PDB-6vtr: Crystal structure of G16S human Galectin-7 mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vtr

タイトル

Crystal structure of G16S human Galectin-7 mutant

要素

Galectin-7

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Human Galectin-7 / lactose-furanose

機能・相同性

機能・相同性情報

Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.

資金援助

カナダ,

米国, 6件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN 2016-05557	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM105978	米国
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)	Research Scholar Senior Career Award (281993)	カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)	Junior 1 (251848)	カナダ
	RGPIN-2017-06091	カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)	Doctoral Training scholarship (287239)	カナダ

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Perturbing dimer interactions and allosteric communication modulates the immunosuppressive activity of human galectin-7.
著者: Pham, N.T.H. / Letourneau, M. / Fortier, M. / Begin, G. / Al-Abdul-Wahid, M.S. / Pucci, F. / Folch, B. / Rooman, M. / Chatenet, D. / St-Pierre, Y. / Lague, P. / Calmettes, C. / Doucet, N.

履歴

登録	2020年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vtr.cif.gz	126.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vtr.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vtr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vtr_validation.pdf.gz	325.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vtr_full_validation.pdf.gz	325.2 KB	表示
XML形式データ	6vtr_validation.xml.gz	1.2 KB	表示
CIF形式データ	6vtr_validation.cif.gz	4.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vtoC 6vtpC 6vtqC 6vtsC 1bkzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vtp-d 6vto-d 1bkz-d 5gal-d 4uu8-2 1f3z-1 6vts-d 4xbq-d 4l6p-3 1a78-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-7

B: Galectin-7

ヘテロ分子

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.010, 66.700, 71.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-7 / Gal-7 / HKL-14 / PI7 / p53-induced gene 1 protein 分子量: 14995.877 Da / 分子数: 2 / 変異: G16S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS7, PIG1, LGALS7B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47929
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % PEG 3350, 17.5 % Glycerol Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月19日 / 詳細: 16 tiled fiber-optic tapers

放射

モノクロメーター: KOHZU double crystal mochochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→48.75 Å / Num. obs: 19128 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 9.641 % / B_iso Wilson estimate: 43.62 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 20.41 / Num. measured all: 184406 / Scaling rejects: 20

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-2.01	8.844	2.377	0.86	16751	3206	1894	0.42	2.525	59.1
2.01-2.14	9.371	1.335	1.77	25003	2983	2668	0.686	1.412	89.4
2.14-2.28	10.046	0.696	3.79	24642	2509	2453	0.921	0.733	97.8
2.28-2.45	9.984	0.416	6.12	22744	2333	2278	0.961	0.438	97.6
2.45-2.64	9.983	0.238	10.24	19197	1948	1923	0.988	0.251	98.7
2.64-2.86	9.881	0.157	14.75	16235	1675	1643	0.994	0.166	98.1
2.86-3.13	9.819	0.087	25.88	14070	1445	1433	0.998	0.092	99.2
3.13-3.45	9.776	0.051	38.49	11546	1199	1181	0.999	0.054	98.5
3.45-3.85	9.641	0.035	52.36	9612	1004	997	0.999	0.037	99.3
3.85-4.35	9.636	0.029	61.85	7458	781	774	1	0.03	99.1
4.35-5	9.497	0.024	70.54	5945	631	626	1	0.025	99.2
5-48.75	8.905	0.022	71.55	11203	1267	1258	1	0.024	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.94 Å	48.75 Å
Translation	5.94 Å	48.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2481	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHASER	2.7.12	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1bkz

1bkz

解像度: 2.3→48.75 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2558	1164	9.88 %
R_work	0.2031	10616	-
obs	0.2084	11780	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.77 Å² / B_iso mean: 60.8482 Å² / B_iso min: 26.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→48.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2093	0	14	55	2162
B_iso mean	-	-	53.9	47.4	-
残基数	-	-	-	-	266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.577	2965
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	403
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.03	1320

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3-2.4047	0.3408	135	0.2913	1293	98
2.4047-2.5315	0.3459	146	0.2845	1289	98
2.5315-2.6901	0.3527	142	0.2833	1302	98
2.6901-2.8977	0.3018	142	0.2605	1307	99
2.8977-3.1893	0.3047	147	0.2357	1324	99
3.1893-3.6507	0.2574	139	0.1978	1323	99
3.6507-4.5989	0.1957	153	0.1663	1351	99
4.5989-48.75	0.2324	160	0.1692	1427	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.853	-1.8357	-2.0361	8.9405	-2.4317	3.1668	-0.3742	0.2555	0.2684	0.6028	0.5625	0.2995	0.1837	1.6004	-0.2144	0.726	-0.1088	-0.0565	0.5076	-0.2061	0.5462	26.768	-2.9349	0.7825
2	4.7808	-0.5847	1.1134	6.5236	4.776	8.9092	-0.2722	0.3056	1.2364	-0.3554	0.3776	0.3833	-1.0968	1.0535	-0.2246	0.6954	0.0377	0.1279	0.4502	0.1365	0.5705	24.8004	2.2647	-14.8596
3	3.2534	-1.7828	0.6556	2.8983	-0.1743	0.8007	-0.128	-0.18	0.2613	0.1695	0.0861	-0.3606	-0.1144	0.0224	0.0671	0.3776	0.0424	0.0081	0.4907	0.0101	0.4195	23.8961	-14.2882	-1.5888
4	6.0098	3.9891	-4.0026	4.26	-1.0209	4.3019	0.2349	-0.8188	1.7708	1.2707	1.0436	-0.4464	0.0146	0.5013	-1.2767	0.823	0.0221	0.0763	0.8341	-0.1618	1.0877	15.3569	2.6098	0.6442
5	3.2215	-0.0321	0.5795	1.8861	0.6787	3.9299	0.1458	0.1829	-0.0223	0.0856	-0.1917	0.0071	0.0668	-0.1717	0.0368	0.333	-0.026	0.0005	0.3752	0.0208	0.3967	13.9558	-15.0324	-3.7269
6	6.2887	-2.7388	0.4661	1.0828	-0.0434	2.6537	0.2923	0.3051	0.0357	-0.2499	-0.1649	0.0108	0.0781	-0.1725	-0.149	0.3955	-0.0908	0.0364	0.3777	0.0227	0.4191	15.5663	-15.6603	-5.4495
7	6.359	-1.6991	-0.311	6.2417	0.3811	2.3017	-0.0245	1.7063	0.4034	-0.2827	-0.121	0.0532	-0.3413	0.1108	0.1297	0.342	-0.0305	0.0211	0.5329	0.0891	0.3986	21.4046	-9.5182	-15.481
8	2.1116	-3.7949	-1.0343	9.0996	-0.695	9.9963	0.4406	0.7333	0.0343	-0.4316	-1.0657	-0.7219	0.0055	0.0077	0.7572	0.5014	-0.0589	0.0645	0.5199	0.0262	0.431	21.5885	-18.7631	-15.2474
9	5.1	-0.1406	-2.4645	7.917	-1.7326	1.9715	0.3006	0.5404	0.6032	-0.8293	-0.1036	0.5695	0.1042	-0.026	-0.1392	0.4367	0.0534	-0.0351	0.5778	0.2737	0.6128	13.0245	-4.3193	-14.433
10	7.5606	-3.1405	2.8623	6.3471	-0.5557	4.7932	-0.4368	0.3091	0.2245	0.0816	1.4909	1.1495	-0.7905	-0.2798	-0.9441	0.4629	-0.0894	0.0813	0.6716	0.0778	0.6392	19.7876	1.0005	-4.9807
11	1.2127	-1.4402	1.4057	3.1011	-0.9783	4.9069	0.0619	0.1024	0.26	0.0907	0.0043	0.1417	-0.2932	0.1787	-0.0166	0.3922	-0.0334	-0.0096	0.4977	0.0226	0.4588	29.3286	-10.5311	-2.0672
12	2.4901	-3.1187	0.5883	6.3828	0.0335	4.5937	0.0242	0.1095	-1.0419	-1.7157	0.2968	0.7124	1.5943	-0.431	-0.1659	1.8375	-0.3825	0.0808	0.8165	-0.0119	0.9449	31.6892	-17.6637	-32.7995
13	1.0396	-0.3438	-1.1783	5.736	-1.0956	5.0035	0.0552	0.1364	-0.6178	-0.5698	0.4622	0.8796	0.3711	-1.1512	-0.3545	0.4756	-0.174	-0.0126	0.8546	0.0826	0.5055	27.0773	-9.5554	-24.4357
14	4.6881	-0.1692	-0.4999	1.4745	0.5392	0.2089	-0.6556	0.2751	-0.2748	-2.269	-0.7838	-1.9477	2.2771	1.2487	0.8281	1.0703	0.2865	0.5514	0.8166	0.3705	1.1418	44.7721	-14.4654	-25.8765
15	2.1838	1.0924	0.4779	2.4943	2.2711	6.3217	0.2972	0.6193	-0.9501	-2.1502	-0.3577	-1.0891	2.2745	-0.0043	0.0596	1.609	0.0324	0.3022	0.7879	0.058	0.6904	38.9658	-9.1464	-35.8851
16	1.0818	-0.5895	-0.6452	0.2844	0.3185	0.3913	0.8697	0.3788	-0.2884	-0.1411	-2.2769	-2.8735	0.3852	2.1743	0.6333	0.677	0.2106	0.1091	1.3414	0.5871	1.4932	52.1452	-6.1825	-24.2102
17	3.7902	1.2507	-2.9829	3.6427	2.164	7.971	-0.398	0.6013	-0.9902	-0.8874	-0.22	-0.0376	0.6915	-0.3963	0.474	0.9731	-0.0669	0.3177	0.5966	-0.0067	0.6706	40.9458	-2.0794	-36.7401
18	3.9001	-1.1412	-0.3372	3.6325	-1.297	0.5662	-0.6379	-0.0247	0.3383	-0.873	-0.4662	-1.2603	1.25	0.2465	0.8059	0.64	-0.0345	0.1062	0.6111	0.2099	0.6615	46.6344	-1.4025	-26.9561
19	2.2504	-0.0795	0.1008	4.6769	-0.0607	4.2982	-0.3931	0.1971	-0.0254	0.0816	0.0086	-0.7489	0.251	0.144	0.3522	0.4799	-0.0084	0.0922	0.5546	0.1884	0.5799	38.7804	-8.3585	-19.2117
20	5.517	0.8793	0.4527	2.5743	0.095	3.5079	0.0351	-0.0905	0.188	-0.7377	0.3436	-0.0876	0.6941	-0.7086	-0.3473	0.5863	-0.1162	0.0548	0.4805	0.1247	0.3574	35.1319	-1.2427	-26.4794
21	2.1241	-0.4773	2.1142	6.682	-3.8593	9.0202	0.0814	0.6871	0.2506	-2.1257	-0.6384	-0.639	1.3146	1.7054	0.7371	1.7915	-0.1474	0.2306	0.818	-0.0543	0.7139	35.4932	-14.3337	-32.9701
22	7.0424	-0.2402	-1.3079	2.4624	0.4853	4.3708	0.2288	0.0087	-0.4378	-0.5662	-0.4667	-0.7963	0.6353	0.408	0.1107	0.7206	0.0192	0.1717	0.6443	0.0639	0.5848	38.0175	-19.1349	-22.8021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:10)	A	2 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 11:17)	A	11 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 18:37)	A	18 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 38:45)	A	38 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 46:64)	A	46 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 65:87)	A	65 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 88:101)	A	88 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 102:107)	A	102 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 108:116)	A	108 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 117:122)	A	117 - 122
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 123:135)	A	123 - 135
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 4:11)	B	4 - 11
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 12:20)	B	12 - 20
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 21:39)	B	21 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 40:51)	B	40 - 51
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 52:60)	B	52 - 60
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 61:67)	B	61 - 67
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 68:80)	B	68 - 80
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 81:102)	B	81 - 102
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 103:118)	B	103 - 118
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 119:124)	B	119 - 124
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 125:135)	B	125 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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