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万見
- EMDB-21389: Negative Staining Reconstruction of Tryptase Tetramer bound to E1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21389
タイトルNegative Staining Reconstruction of Tryptase Tetramer bound to E104 Fab
マップデータTryptase bound to E104 Fab
試料
  • 複合体: Tryptase bound to E104 Fab
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Koerber JT / Lazarus B / Maun H / Estevez A / Ciferri C
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Bivalent antibody pliers inhibit β-tryptase by an allosteric mechanism dependent on the IgG hinge.
著者: Henry R Maun / Rajesh Vij / Benjamin T Walters / Ashley Morando / Janet K Jackman / Ping Wu / Alberto Estevez / Xiaocheng Chen / Yvonne Franke / Michael T Lipari / Mark S Dennis / Daniel ...著者: Henry R Maun / Rajesh Vij / Benjamin T Walters / Ashley Morando / Janet K Jackman / Ping Wu / Alberto Estevez / Xiaocheng Chen / Yvonne Franke / Michael T Lipari / Mark S Dennis / Daniel Kirchhofer / Claudio Ciferri / Kelly M Loyet / Tangsheng Yi / Charles Eigenbrot / Robert A Lazarus / James T Koerber /
要旨: Human β-tryptase, a tetrameric trypsin-like serine protease, is an important mediator of allergic inflammatory responses in asthma. Antibodies generally inhibit proteases by blocking substrate ...Human β-tryptase, a tetrameric trypsin-like serine protease, is an important mediator of allergic inflammatory responses in asthma. Antibodies generally inhibit proteases by blocking substrate access by binding to active sites or exosites or by allosteric modulation. The bivalency of IgG antibodies can increase potency via avidity, but has never been described as essential for activity. Here we report an inhibitory anti-tryptase IgG antibody with a bivalency-driven mechanism of action. Using biochemical and structural data, we determine that four Fabs simultaneously occupy four exosites on the β-tryptase tetramer, inducing allosteric changes at the small interface. In the presence of heparin, the monovalent Fab shows essentially no inhibition, whereas the bivalent IgG fully inhibits β-tryptase activity in a hinge-dependent manner. Our results suggest a model where the bivalent IgG acts akin to molecular pliers, pulling the tetramer apart into inactive β-tryptase monomers, and may provide an alternative strategy for antibody engineering.
履歴
登録2020年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2021年1月13日-
現状2021年1月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0256
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0256
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21389.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tryptase bound to E104 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.73 Å/pix.
x 200 pix.
= 346. Å		1.73 Å/pix.
x 200 pix.
= 346. Å		1.73 Å/pix.
x 200 pix.
= 346. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0256 / ムービー #1: 0.0256
最小 - 最大-0.044255935 - 0.07128593
平均 (標準偏差)0.00021383307 (±0.004442386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 346.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.731.731.73
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z346.000346.000346.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0440.0710.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tryptase bound to E104 Fab

全体名称: Tryptase bound to E104 Fab
要素
  • 複合体: Tryptase bound to E104 Fab

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超分子 #1: Tryptase bound to E104 Fab

超分子名称: Tryptase bound to E104 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 340 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 10 mM MOPS pH 6.8, 2 M NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Four microliters of purified beta-tryptase bound to E104.v1 Fab fragment were applied to a freshly glow discharged 400-mesh copper EM grid covered with a thin layer of continuous carbon (Ted ...詳細: Four microliters of purified beta-tryptase bound to E104.v1 Fab fragment were applied to a freshly glow discharged 400-mesh copper EM grid covered with a thin layer of continuous carbon (Ted Pella, Redding, CA). After 30 s of incubation, the grids were stained with 5 drops of a freshly prepared 0.75% (w/v) uranyl formate solution.
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified
詳細purified through affinity purification and Size Exclusion Chromatography in 10 mM MOPS pH 6.8, 2 M NaCl.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4a6l

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 15000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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