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万見
- PDB-6vvm: R7 fused 4-OT wild type asymmetric trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vvm
タイトルR7 fused 4-OT wild type asymmetric trimer
要素4-oxalocrotonate tautomerase family enzyme
キーワードISOMERASE / asymmetric / fused / 4-oxalocrotonate tautomerase
機能・相同性4-oxalocrotonate tautomerase family enzyme / 4-oxalocrotonate tautomerase family enzyme
機能・相同性情報
生物種Burkholderia sp. RPE67 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Medellin, B.P. / Whitman, C.P. / Zhang, Y.J.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-129331 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-41239 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-104896 米国
Robert A. Welch FoundationF-1334 米国
Robert A. Welch FoundationF-1778 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Asymmetry of a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Trimer.
著者: Medellin, B.P. / Lancaster, E.B. / Brown, S.D. / Rakhade, S. / Babbitt, P.C. / Whitman, C.P. / Zhang, Y.J.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-oxalocrotonate tautomerase family enzyme
B: 4-oxalocrotonate tautomerase family enzyme
C: 4-oxalocrotonate tautomerase family enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4083
ポリマ－38,4083
非ポリマー00
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.714, 49.957, 48.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-265-

HOH

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要素

#1: タンパク質 4-oxalocrotonate tautomerase family enzyme


分子量: 12802.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia sp. RPE67 (バクテリア)
遺伝子: BRPE67_ACDS14250
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A060NYR7, UniProt: A0A7U6GPC9*PLUS, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 15-30% PEG5000 MME / PH範囲: 6-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→47.22 Å / Num. obs: 29709 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.1314 / Rpim(I) all: 0.0783 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / Num. unique obs: 2277 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16.1精密化
HKL-20001データ削減
HKL-20001データスケーリング
MOLREP1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6BLM

6blm


解像度: 1.83→47.22 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 --
Rwork0.1869 --
obs-29709 97.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2697 0 0 362 3059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93713714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.75481695
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.9 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2918 -
Rwork0.2527 -
obs-2277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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