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- PDB-6vvw: W0 fused 4-OT wild type symmetric trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vvw
タイトルW0 fused 4-OT wild type symmetric trimer
要素Tautomerase
キーワードISOMERASE / symmetric / fused / 4-oxalocrotonate tautomerase
機能・相同性4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / Putative tautomerase
機能・相同性情報
生物種Advenella mimigardefordensis DPN7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Medellin, B.P. / Whitman, C.P. / Zhang, Y.J.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-129331 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-41239 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-104896 米国
Robert A. Welch FoundationF-1334 米国
Robert A. Welch FoundationF-1778 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Asymmetry of a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Trimer.
著者: Medellin, B.P. / Lancaster, E.B. / Brown, S.D. / Rakhade, S. / Babbitt, P.C. / Whitman, C.P. / Zhang, Y.J.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tautomerase
B: Tautomerase
C: Tautomerase
D: Tautomerase
E: Tautomerase
F: Tautomerase
G: Tautomerase
H: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4938
ポリマ－109,4938
非ポリマー00
水1,13563
1
A: Tautomerase

A: Tautomerase

A: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
2
B: Tautomerase

B: Tautomerase

B: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
3
C: Tautomerase

C: Tautomerase

C: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
4
D: Tautomerase

D: Tautomerase

D: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
5
E: Tautomerase

E: Tautomerase

E: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
6
F: Tautomerase

F: Tautomerase

F: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
7
G: Tautomerase

G: Tautomerase

G: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
8
H: Tautomerase

H: Tautomerase

H: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－41,0603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.866, 83.866, 149.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
Tautomerase


分子量: 13686.604 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Advenella mimigardefordensis DPN7 (バクテリア)
遺伝子: MIM_c08740
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: W0PD56, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 27-37% PEG5000 MME / PH範囲: 6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.45
反射解像度: 2.1→41.93 Å / Num. obs: 68347 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Num. unique obs: 6690 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5UNQ

5unq


解像度: 2.1→41.93 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3335 --
Rwork0.275 --
obs-68347 99.5 %
原子変位パラメータBiso max: 35.7 Å2 / Biso mean: 21.6767 Å2 / Biso min: 9.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7238 0 0 63 7301
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3578 -
Rwork0.3102 -
obs-6690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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