PDB-6vvr: Q0 fused 4-OT wild type symmetric trimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vvr

タイトル

Q0 fused 4-OT wild type symmetric trimer

要素

Tautomerase

キーワード

ISOMERASE / symmetric / fused / 4-oxalocrotonate tautomerase

機能・相同性

異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換 / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / : / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / Tautomerase

機能・相同性情報

生物種

Bordetella trematum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Medellin, B.P. / Whitman, C.P. / Zhang, Y.J.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-129331	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-41239	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-104896	米国
Robert A. Welch Foundation	F-1334	米国
Robert A. Welch Foundation	F-1778	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Asymmetry of a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Trimer.
著者: Medellin, B.P. / Lancaster, E.B. / Brown, S.D. / Rakhade, S. / Babbitt, P.C. / Whitman, C.P. / Zhang, Y.J.

履歴

登録	2020年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vvr.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vvr.ent.gz	62.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vvr_validation.pdf.gz	248 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vvr_full_validation.pdf.gz	248 KB	表示
XML形式データ	6vvr_validation.xml.gz	936 B	表示
CIF形式データ	6vvr_validation.cif.gz	6.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vvmC 6vvnC 6vvwC 5unqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ogm-2 6vvw-7 6blm-d 3gtz-d 1kwf-d 3ej7-2 2fm7-2 4faz-1 3v4d-2 1s0y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tautomerase

B: Tautomerase

C: Tautomerase

37.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.943, 72.943, 82.299
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Tautomerase 分子量: 12459.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella trematum (バクテリア) 遺伝子: xylH, SAMEA3906487_04185 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A157L8Q0, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Tautomerase

分子量: 12459.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bordetella trematum (バクテリア)
遺伝子: xylH, SAMEA3906487_04185
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A157L8Q0, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 27-33% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35.84 Å / Num. obs: 39332 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 3844 / CC_1/2: 0.738 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.16	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5UNQ

5unq

解像度: 1.8→35.84 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	-	-
R_work	0.1719	-	-
obs	-	39332	96.6 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.69 Å² / B_iso mean: 27.4656 Å² / B_iso min: 12.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2607	0	0	392	2999

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.2136	-
R_work	0.2127	-
obs	-	3844

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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