PDB-6w1b: N-terminal domain of mouse surfactant protein B with bound lipid,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w1b

タイトル

N-terminal domain of mouse surfactant protein B with bound lipid, Y59A/H79A mutant

要素

Pulmonary surfactant-associated protein B

キーワード

SURFACTANT PROTEIN / Lipid-binding / Lipid transfer / Saposin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

Surfactant metabolism / alveolar lamellar body / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / multivesicular body / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Rapoport, T.A. / Bodnar, N.O.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Lamellar Body Formation by Lung Surfactant Protein B.
著者: Sever, N. / Milicic, G. / Bodnar, N.O. / Wu, X. / Rapoport, T.A.

履歴

登録	2020年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.0	2023年10月18日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w1b.cif.gz	498.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w1b.ent.gz	358 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6w1b_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w1b_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	6w1b_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	6w1b_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vynSC 6vz0C 6vzdC 6vzeC 7mbkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m81-1 6ypx-1 6ypx-2 2ow9-2 3s26-d 3vl9-1 6d6j-d 1ejh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/773 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/773

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

D: Pulmonary surfactant-associated protein B

F: Pulmonary surfactant-associated protein B

G: Pulmonary surfactant-associated protein B

H: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

88 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The dimer is active in lipid transport in in vitro assays.
22.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.3 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Pulmonary surfactant-associated protein B

F: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Pulmonary surfactant-associated protein B

H: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.335, 169.527, 73.714
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.897, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 8 - 83 / Label seq-ID: 8 - 83

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 8 through 83)	A	A
2	2	(chain 'B' and resid 8 through 83)	B	C
3	3	(chain 'C' and resid 8 through 83)	C	D
4	4	(chain 'D' and resid 8 through 83)	D	E
5	5	(chain 'E' and resid 8 through 83)	E	B
6	6	(chain 'F' and resid 8 through 83)	F	F
7	7	(chain 'G' and resid 8 through 83)	G	G
8	8	(chain 'H' and resid 8 through 83)	H	H

#1: タンパク質	Pulmonary surfactant-associated protein B / SP-B / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe) 分子量: 9790.410 Da / 分子数: 8 / 変異: Y59A, H79A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sftpb, Sftp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 / 参照: UniProt: P50405
#2: 化合物	ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE 分子量: 744.034 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈NO₈P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.32 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM Na/K phosphate pH 6.2, 200 mM NaCl, 47.5% (w/v) PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→84.76 Å / Num. obs: 37983 / % possible obs: 97.45 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 77.25 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08439 / Net I/σ(I): 13.34
反射シェル	解像度: 2.31→2.397 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 2.03 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 3077 / CC_1/2: 0.518 / CC star: 0.826 / % possible all: 80.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VYN, lipid removed

6vyn

解像度: 2.31→84.76 Å / SU ML: 0.466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 36.301

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2619	1826	4.86 %
R_work	0.2411	-	-
obs	0.2422	37542	97.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→84.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4992	0	603	31	5626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	5653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6725	7507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0376	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	913
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.683	2387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.38	0.3817	109	0.3956	2111	X-RAY DIFFRACTION	74.9
2.38-2.45	0.3532	161	0.3821	2749	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.45-2.53	0.3982	141	0.3584	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.53-2.62	0.3296	118	0.345	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.62-2.72	0.3795	116	0.3276	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.72-2.85	0.3544	135	0.3299	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.85-3	0.4074	148	0.365	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3-3.18	0.3481	162	0.3043	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.18-3.43	0.2808	173	0.2798	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.43-3.77	0.2678	133	0.2543	2805	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.77-4.32	0.2891	151	0.222	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.32-5.44	0.2265	141	0.1989	2794	X-RAY DIFFRACTION	98.76
5.44-84.76	0.1895	138	0.202	2824	X-RAY DIFFRACTION	98.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.35497968134	-1.10425344087	0.933023044168	1.58545340037	0.484682523786	2.61254055788	0.516595498687	-1.38449440132	0.209751065011	2.90622522045	-0.198098423794	-1.05841748933	-1.44527692281	1.25135548056	-0.000428800675699	1.13757911915	-0.0362194257557	-0.00470903435539	1.21925145045	-0.285477184169	0.815355004449	1.91803680727	32.8343858691	25.5558053447
2	2.73869722735	-1.04060147167	0.273952286129	1.14357423863	-0.620802918616	2.47089846236	-0.057576651952	1.61555396422	1.44040366856	-0.854164229363	0.606199724895	-0.138286500269	-1.06885887185	1.66555725175	-0.000120420887223	0.846588166442	-0.0460604535936	0.0734207937407	0.903379618951	-0.107117779167	0.941735285459	-0.839411686817	38.8086212996	6.29883489976
3	0.621738432243	-0.166969710464	0.187757422048	0.879780084618	-1.03014488896	1.66273910171	-0.614668493119	0.169774915449	0.639652954573	-0.316207778873	0.525652187793	0.881620571149	-0.883665253245	0.773626066118	0.00476047050916	0.472605596686	0.0375876861344	-0.0630988512831	0.640453303218	0.110811864284	0.797902766515	-15.3486450532	33.7007008945	2.83633042484
4	2.47178112545	-1.14095027617	1.35021924706	2.90419718776	-0.926107921366	0.583516480772	0.3633054533	0.565121820642	1.22075448865	0.0609738598084	0.075766398569	-0.204342842495	-0.828857783245	1.08050752813	-0.000190403589512	1.09209746931	-0.0369020079823	0.196921269126	0.902532662185	-0.0665367803129	1.08343676397	-7.07691416436	43.5888171187	13.2953819472
5	3.19543724786	-0.918473752505	0.143090039238	0.543498673469	0.283777858584	0.946700862313	-0.59519987366	-2.62665117699	-1.38232590256	1.9135569139	1.2956084462	-1.99298517158	0.569838959402	0.636903694354	0.0503897881027	1.0497444887	0.117390987762	-0.0911170725913	1.16021451739	-0.26457414565	0.792847711845	-6.02062429408	34.8775256624	31.0967852547
6	2.18775780546	0.996323988337	2.41643596105	2.3781236213	0.580867597305	2.66875079003	-0.417165215387	0.542688933067	-1.0734928601	-0.860828120699	0.435792074687	-1.27525697928	0.169977058359	0.923643480206	-1.80796952903E-5	0.744784647732	0.00861592693617	0.0104539322196	1.1280245216	-0.0706038722991	0.850976158811	4.23768794191	26.0644719962	18.807960014
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29	0.244840744157	-0.161949596162	-0.17278618694	1.02367898285	-0.536986684817	0.370222359227	0.62432800977	0.738630692568	-1.18182603069	-0.722517151274	-0.169549596889	2.23137806429	0.728721616343	1.12398889081	-0.00358886416749	1.84530720631	-0.0178151887386	0.523142823193	1.20570566739	0.0533868567491	1.7631084884	-28.3872187903	63.4660253994	-15.8536325261
30	1.13966597594	-0.280802599603	2.0543674149	4.59024058679	-1.65312804241	6.30921790372	-0.388666854943	1.65201459049	0.238692082773	-1.20518454808	0.25768466324	-0.223717318791	0.583515055558	-0.617821310002	-0.000364040241441	1.34544077566	-0.0504925810981	0.169526720795	0.776507157194	0.0587265639457	1.01156999565	-23.5407762734	76.3646878982	-15.6487055089
31	1.27979217591	-0.59148915704	0.668508771129	0.458497500845	-0.0394611699365	0.821141216318	-0.00937624159731	1.13173543148	0.529097552935	1.26407637918	-0.170843661792	1.04966670441	1.0906030445	0.904035817805	-0.000553726806016	0.980849966768	0.0222170946322	-0.0172335050448	0.789106863538	0.127741256966	0.800504982876	-29.4526552304	74.6254407591	4.56458374397
32	1.62990590404	-1.33393715868	0.860440053693	2.41500471298	1.08049129036	2.47291311672	-0.797694205332	0.669769551762	0.199982189871	-0.659119158974	0.254294611947	-0.386654233248	0.817191299806	-1.00596170809	0.000180917955581	0.992055745614	-0.0818017033461	-0.0652700163444	0.628381670561	-0.0107736918824	0.975605855612	-24.1453299873	84.591553179	-8.15291146387
33	0.225891782546	-0.192373000818	0.130491965108	0.0664964233988	-0.0177794688806	0.223644395967	0.939912513427	1.9672124203	0.132790721646	-2.81394717993	-0.541050040956	0.56094829076	-0.163379616524	1.62185431775	0.00040457514815	1.45901394449	-0.0476424091386	0.47559987663	1.40313924966	-0.00765908138951	1.72330861991	-6.88192241127	78.2043201326	-15.090102602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 69 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 70 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 7 through 24 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 25 through 41 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 42 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 52 through 69 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 70 through 87 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 8 through 24 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 25 through 41 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 42 through 51 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 52 through 68 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 69 through 84 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 7 through 24 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 25 through 41 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 42 through 51 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 52 through 69 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 70 through 86 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 6 through 51 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 52 through 84 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 7 through 24 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 25 through 51 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 52 through 69 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 70 through 84 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 6 through 22 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 23 through 67 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 68 through 83 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resid 7 through 41 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resid 42 through 51 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 52 through 69 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 70 through 84 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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