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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vth | ||||||
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タイトル | p53-specific T cell receptor | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / TCR complex / MHC / HLA / adoptive cell therapy | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, D. / Gallagher, D.T. / Gowthaman, R. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for oligoclonal T cell recognition of a shared p53 cancer neoantigen. 著者: Wu, D. / Gallagher, D.T. / Gowthaman, R. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 345 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 264.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 264.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22881.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27789.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 18% (w/v) PEG 2000, 0.2 M AmSO4, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→39.3 Å / Num. obs: 36665 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / Num. unique obs: 3669 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3sjv, 2ak4 解像度: 2.36→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 14.97 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.294 / 詳細: TLS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.19 Å2 / Biso mean: 39.584 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.36→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.419 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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