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- PDB-5unq: Crystal Structure of Pt0534 Inactivated by 2-Oxo-3-pentynoate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5unq
タイトルCrystal Structure of Pt0534 Inactivated by 2-Oxo-3-pentynoate
要素(Putative tautomerase) x 2
キーワードHYDROLASE / 4-Oxalocrotonate tautomerase / MIF / cisCaaD / dehalogenase
機能・相同性4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / Putative tautomerase
機能・相同性情報
生物種Pusillimonas sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.976 Å
データ登録者LeVieux, J. / Baas, B.J. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-65324 米国
Robert A. Welch FoundationF-1334 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A global view of structure-function relationships in the tautomerase superfamily.
著者: Davidson, R. / Baas, B.J. / Akiva, E. / Holliday, G.L. / Polacco, B.J. / LeVieux, J.A. / Pullara, C.R. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P. / Babbitt, P.C.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tautomerase
B: Putative tautomerase
D: Putative tautomerase
E: Putative tautomerase
F: Putative tautomerase
C: Putative tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8086
ポリマ－78,8086
非ポリマー00
水11,620645
1
A: Putative tautomerase
F: Putative tautomerase
C: Putative tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3483
ポリマ－39,3483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
2
B: Putative tautomerase
D: Putative tautomerase
E: Putative tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4603
ポリマ－39,4603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.214, 57.586, 63.528
Angle α, β, γ (deg.)106.69, 104.54, 94.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative tautomerase


分子量: 13116.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pusillimonas sp. (strain T7-7) (バクテリア)
株: T7-7 / 遺伝子: PT7_0534
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F4GMX9
#2: タンパク質 Putative tautomerase


分子量: 13228.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pusillimonas sp. (strain T7-7) (バクテリア)
株: T7-7 / 遺伝子: PT7_0534
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F4GMX9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 24% PEG 4000 0.2 M ammonium acetate 0.1 M trisodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 47036 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 6.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N4G

3n4g


解像度: 1.976→40.83 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 2289 4.87 %
Rwork0.2119 --
obs0.2141 47016 95.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.976→40.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5492 0 0 645 6137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.537510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9172094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002981
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9756-2.01860.3541290.29192147X-RAY DIFFRACTION74
2.0186-2.06550.29951280.27382641X-RAY DIFFRACTION89
2.0655-2.11720.34331440.27762736X-RAY DIFFRACTION94
2.1172-2.17440.30261530.25992780X-RAY DIFFRACTION95
2.1744-2.23840.29811610.26572809X-RAY DIFFRACTION97
2.2384-2.31070.32821280.25942829X-RAY DIFFRACTION96
2.3107-2.39320.31211370.24562883X-RAY DIFFRACTION97
2.3932-2.4890.31341440.23682874X-RAY DIFFRACTION97
2.489-2.60230.28361510.23162842X-RAY DIFFRACTION97
2.6023-2.73950.30821550.23812867X-RAY DIFFRACTION98
2.7395-2.91110.27471540.21892877X-RAY DIFFRACTION98
2.9111-3.13580.29441350.22242864X-RAY DIFFRACTION98
3.1358-3.45120.22841450.20952895X-RAY DIFFRACTION98
3.4512-3.95020.2031480.18242872X-RAY DIFFRACTION98
3.9502-4.97550.19311580.1522880X-RAY DIFFRACTION98
4.9755-40.83870.21321190.18672931X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03830.0909-0.00930.0709-0.02250.02740.0554-0.0703-0.1548-0.11370.046-0.0236-0.1418-0.04100.09290.0136-0.01660.10310.00530.1186-32.1802-7.5645-80.6899
20.00360.0015-0.0068-0.00050.00480.00140.06980.0288-0.03420.04270.10270.0031-0.06440.045-00.17830.013-0.00860.17680.00020.1687-46.35663.0066-85.1589
3-0.0096-0.04630.00840.01570.05210.01360.075-0.1351-0.00370.0031-0.02430.0945-0.17190.003600.1106-0.0118-0.02340.1846-0.00760.1133-36.93023.2881-76.5298
40.02830.0182-0.02610.09650.10530.0501-0.0905-0.01470.01110.02290.0368-0.1722-0.0619-0.094800.14440.0112-0.020.17920.01370.1728-30.6811.5279-74.2094
50.00010.00130.0040.0088-0.0110.005-0.003-0.0158-0.03320.0887-0.1684-0.00370.03060.054200.1827-0.0056-0.01570.14190.0490.1801-34.0813-13.4467-56.8108
60.0004-0.0542-0.02790.06270.03260.0334-0.10590.02040.08210.01150.0719-0.0783-0.0882-0.0627-00.1137-0.01850.0160.12690.00680.0915-48.4276-5.7157-108.7689
70.0057-0.0061-0.02160.00440.00510.0272-0.005-0.0021-0.10070.2537-0.06110.0301-0.13440.0503-00.10430.01730.00640.1836-0.020.1669-47.2233-19.1308-97.5266
80.0124-0.0172-0.0023-0.00180.00380.0063-0.02840.16050.02180.02680.15890.20010.1198-0.076-00.1334-0.0084-0.01940.3157-0.1419-0.2673-56.6592-14.4019-116.5698
90.03490.070.0090.05320.09870.04150.17270.11080.0143-0.1-0.08080.0120.04080.0406-00.11580.00170.04450.16920.00070.1396-54.6018-12.6-114.7698
100.0588-0.02890.10140.1809-0.0870.20780.04420.0833-0.05140.093-0.0249-0.0122-0.0394-0.039900.1182-0.00020.01280.1297-0.03120.1176-66.9242-6.7573-97.4076
110.0041-0.01810.01870.00330.0261-0.02280.0878-0.0173-0.0143-0.2039-0.0631-0.05390.0723-0.0131-00.15770.0219-0.03380.1503-0.02840.1949-72.9059-15.9258-108.2075
12-0.0209-0.00340.0650.03390.01930.0827-0.0254-0.0551-0.0139-0.10570.0356-0.02230.0307-0.020200.1465-0.0107-0.03910.156-0.03090.1867-72.5131-13.707-105.51
130.1337-0.0905-0.0460.07360.06390.1406-0.1085-0.02740.0162-0.01340.1121-0.0349-0.0348-0.0327-00.13020.0166-0.00460.1459-0.02350.1223-54.41865.7052-77.8733
14-0.01020.0210.010.0019-0.00640.0031-0.0432-0.0618-0.11450.10010.0776-0.0310.06940.077100.11770.0013-0.02650.1945-0.0260.143-45.065811.6719-67.4103
15-0.0147-0.0239-0.01090.13940.09180.0968-0.0456-0.07060.09470.0091-0.03510.023-0.06570.0045-00.12590.0022-0.03310.1452-0.02280.1455-47.388311.3588-69.9797
160.0383-0.06330.0899-0.02910.05880.01970.0332-0.0412-0.0485-0.086-0.06420.0349-0.1204-0.126200.13680.02490.00320.15850.02230.1244-54.5313-12.1409-68.0937
170.0737-0.07810.08640.0126-0.03190.03960.0570.1309-0.24060.13690.0414-0.10880.09630.0364-00.1783-0.02260.02760.05080.07690.0133-44.2293-12.6136-65.3642
18-0.0543-0.0259-0.0184-0.0036-0.02280.0194-0.0097-0.3830.04990.1963-0.001-0.04770.208-0.277100.15910.0181-0.00260.143-0.01430.138-48.8342-0.6369-61.1892
190.07270.02920.03180.00610.02920.00230.1218-0.0373-0.1418-0.0369-0.0174-0.0099-0.00260.045700.1481-0.0003-0.02320.10330.03310.1709-54.9106-28.7672-93.1508
200.0014-0.00620.00250.00210.0019-0.001-0.09580.0778-0.0022-0.0617-0.0361-0.0147-0.01230.06340-0.17790.73960.3984-0.7053-0.452-0.1069-48.1608-31.433-104.2304
210.0035-0.00480.00290.01460.0038-0.0036-0.0553-0.0196-0.09080.20120.051-0.1165-0.0198-0.0494-00.1884-0.02210.02350.14320.03620.116-65.185-17.0748-90.0216
22-0.0163-0.0187-0.01020.06650.0252-0.00230.1203-0.25920.0061-0.10510.0704-0.15730.1844-0.036500.1666-0.0127-0.00350.03680.03780.1152-62.1049-32.5433-101.6127
23-0.00720.04880.0193-0.01820.00770.00770.01710.179-0.16410.02990.03880.1544-0.00140.010500.1556-0.0010.02210.13490.00990.1767-65.7852-27.055-99.9705
240.0034-0.00820.006-0.0016-0.00010.0010.2647-0.0398-0.015-0.04950.28680.25450.0037-0.00930-0.02180.15990.27950.2857-0.3974-0.2043-49.3117-23.6525-116.0934
250.0051-0.00060.00110.00640.00370.0027-0.07170.0041-0.04580.0227-0.0114-0.0030.095-0.0245-00.23260.04230.01660.4712-0.13940.1779-48.8504-28.8618-119.3396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 3:42 )B3 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 43:52 )B43 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 53:72 )B53 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 73:112 )B73 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 113:123 )B113 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 2:39 )A2 - 39
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 40:61 )A40 - 61
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 62:73 )A62 - 73
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 74:123 )A74 - 123
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 2:61 )C2 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 62:73 )C62 - 73
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 74:122 )C74 - 122
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 2:61 )D2 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 62:73 )D62 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 74:122 )D74 - 122
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 2:46 )E2 - 46
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 47:92 )E47 - 92
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 93:123 )E93 - 123
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN F AND RESID 2:32 )F2 - 32
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN F AND RESID 33:39 )F33 - 39
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN F AND RESID 40:61 )F40 - 61
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN F AND RESID 62:92 )F62 - 92
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN F AND RESID 93:106 )F93 - 106
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN F AND RESID 107:116 )F107 - 116
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN F AND RESID 117:123 )F117 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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