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- PDB-6vvc: Legionella pneumophila Lpg2603 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vvc
タイトルLegionella pneumophila Lpg2603 kinase
要素Dot/Icm T4SS effector
キーワードTRANSFERASE / phosphorylation / kinase
機能・相同性DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / host cell cytoplasmic vesicle / regulation of GTPase activity / small GTPase binding / nucleotide binding / Dot/Icm T4SS effector / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Park, B.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R00DK099254 米国
Welch FoundationI-1911 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2020
タイトル: ALegionellaeffector kinase is activated by host inositol hexakisphosphate.
著者: Sreelatha, A. / Nolan, C. / Park, B.C. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dot/Icm T4SS effector
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9046
ポリマ-37,5931
非ポリマー3105
3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.961, 62.961, 176.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dot/Icm T4SS effector / Lpg2603


分子量: 37593.328 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-322 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3927_13135, DI056_05180, DI105_03620 / プラスミド: ppSumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: A0A2S6F2W2, UniProt: Q5ZSB6*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 % / Mosaicity: 0.545 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M lithium chloride, 0.03 M sodium chloride, 30% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: sagittally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 24083 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 141650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.142.30.5710640.7230.3620.6821.0790.9
2.14-2.182.70.55111300.7540.3390.6531.02993.3
2.18-2.223.10.50911120.7870.2950.5931.05394.6
2.22-2.263.50.48911740.8160.270.5631.08696.9
2.26-2.314.10.44811880.880.2340.5091.04498.4
2.31-2.374.60.40811690.9160.2040.4591.01599.1
2.37-2.4250.40411870.9170.1920.451.02597.3
2.42-2.4960.38512040.9620.1690.4221.011100
2.49-2.566.70.35912070.9660.1480.3891.004100
2.56-2.657.10.32711980.9730.130.3531.00499.9
2.65-2.747.20.27412290.9830.1080.2951.012100
2.74-2.857.10.22312030.9880.0890.2411.002100
2.85-2.986.60.15912110.990.0660.1730.9599.9
2.98-3.147.60.1212390.9940.0460.1290.95899.9
3.14-3.337.40.08712190.9960.0340.0930.91999.9
3.33-3.597.30.06912160.9970.0270.0740.903100
3.59-3.956.80.05512460.9970.0220.060.86599.6
3.95-4.527.60.0512590.9980.0190.0530.82799.8
4.52-5.76.90.0512720.9970.020.0540.83299.6
5.7-506.70.05513560.9960.0240.061.01799

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
SHELXE位相決定
PHENIX1.17.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→31.48 Å / SU ML: 0.2193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9919
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2119 1998 8.69 %random
Rwork0.1768 ---
obs0.1798 23005 94.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2306 0 20 176 2502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00242390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58343231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2011899
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.29151100.22681132X-RAY DIFFRACTION74.19
2.15-2.210.30291290.20041251X-RAY DIFFRACTION80.65
2.21-2.280.22911300.19181348X-RAY DIFFRACTION86.43
2.28-2.350.24771330.19071425X-RAY DIFFRACTION90.32
2.35-2.440.22191290.17311377X-RAY DIFFRACTION87.1
2.44-2.530.2431480.17661570X-RAY DIFFRACTION99.59
2.53-2.650.21931480.17471555X-RAY DIFFRACTION99.88
2.65-2.790.2131520.17931575X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.960.20431490.18151590X-RAY DIFFRACTION99.94
2.96-3.190.19741490.17721610X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.1981570.16951602X-RAY DIFFRACTION99.94
3.51-4.020.20041460.16311593X-RAY DIFFRACTION99.66
4.02-5.060.1821580.15231645X-RAY DIFFRACTION99.83
5.06-31.480.21211600.1971734X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.014176321870.7902053199240.5782138514932.036565060080.3301114593270.7261209454710.01144027671870.2389371118831.265566690690.4293134010260.03351717731370.553954996005-0.302028322323-0.00468172981750.08900238298950.4339367345670.0943668961405-0.06955607661180.499998317633-0.1345092163020.518182813907-15.677281254848.99627080972.20172921373
23.322427150650.9358990414660.1951497620823.819252342110.6191319993392.60525370459-0.167147354835-0.629832259316-0.01823340678430.4430564456990.04845077355570.04562233594880.0107799851682-0.1472788838350.08739795080640.2501671311220.08290105739060.001879140567670.322444454098-0.0153162177750.15837288229-19.501995909528.5546401624-1.26433897049
33.12118629556-0.398183062962-1.098065197680.7906120444730.2560274698722.57931747683-0.01104983800990.02111198990070.1554793120640.02396263923940.0651459462130.0100299583249-0.0340883368501-0.112164718265-0.04401068698350.1402140404910.00502295490244-0.002711294089660.140573769341-0.002860201238880.182263300133-17.396292446226.9152529742-18.796718752
43.50125166546-1.53880836054-0.7298328466481.672449503640.1904643197972.9017890419-0.198148910894-0.200496923895-0.07312711403080.2692714238810.03221873745220.1767111287360.0241613494549-0.1744951312990.08908254764320.126499745769-0.01575552526670.02831150697080.144581824188-0.007351142753490.141273798003-17.512398167723.9732699777-18.627929553
52.487567236460.246682954882-0.3776929794584.87814704161-2.018449470013.0681549827-0.1337103513070.0942876615173-0.1790806913990.1777878201960.2768663125560.1376400910950.252942667666-0.276865398641-0.09632968639170.187596763841-0.008618023761720.05420370185370.147031223336-0.01130243578870.181259661952-11.022835419515.3841786853-25.6683602982
62.130415284210.325598651048-0.5333779679741.04638656807-0.8415926498272.94025131573-0.02229892883670.217482991861-0.160390989896-0.04985075910040.0495842841559-0.002287866431090.2298725987910.0451598447382-0.03739996044540.1816654020890.004171609629340.01441590575320.179984643411-0.03627314441650.19338794317-0.60781243449417.1495012684-31.8502958943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 142 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 143 through 210 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 211 through 238 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 239 through 259 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 260 through 321 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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