3.93490.14011430.1148257895
3.9349-4.49860.16161070.1093261394
4.4986-5.64640.16321340.1206255493
5.6464-19.940.16821320.1574256392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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