PDB-6vt9: Naegleria gruberi RNA ligase E227A mutant with ATP and Mn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vt9

タイトル

Naegleria gruberi RNA ligase E227A mutant with ATP and Mn

要素

RNA ligase

キーワード

LIGASE / RNA repair / adenylyltransferase

機能・相同性

RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Predicted protein

機能・相同性情報

生物種

Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation.
著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

履歴

登録	2020年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vt9.cif.gz	156 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vt9.ent.gz	120.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vt9_validation.pdf.gz	339.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vt9_full_validation.pdf.gz	339.3 KB	表示
XML形式データ	6vt9_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6vt9_validation.cif.gz	5.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vt0C 6vt1C 6vt3C 6vt4C 6vt5C 6vt6C 6vt8C 6vtbC 6vtdC 6vteC 6vtfC 6vtgC 5cotS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vtf-2 6vte-d 6vtd-d 6vt6-d 6vtg-4 6vtg-3 5cov-d 4hb9-d 6vtf-4 6vt1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA ligase

ヘテロ分子

39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.432, 88.432, 105.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-512- HOH

#1: タンパク質	RNA ligase 分子量: 38603.797 Da / 分子数: 1 / 変異: E227A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア) 遺伝子: NAEGRDRAFT_82186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2W2Z5
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: NgrRnlE227A (12 mg/ml) was adjusted to 2 mM ATP and 5 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of ...詳細: NgrRnlE227A (12 mg/ml) was adjusted to 2 mM ATP and 5 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of precipitant solution containing 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: NgrRnlE227A (12 mg/ml) was adjusted to 2 mM ATP and 5 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.49→30 Å / Num. obs: 27618 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 3.084 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.49-2.54	16.6	2.006	749	0.645	0.516	2.072	1.341	100
2.54-2.59	16.7	1.642	718	0.699	0.421	1.696	1.434	100
2.59-2.64	16.5	1.433	748	0.789	0.368	1.48	1.511	100
2.64-2.69	16.6	1.164	739	0.754	0.299	1.202	1.62	100
2.69-2.75	16.6	0.961	735	0.878	0.246	0.993	1.759	100
2.75-2.82	16.3	0.719	726	0.939	0.186	0.743	1.972	100
2.82-2.89	16.2	0.644	739	0.943	0.167	0.665	2.116	100
2.89-2.96	16.1	0.519	750	0.96	0.135	0.536	2.41	100
2.96-3.05	15.8	0.399	739	0.976	0.105	0.413	2.669	100
3.05-3.15	15.4	0.325	742	0.984	0.087	0.337	2.95	100
3.15-3.26	14.9	0.27	746	0.989	0.074	0.28	3.169	100
3.26-3.39	14.3	0.207	744	0.992	0.058	0.215	3.533	100
3.39-3.55	13.9	0.177	750	0.989	0.05	0.184	4.153	100
3.55-3.73	12.7	0.177	758	0.992	0.053	0.185	5.176	100
3.73-3.97	13	0.138	745	0.994	0.041	0.144	4.928	100
3.97-4.27	12.7	0.111	766	0.996	0.033	0.116	4.925	100
4.27-4.7	12.3	0.092	771	0.996	0.028	0.096	5.165	100
4.7-5.38	12.5	0.088	765	0.997	0.027	0.092	5.008	100
5.38-6.76	13.3	0.079	794	0.998	0.023	0.082	4.34	100
6.76-30	12	0.06	857	0.996	0.019	0.064	4.31	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5COT

5cot

解像度: 2.49→27.5 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3055	2785	10.08 %
R_work	0.2186	-	-
obs	0.2272	27618	98.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.29 Å² / B_iso mean: 80.5114 Å² / B_iso min: 33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.49→27.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2677	0	32	15	2724
B_iso mean	-	-	82.9	67.92	-
残基数	-	-	-	-	335

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.49-2.53	0.4645	108	0.3752	972	1080	78
2.53-2.58	0.4306	140	0.3617	1268	1408	100
2.58-2.63	0.419	141	0.3485	1238	1379	100
2.63-2.68	0.4744	141	0.3417	1266	1407	100
2.68-2.74	0.4477	139	0.3461	1277	1416	100
2.74-2.8	0.4072	138	0.313	1254	1392	100
2.8-2.87	0.3611	136	0.3017	1265	1401	100
2.87-2.95	0.4241	142	0.2871	1267	1409	100
2.95-3.04	0.3069	140	0.2641	1242	1382	100
3.04-3.14	0.3504	143	0.2593	1256	1399	100
3.14-3.25	0.3564	141	0.2716	1260	1401	100
3.25-3.38	0.3064	142	0.2539	1247	1389	100
3.38-3.53	0.3464	147	0.2547	1272	1419	100
3.53-3.72	0.4436	139	0.2541	1233	1372	99
3.72-3.95	0.3146	141	0.2376	1252	1393	99
3.95-4.25	0.24	141	0.189	1247	1388	100
4.25-4.68	0.2589	142	0.1552	1274	1416	100
4.68-5.35	0.2218	140	0.1596	1243	1383	100
5.36-6.72	0.2567	144	0.1792	1257	1401	100
6.73-27.5	0.2455	140	0.1636	1243	1383	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1236	0.2779	2.3093	4.0691	-0.5341	5.8051	-0.1545	-0.1203	0.0323	-0.2901	0.2718	0.6329	0.0714	-0.7904	-0.058	0.4631	-0.1011	-0.0859	0.4479	0.0947	0.5508	-3.0824	28.1224	24.7
2	3.5289	-3.1014	-1.0188	3.7907	2.1812	1.7959	0.1297	0.0044	0.0817	0.0913	0.1897	-0.6102	0.3919	0.4197	-0.3415	0.77	0.0929	-0.0723	0.5754	-0.054	0.7074	22.5191	12.9553	20.9115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 117 )	A	4 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 338 )	A	118 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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