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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vwe | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the D100R multidrug binding transcriptional regulator LmrR in complex with Rhodium Bis-diphosphine Complex | ||||||||||||
![]() | Transcriptional regulator, PadR-like family | ||||||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / multidrug binding transcriptional regulator | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Zadvornyy, O.A. / Laureanti, J.A. / Peters, J.W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Positive Charge in the Outer Coordination Sphere of an Artificial Enzyme Increases CO2 Hydrogenation 著者: Laureanti, J.A. / Ginovska, B. / Buchko, G.W. / Schenter, G.K. / Zadvornyy, O.A. / Heberta, M. / Peters, J.W. / Shaw, W.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 732.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 737.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6do0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13678.463 Da / 分子数: 2 / 変異: K55D,K59Q,M89C,D100R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MG1363 / 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-JY1 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % / 解説: rods and plates |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.15 M Ammonium fluoride; 18% PEG 3350; |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95369 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→35.63 Å / Num. obs: 8942 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.821 / Num. unique obs: 1282 / CC1/2: 0.74 / Rrim(I) all: 0.927 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6DO0 解像度: 2.5→35.63 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.47
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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