PDB-6vvc: Legionella pneumophila Lpg2603 kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vvc

タイトル

Legionella pneumophila Lpg2603 kinase

要素

Dot/Icm T4SS effector

キーワード

TRANSFERASE / phosphorylation / kinase

機能・相同性

DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / host cell cytoplasmic vesicle / regulation of GTPase activity / small GTPase binding / nucleotide binding / Dot/Icm T4SS effector / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Park, B.C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: ALegionellaeffector kinase is activated by host inositol hexakisphosphate.
著者: Sreelatha, A. / Nolan, C. / Park, B.C. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S.

履歴

登録	2020年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vvc.cif.gz	219.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vvc.ent.gz	147.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vvc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vvc_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vvc_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	6vvc_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	6vvc_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vvdC 6vveC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uv2-12 6tq9-1 4uv2-13 1y7e-d 4uv2-3 6tp6-1 6tos-1 4uv2-7 4uv2-15 4uv2-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dot/Icm T4SS effector

ヘテロ分子

37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.961, 62.961, 176.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-525- HOH

#1: タンパク質	Dot/Icm T4SS effector / Lpg2603 分子量: 37593.328 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-322 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_13135, DI056_05180, DI105_03620 / プラスミド: ppSumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: A0A2S6F2W2, UniProt: Q5ZSB6*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.19 % / Mosaicity: 0.545 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M lithium chloride, 0.03 M sodium chloride, 30% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: sagittally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 24083 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.962 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 141650

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	2.3	0.57	1064	0.723	0.362	0.682	1.07	90.9
2.14-2.18	2.7	0.551	1130	0.754	0.339	0.653	1.029	93.3
2.18-2.22	3.1	0.509	1112	0.787	0.295	0.593	1.053	94.6
2.22-2.26	3.5	0.489	1174	0.816	0.27	0.563	1.086	96.9
2.26-2.31	4.1	0.448	1188	0.88	0.234	0.509	1.044	98.4
2.31-2.37	4.6	0.408	1169	0.916	0.204	0.459	1.015	99.1
2.37-2.42	5	0.404	1187	0.917	0.192	0.45	1.025	97.3
2.42-2.49	6	0.385	1204	0.962	0.169	0.422	1.011	100
2.49-2.56	6.7	0.359	1207	0.966	0.148	0.389	1.004	100
2.56-2.65	7.1	0.327	1198	0.973	0.13	0.353	1.004	99.9
2.65-2.74	7.2	0.274	1229	0.983	0.108	0.295	1.012	100
2.74-2.85	7.1	0.223	1203	0.988	0.089	0.241	1.002	100
2.85-2.98	6.6	0.159	1211	0.99	0.066	0.173	0.95	99.9
2.98-3.14	7.6	0.12	1239	0.994	0.046	0.129	0.958	99.9
3.14-3.33	7.4	0.087	1219	0.996	0.034	0.093	0.919	99.9
3.33-3.59	7.3	0.069	1216	0.997	0.027	0.074	0.903	100
3.59-3.95	6.8	0.055	1246	0.997	0.022	0.06	0.865	99.6
3.95-4.52	7.6	0.05	1259	0.998	0.019	0.053	0.827	99.8
4.52-5.7	6.9	0.05	1272	0.997	0.02	0.054	0.832	99.6
5.7-50	6.7	0.055	1356	0.996	0.024	0.06	1.017	99

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
SHELXE		位相決定
PHENIX	1.17.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→31.48 Å / SU ML: 0.2193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9919

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2119	1998	8.69 %	random
R_work	0.1768	-	-	-
obs	0.1798	23005	94.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2306	0	20	176	2502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	2390
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5834	3231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0425	329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.2011	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.2915	110	0.2268	1132	X-RAY DIFFRACTION	74.19
2.15-2.21	0.3029	129	0.2004	1251	X-RAY DIFFRACTION	80.65
2.21-2.28	0.2291	130	0.1918	1348	X-RAY DIFFRACTION	86.43
2.28-2.35	0.2477	133	0.1907	1425	X-RAY DIFFRACTION	90.32
2.35-2.44	0.2219	129	0.1731	1377	X-RAY DIFFRACTION	87.1
2.44-2.53	0.243	148	0.1766	1570	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.53-2.65	0.2193	148	0.1747	1555	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.65-2.79	0.213	152	0.1793	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.96	0.2043	149	0.1815	1590	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.96-3.19	0.1974	149	0.1772	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.51	0.198	157	0.1695	1602	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.51-4.02	0.2004	146	0.1631	1593	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.02-5.06	0.182	158	0.1523	1645	X-RAY DIFFRACTION	99.83
5.06-31.48	0.2121	160	0.197	1734	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.01417632187	0.790205319924	0.578213851493	2.03656506008	0.330111459327	0.726120945471	0.0114402767187	0.238937111883	1.26556669069	0.429313401026	0.0335171773137	0.553954996005	-0.302028322323	-0.0046817298175	0.0890023829895	0.433936734567	0.0943668961405	-0.0695560766118	0.499998317633	-0.134509216302	0.518182813907	-15.6772812548	48.9962708097	2.20172921373
2	3.32242715065	0.935899041466	0.195149762082	3.81925234211	0.619131999339	2.60525370459	-0.167147354835	-0.629832259316	-0.0182334067843	0.443056445699	0.0484507735557	0.0456223359488	0.0107799851682	-0.147278883835	0.0873979508064	0.250167131122	0.0829010573906	0.00187914056767	0.322444454098	-0.015316217775	0.15837288229	-19.5019959095	28.5546401624	-1.26433897049
3	3.12118629556	-0.398183062962	-1.09806519768	0.790612044473	0.256027469872	2.57931747683	-0.0110498380099	0.0211119899007	0.155479312064	0.0239626392394	0.065145946213	0.0100299583249	-0.0340883368501	-0.112164718265	-0.0440106869835	0.140214040491	0.00502295490244	-0.00271129408966	0.140573769341	-0.00286020123888	0.182263300133	-17.3962924462	26.9152529742	-18.796718752
4	3.50125166546	-1.53880836054	-0.729832846648	1.67244950364	0.190464319797	2.9017890419	-0.198148910894	-0.200496923895	-0.0731271140308	0.269271423881	0.0322187374522	0.176711128736	0.0241613494549	-0.174495131299	0.0890825476432	0.126499745769	-0.0157555252667	0.0283115069708	0.144581824188	-0.00735114275349	0.141273798003	-17.5123981677	23.9732699777	-18.627929553
5	2.48756723646	0.246682954882	-0.377692979458	4.87814704161	-2.01844947001	3.0681549827	-0.133710351307	0.0942876615173	-0.179080691399	0.177787820196	0.276866312556	0.137640091095	0.252942667666	-0.276865398641	-0.0963296863917	0.187596763841	-0.00861802376172	0.0542037018537	0.147031223336	-0.0113024357887	0.181259661952	-11.0228354195	15.3841786853	-25.6683602982
6	2.13041528421	0.325598651048	-0.533377967974	1.04638656807	-0.841592649827	2.94025131573	-0.0222989288367	0.217482991861	-0.160390989896	-0.0498507591004	0.0495842841559	-0.00228786643109	0.229872598791	0.0451598447382	-0.0373999604454	0.181665402089	0.00417160962934	0.0144159057532	0.179984643411	-0.0362731444165	0.19338794317	-0.607812434494	17.1495012684	-31.8502958943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 142 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 143 through 210 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 211 through 238 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 239 through 259 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 260 through 321 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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