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- PDB-3pno: Crystal Structure of E.coli Dha kinase DhaK (H56N) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pno
タイトルCrystal Structure of E.coli Dha kinase DhaK (H56N)
要素PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide catabolic process / glycerol to glycerone phosphate metabolic process / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / ketone catabolic process / glycerone kinase activity / carbohydrate phosphorylation / transferase complex / pyruvate metabolic process / glycerol catabolic process ...monosaccharide catabolic process / glycerol to glycerone phosphate metabolic process / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / ketone catabolic process / glycerone kinase activity / carbohydrate phosphorylation / transferase complex / pyruvate metabolic process / glycerol catabolic process / DNA damage response / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroxyacetone kinase DhaK, subunit 1 / Dihydroxyacetone kinase; domain 2 / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / : / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Dihydroxyacetone kinase DhaK, subunit 1 / Dihydroxyacetone kinase; domain 2 / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / : / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PEP-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Shi, R. / McDonald, L. / Matte, A. / Cygler, M. / Ekiel, I. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural and mechanistic insight into covalent substrate binding by Escherichia coli dihydroxyacetone kinase.
著者: Shi, R. / McDonald, L. / Cui, Q. / Matte, A. / Cygler, M. / Ekiel, I.
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
D: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,9604
ポリマ－152,9604
非ポリマー00
水18,3391018
1
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4802
ポリマ－76,4802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
2
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
D: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4802
ポリマ－76,4802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.692, 82.561, 92.856
Angle α, β, γ (deg.)77.910, 78.140, 71.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D)

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要素

#1: タンパク質
PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK


分子量: 38239.949 Da / 分子数: 4 / 変異: H56N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1200, dhaK, JW5187, ycgT / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P76015, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1018 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M sodium citrate pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→41.52 Å / Num. obs: 111975 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.97-2.043.90.521110481.0996.9
2.04-2.1240.422111371.06197.2
2.12-2.2240.32111161.04797.3
2.22-2.3440.258110901.0797.6
2.34-2.4840.21112501.06297.8
2.48-2.6740.173111731.02998.1
2.67-2.9440.129112551.06198.4
2.94-3.3740.095112561.10798.7
3.37-4.2440.07113361.06299.1
4.24-5040.054113141.05999.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.2152 / WRfactor Rwork: 0.1826 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8607 / SU B: 7.462 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1622 / SU Rfree: 0.1445 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 5617 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.1886 111935 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.36 Å2 / Biso mean: 18.5544 Å2 / Biso min: 3.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å2-0.92 Å21.5 Å2
2---0.85 Å2-0.07 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10176 0 0 1018 11194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.96214253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64451372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27325.054467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.113151694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7421552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5941.56695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.149210735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77233773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0334.53503
LS精密化 シェル解像度: 1.971→2.023 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 408 -
Rwork0.22 7606 -
all-8014 -
obs--94.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05460.017-0.10040.3736-0.1220.3123-0.0001-0.01510.0022-0.0135-0.0038-0.0007-0.0091-0.01630.00390.00360.0044-0.00760.02320.00060.03010.46570.00240.3649
20.26950.2004-0.12170.37460.0080.27790.0094-0.00110.0032-0.0526-0.0264-0.01460.0108-0.00170.0170.0260.00750.00770.00660.00690.013415.2719-1.133-29.7431
30.16920.1422-0.04620.27190.1090.32210.0029-0.00530.0113-0.0094-0.0253-0.00540.03630.01650.02240.01930.01460.00120.01310.0050.0312-28.6735-33.646710.9786
40.11930.0058-0.13340.454-0.04830.30440.017-0.04040.00530.0082-0.0230.00110.0027-0.00050.0060.0069-0.0123-0.00190.0307-0.00370.0164-41.0491-25.328840.8257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 356
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 356
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 356
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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