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- PDB-6vvu: Anti-Tryptase fab E104.v1 bound to tryptase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vvu
タイトルAnti-Tryptase fab E104.v1 bound to tryptase
要素
  • Fab E104.v1 heavy chain
  • Fab E104.v1 light chain
  • Tryptase alpha/beta-1
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Fab / inhibitor / tryptase / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / defense response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0GJ / Tryptase alpha/beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ultsch, M. / Koerber, J.T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Bivalent antibody pliers inhibit β-tryptase by an allosteric mechanism dependent on the IgG hinge.
著者: Henry R Maun / Rajesh Vij / Benjamin T Walters / Ashley Morando / Janet K Jackman / Ping Wu / Alberto Estevez / Xiaocheng Chen / Yvonne Franke / Michael T Lipari / Mark S Dennis / Daniel ...著者: Henry R Maun / Rajesh Vij / Benjamin T Walters / Ashley Morando / Janet K Jackman / Ping Wu / Alberto Estevez / Xiaocheng Chen / Yvonne Franke / Michael T Lipari / Mark S Dennis / Daniel Kirchhofer / Claudio Ciferri / Kelly M Loyet / Tangsheng Yi / Charles Eigenbrot / Robert A Lazarus / James T Koerber /
要旨: Human β-tryptase, a tetrameric trypsin-like serine protease, is an important mediator of allergic inflammatory responses in asthma. Antibodies generally inhibit proteases by blocking substrate ...Human β-tryptase, a tetrameric trypsin-like serine protease, is an important mediator of allergic inflammatory responses in asthma. Antibodies generally inhibit proteases by blocking substrate access by binding to active sites or exosites or by allosteric modulation. The bivalency of IgG antibodies can increase potency via avidity, but has never been described as essential for activity. Here we report an inhibitory anti-tryptase IgG antibody with a bivalency-driven mechanism of action. Using biochemical and structural data, we determine that four Fabs simultaneously occupy four exosites on the β-tryptase tetramer, inducing allosteric changes at the small interface. In the presence of heparin, the monovalent Fab shows essentially no inhibition, whereas the bivalent IgG fully inhibits β-tryptase activity in a hinge-dependent manner. Our results suggest a model where the bivalent IgG acts akin to molecular pliers, pulling the tetramer apart into inactive β-tryptase monomers, and may provide an alternative strategy for antibody engineering.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase alpha/beta-1
B: Tryptase alpha/beta-1
D: Tryptase alpha/beta-1
C: Tryptase alpha/beta-1
E: Fab E104.v1 heavy chain
F: Fab E104.v1 light chain
G: Fab E104.v1 heavy chain
H: Fab E104.v1 heavy chain
I: Fab E104.v1 light chain
J: Fab E104.v1 heavy chain
K: Fab E104.v1 light chain
L: Fab E104.v1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,23419
ポリマ－313,53012
非ポリマー1,7047
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.573, 168.811, 114.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質
Tryptase alpha/beta-1 / Tryptase-1 / Tryptase I / Tryptase alpha-1


分子量: 30549.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSAB1, TPS1, TPS2, TPSB1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q15661, tryptase

-
抗体 , 2種, 8分子 EGHJFIKL

#2: 抗体
Fab E104.v1 heavy chain


分子量: 24232.307 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体
Fab E104.v1 light chain


分子量: 23601.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-0GJ / L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide


タイプ: peptide-like / 分子量: 395.862 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28ClN6O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M CaCl2, 20% PEG 4000 and 4% pentaerythritol ethoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月21日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→90.83 Å / Num. obs: 62323 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 6175 / CC1/2: 0.415 / CC star: 0.766 / Rpim(I) all: 0.582 / Χ2: 0.923 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVD

1fvd


解像度: 3→90.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.386
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1266 2.03 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 62323 97.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 182.93 Å2 / Biso mean: 71.49 Å2 / Biso min: 10.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8631 Å20 Å2-10.8479 Å2
2---8.0098 Å20 Å2
3---14.873 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→90.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20689 0 103 2 20794
Biso mean--50.37 32.94 -
残基数----2702
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6953SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes429HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3111HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it21367HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2793SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23262SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d21367HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg29159HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.98
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 81 1.84 %
Rwork0.233 4313 -
all0.234 4394 -
obs--93.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1831-0.1071-0.16841.3173-0.60152.58-0.0954-0.30710.22940.3340.15990.136-0.3099-0.3495-0.0645-0.03280.07250.0574-0.0112-0.0732-0.058715.62615.870461.7338
21.91060.0174-0.40791.4895-0.43851.4266-0.15980.218-0.1796-0.3760.17110.00030.1631-0.1131-0.01120.0775-0.1296-0.0171-0.0778-0.024-0.087921.7269-22.479841.241
31.0046-0.13010.39741.7559-0.66351.4908-0.1218-0.15990.24690.2226-0.0553-0.4659-0.47740.25040.177-0.0654-0.1013-0.12830.0204-0.1663-0.004950.297816.850469.2641
42.37640.8589-0.62691.3155-0.50521.6952-0.1914-0.3784-0.56150.1075-0.002-0.53870.31720.44160.1934-0.16470.1258-0.0203-0.04810.01890.110153.9084-24.647156.1889
51.66860.5435-0.41372.14030.88352.1307-0.16160.3954-0.1025-0.20450.347-0.04380.0001-0.0214-0.1853-0.0974-0.0518-0.0018-0.0413-0.0421-0.032623.295221.406323.974
61.85441.8722-1.27474.1568-2.41631.2906-0.31280.11330.137-0.44980.1758-0.03940.15940.3770.1369-0.2611-0.12430.0204-0.0125-0.1029-0.002668.31040.333129.6337
72.16111.094-0.1843.5843-1.50312.89040.0527-0.2108-0.14840.3701-0.20330.0669-0.35450.38460.1506-0.21180.039-0.07550.051-0.1249-0.171745.2022-8.346898.7484
81.3192-1.6376-0.43643.126-0.6273.596-0.0052-0.2571-0.06950.42490.40310.4243-0.2113-0.6524-0.3979-0.17310.09090.1107-0.02220.1947-0.06815.0662-26.80976.0542
93.33761.0494-1.44651.97151.62443.41820.30940.2229-0.0638-0.52120.0286-0.1594-0.3384-0.0299-0.33790.1229-0.09090.175-0.0109-0.1947-0.233237.195516.5462-6.9071
103.42612.1692-0.93313.1515-0.89912.8883-0.25830.10360.4693-0.37990.49040.4410.1582-0.0681-0.2321-0.277-0.1947-0.1363-0.17050.09090.242670.568630.144712.9132
113.9507-0.8035-0.92995.8589-1.8493.11860.1395-0.5745-0.53110.4792-0.10840.21780.17430.2106-0.031-0.10510.1187-0.1084-0.07890.1184-0.215135.6871-37.6428113.6306
120.35140.0961-1.93053.55281.66587.964-0.2782-0.22830.28520.62830.2814-0.13560.55380.1314-0.0032-0.02460.07730.0181-0.1313-0.0868-0.2483-3.8465-22.6777109.61
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|16 - A|244}A16 - 244
2X-RAY DIFFRACTION1{A|302 - A|302}A302
3X-RAY DIFFRACTION2{B|16 - B|245}B16 - 245
4X-RAY DIFFRACTION2{B|302 - B|302}B302
5X-RAY DIFFRACTION3{D|16 - D|243}D16 - 243
6X-RAY DIFFRACTION3{D|302 - D|302}D302
7X-RAY DIFFRACTION4{C|16 - C|243}C16 - 243
8X-RAY DIFFRACTION4{C|301 - C|301}C301
9X-RAY DIFFRACTION5{L|2 - L|112}L2 - 112
10X-RAY DIFFRACTION5{H|2 - H|124}H2 - 124
11X-RAY DIFFRACTION6{F|1 - F|112}F1 - 112
12X-RAY DIFFRACTION6{E|2 - E|124}E2 - 124
13X-RAY DIFFRACTION7{I|1 - I|112}I1 - 112
14X-RAY DIFFRACTION7{G|1 - G|124}G1 - 124
15X-RAY DIFFRACTION8{K|2 - K|112}K2 - 112
16X-RAY DIFFRACTION8{J|2 - J|124}J2 - 124
17X-RAY DIFFRACTION9{L|113 - L|213}L113 - 213
18X-RAY DIFFRACTION9{H|133 - H|213}H133 - 213
19X-RAY DIFFRACTION10{F|113 - F|213}F113 - 213
20X-RAY DIFFRACTION10{E|133 - E|213}E133 - 213
21X-RAY DIFFRACTION11{I|113 - I|213}I113 - 213
22X-RAY DIFFRACTION11{G|133 - G|213}G133 - 213
23X-RAY DIFFRACTION12{K|113 - K|214}K113 - 214
24X-RAY DIFFRACTION12{J|133 - J|216}J133 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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