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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w16 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a human metapneumovirus monomeric fusion protein complexed with 458 Fab | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody / F protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human metapneumovirus (ウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, J. / Mousa, J.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020 タイトル: Antibody recognition of the Pneumovirus fusion protein trimer interface. 著者: Huang, J. / Diaz, D. / Mousa, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w16.cif.gz | 179.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w16.ent.gz | 133.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w16.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w16_validation.pdf.gz | 914.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w16_full_validation.pdf.gz | 926.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w16_validation.xml.gz | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w16_validation.cif.gz | 42 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w16 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5wb0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59099.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6W8S4, UniProt: M1E1E4 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23316.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23586.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→47.9 Å / Num. obs: 31997 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1407 / Rpim(I) all: 0.03155 / Rrim(I) all: 0.1443 / Net I/σ(I): 17.62 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 20.9 % / Num. unique obs: 4679 / CC1/2: 0.621 / CC star: 0.875 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WB0 解像度: 3.1→41.05 Å / SU ML: 0.4638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.639
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→41.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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