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Yorodumi- PDB-6vwe: Crystal structure of the D100R multidrug binding transcriptional ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vwe | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the D100R multidrug binding transcriptional regulator LmrR in complex with Rhodium Bis-diphosphine Complex | ||||||||||||
Components | Transcriptional regulator, PadR-like family | ||||||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / multidrug binding transcriptional regulator | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information : / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||||||||
Biological species | Lactococcus lactis subsp. cremoris (lactic acid bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||||||||
Authors | Zadvornyy, O.A. / Laureanti, J.A. / Peters, J.W. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Organometallics / Year: 2020 Title: A Positive Charge in the Outer Coordination Sphere of an Artificial Enzyme Increases CO2 Hydrogenation Authors: Laureanti, J.A. / Ginovska, B. / Buchko, G.W. / Schenter, G.K. / Zadvornyy, O.A. / Heberta, M. / Peters, J.W. / Shaw, W.J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vwe.cif.gz | 107 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vwe.ent.gz | 80.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vwe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vwe_validation.pdf.gz | 732.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vwe_full_validation.pdf.gz | 737.8 KB | Display | |
Data in XML | 6vwe_validation.xml.gz | 10.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6vwe_validation.cif.gz | 13.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/6vwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/6vwe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6do0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13678.463 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K55D,K59Q,M89C,D100R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (lactic acid bacteria) Strain: MG1363 / Gene: llmg_0323 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A2RI36 #2: Chemical | ChemComp-JY1 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % / Description: rods and plates |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 / Details: 0.15 M Ammonium fluoride; 18% PEG 3350; |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.95369 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→35.63 Å / Num. obs: 8942 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 16.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.63 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.821 / Num. unique obs: 1282 / CC1/2: 0.74 / Rrim(I) all: 0.927 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DO0 Resolution: 2.5→35.63 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 41.47
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→35.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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