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万見
- PDB-6vyf: Cryo-EM structure of Plasmodium vivax hexokinase (Open state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vyf
タイトルCryo-EM structure of Plasmodium vivax hexokinase (Open state)
要素Phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / Hexokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphotransferase / Phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Srivastava, S.S. / Darling, J.E. / Suryadi, J. / Morris, J.C. / Drew, M.E. / Subramaniam, S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canada Excellence Research Chair Award カナダ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020
タイトル: and human hexokinases share similar active sites but display distinct quaternary architectures.
著者: Shanti Swaroop Srivastava / Joseph E Darling / Jimmy Suryadi / James C Morris / Mark E Drew / Sriram Subramaniam /
要旨: Malaria is a devastating disease caused by a protozoan parasite. It affects over 300 million individuals and results in over 400 000 deaths annually, most of whom are young children under the age ...Malaria is a devastating disease caused by a protozoan parasite. It affects over 300 million individuals and results in over 400 000 deaths annually, most of whom are young children under the age of five. Hexokinase, the first enzyme in glucose metabolism, plays an important role in the infection process and represents a promising target for therapeutic intervention. Here, cryo-EM structures of two conformational states of hexokinase (PvHK) are reported at resolutions of ∼3 Å. It is shown that unlike other known hexokinase structures, PvHK displays a unique tetrameric organization (∼220 kDa) that can exist in either open or closed quaternary conformational states. Despite the resemblance of the active site of PvHK to its mammalian counterparts, this tetrameric organization is distinct from that of human hexokinases, providing a foundation for the structure-guided design of parasite-selective antimalarial drugs.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年5月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年5月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年5月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年5月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年5月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年5月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21458
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotransferase
B: Phosphotransferase
C: Phosphotransferase
D: Phosphotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,4064
ポリマ－227,4064
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6540 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area74910 Å2

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要素

#1: タンパク質
Phosphotransferase / Hexokinase


分子量: 56851.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_110030900, PVP01_1125500, PVT01_110029900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2
参照: UniProt: A0A1G4HFC9, UniProt: A5K274*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plasmodium vivax hexokinase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Origami 2
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60.32 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 181611
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12604 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00513896
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59118744
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.4348376
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442060
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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