PDB-6vtg: Naegleria gruberi RNA ligase E227A mutant apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vtg

タイトル

Naegleria gruberi RNA ligase E227A mutant apo

要素

RNA ligase

キーワード

LIGASE / RNA repair / adenylyltransferase

機能・相同性

RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / Predicted protein

機能・相同性情報

生物種

Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation.
著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

履歴

登録	2020年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vtg.cif.gz	556 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vtg.ent.gz	464.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vtg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vtg_validation.pdf.gz	252 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vtg_full_validation.pdf.gz	251.9 KB	表示
XML形式データ	6vtg_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6vtg_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vt0C 6vt1C 6vt3C 6vt4C 6vt5C 6vt6C 6vt8C 6vt9C 6vtbC 6vtdC 6vteC 6vtfC 5cotS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vt1-2 6vtf-2 6vt9-d 6vt8-d 6vte-d 5cou-d 6vtf-1 6vt1-1 6vt6-d 4hb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA ligase

B: RNA ligase

C: RNA ligase

D: RNA ligase

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA ligase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA ligase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: RNA ligase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: RNA ligase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.101, 104.037, 119.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 0 - 339 / Label seq-ID: 1 - 340

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D

#1: タンパク質	RNA ligase 分子量: 38603.797 Da / 分子数: 4 / 変異: E227A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア) 遺伝子: NAEGRDRAFT_82186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2W2Z5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The NgrRnlE227A protein sample (12 mg/ml) was mixed with equal volume (1 ul) of 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.49→30 Å / Num. obs: 102490 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 2.371 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.49-2.54	5.5	0.813	2709	0.668	0.376	0.898	0.855	99.8
2.54-2.59	5.3	0.7	2692	0.737	0.327	0.776	0.905	99.9
2.59-2.64	6.1	0.624	2679	0.8	0.274	0.683	0.92	99.9
2.64-2.69	6.1	0.556	2703	0.835	0.244	0.609	0.993	100
2.69-2.75	6.1	0.465	2685	0.854	0.203	0.508	1.19	99.7
2.75-2.82	6	0.415	2727	0.873	0.183	0.454	1.297	100
2.82-2.89	6	0.365	2713	0.884	0.162	0.4	1.525	99.9
2.89-2.96	5.9	0.305	2680	0.928	0.137	0.336	1.687	99.7
2.96-3.05	5.7	0.267	2716	0.926	0.123	0.295	1.981	99.9
3.05-3.15	5.2	0.228	2712	0.945	0.11	0.254	2.127	99.2
3.15-3.26	5.8	0.196	2709	0.96	0.09	0.217	2.314	99.7
3.26-3.39	5.9	0.163	2698	0.974	0.074	0.179	2.553	99.9
3.39-3.55	5.8	0.142	2732	0.977	0.066	0.158	2.949	99.7
3.55-3.73	5.7	0.126	2702	0.973	0.059	0.139	3.178	99.3
3.73-3.97	5.5	0.113	2731	0.981	0.054	0.126	3.467	99.3
3.97-4.27	5.1	0.102	2700	0.974	0.051	0.115	4.351	98.1
4.27-4.7	5.5	0.092	2732	0.981	0.044	0.102	4.588	98.8
4.7-5.38	5.3	0.092	2735	0.986	0.045	0.103	5.183	98.7
5.38-6.76	5.2	0.077	2755	0.984	0.038	0.086	4.13	97.5
6.76-30	5.5	0.049	2870	0.997	0.023	0.054	2.168	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5COT

5cot

解像度: 2.49→29.73 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2732	3777	3.71 %
R_work	0.215	-	-
obs	0.2172	102490	97.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.11 Å² / B_iso mean: 82.0559 Å² / B_iso min: 25.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.49→29.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10852	0	0	92	10944
B_iso mean	-	-	-	55.89	-
残基数	-	-	-	-	1360

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4148	X-RAY DIFFRACTION	10.833	TORSIONAL
1	2	B	4148	X-RAY DIFFRACTION	10.833	TORSIONAL
1	3	C	4148	X-RAY DIFFRACTION	10.833	TORSIONAL
1	4	D	4148	X-RAY DIFFRACTION	10.833	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.49-2.52	0.3401	115	0.3051	3367	3482	90
2.52-2.56	0.3626	146	0.3081	3667	3813	98
2.56-2.59	0.4006	147	0.3143	3640	3787	98
2.59-2.63	0.356	125	0.2993	3727	3852	100
2.63-2.67	0.3034	163	0.2888	3757	3920	100
2.67-2.71	0.3377	139	0.2837	3683	3822	100
2.71-2.75	0.3036	141	0.2641	3793	3934	100
2.75-2.8	0.4206	159	0.2792	3690	3849	100
2.8-2.85	0.3268	131	0.2754	3733	3864	100
2.85-2.91	0.328	145	0.2647	3730	3875	100
2.91-2.97	0.3238	146	0.2489	3733	3879	99
2.97-3.03	0.2877	142	0.2547	3699	3841	99
3.03-3.1	0.3207	142	0.2539	3749	3891	99
3.1-3.18	0.321	145	0.2346	3593	3738	96
3.18-3.26	0.3241	141	0.2445	3672	3813	99
3.26-3.36	0.3034	120	0.2364	3746	3866	99
3.36-3.47	0.3197	156	0.2234	3683	3839	99
3.47-3.59	0.3363	128	0.2308	3676	3804	98
3.59-3.74	0.3066	146	0.234	3604	3750	97
3.74-3.91	0.2768	143	0.2234	3633	3776	97
3.91-4.11	0.2514	130	0.1989	3554	3684	95
4.11-4.37	0.2208	147	0.1723	3562	3709	95
4.37-4.7	0.1965	145	0.1644	3585	3730	96
4.7-5.17	0.2269	134	0.18	3648	3782	96
5.17-5.92	0.2811	136	0.2006	3603	3739	96
5.92-7.44	0.2343	148	0.2059	3567	3715	96
7.44-29.73	0.212	142	0.1666	3594	3736	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4848	0.3235	-1.5372	6.6495	1.3305	4.9463	-0.0086	-0.212	0.3888	-0.0845	0.3809	0.8141	0.3169	-0.4751	-0.2735	0.6213	-0.0195	-0.0481	0.8215	0.1184	0.7281	-42.5806	1.2739	-8.0345
2	-0.0161	-0.2068	0.0221	2.1358	-1.2971	3.9789	-0.1966	0.0469	0.0477	-0.6145	0.3791	0.8004	0.5209	-1.0273	-0.1353	0.7664	-0.174	-0.2085	0.8625	0.1408	0.843	-45.1673	7.074	-25.3281
3	1.1039	-1.4564	0.9553	2.735	-2.5126	6.0616	0.3489	-0.2761	-0.1637	-0.383	-0.0089	0.0866	1.5557	-0.5193	-0.2386	0.7928	-0.1271	-0.1124	0.5157	-0.007	0.5099	-36.2056	5.3431	-39.3419
4	4.1375	-1.5011	0.1123	5.4646	0.5311	1.6784	-0.0173	0.151	-0.0812	0.0936	0.0054	0.1894	-0.0617	-0.0433	-0.0009	0.2498	-0.0027	0.0354	0.3526	0.0229	0.3509	-46.1007	49.2012	-53.6985
5	1.0612	0.2856	1.7921	1.8311	-1.0916	5.3831	0.1366	-0.5032	-0.0482	0.5377	-0.1531	-0.0577	-0.16	-0.6368	0.019	0.655	-0.0865	0.0055	0.5966	0.0457	0.4255	-38.8137	47.0253	-25.4331
6	1.8176	0.6582	0.5976	5.8257	-0.2908	5.1714	-0.0564	0.0998	-0.189	-0.3485	-0.0073	-0.2634	0.6635	0.0062	0.0584	0.3954	-0.0492	0.0863	0.3899	-0.0305	0.3463	-42.5498	22.1098	-75.2942
7	5.8812	1.359	-0.4488	1.8339	-0.1161	0.8715	0.0462	-0.4565	-0.2537	0.0922	-0.0563	-0.1019	-0.0305	0.1465	0.0312	0.3221	-0.0327	0.0174	0.4414	-0.0127	0.4107	-69.544	20.6881	-65.5919
8	3.1727	1.0368	-0.0364	6.0831	0.4614	5.3649	-0.1842	0.078	-0.2368	0.0101	-0.1186	-0.0368	-0.0067	0.3531	0.272	0.6379	-0.0009	0.1051	0.5637	0.0313	0.4665	-40.842	28.1637	11.6232
9	3.6003	-0.3726	1.7807	1.1543	0.2796	1.434	-0.2249	0.0936	0.2227	-0.2198	-0.1845	0.6852	-0.2336	-0.3187	0.3456	0.8215	-0.0711	-0.003	0.784	-0.1473	0.9137	-67.1306	31.883	6.582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 100 )	A	0 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 101 through 173 )	A	101 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 339 )	A	174 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 119 )	B	0 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 120 through 339 )	B	120 - 339
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 0 through 119 )	C	0 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 120 through 339 )	C	120 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 0 through 100 )	D	0 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 101 through 339 )	D	101 - 339

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)